-
Interakcija kromatina temeljena na Hi-C
Hi-C je metoda osmišljena za hvatanje genomske konfiguracije kombiniranjem ispitivanja interakcija temeljenih na blizini i visokopropusnog sekvenciranja. Metoda se temelji na umrežavanju kromatina formaldehidom, nakon čega slijedi probava i ponovna ligacija na način da samo fragmenti koji su kovalentno povezani tvore produkte ligacije. Sekvenciranjem ovih produkata ligacije moguće je proučavati 3D organizaciju genoma. Hi-C omogućuje proučavanje distribucije dijelova genoma koji su lagano zbijeni (A odjeljci, eukromatin) i vjerojatnije su transkripcijski aktivni, te regija koje su gušće zbijene (B odjeljci, heterokromatin). Hi-C se također može koristiti za precizno određivanje topološki povezanih domena (TAD), regija genoma koje imaju presavijene strukture i vjerojatno imaju slične obrasce ekspresije, te za identifikaciju kromatinskih petlji, regija DNA koje su usidrene proteinima i koje su često obogaćene regulatornim elementima. BMKGeneova usluga sekvenciranja Hi-C omogućuje istraživačima istraživanje prostornih dimenzija genomike, otvarajući nove puteve za razumijevanje regulacije genoma i njezinih implikacija na zdravlje i bolesti.
-
Sekvenciranje imunoprecipitacijom kromatina (ChIP-seq)
Imunoprecipitacija kromatina (CHIP) je tehnika koja koristi antitijela za selektivno obogaćivanje proteina koji vežu DNA i njihovih odgovarajućih genomskih ciljeva. Njena integracija s NGS-om omogućuje profiliranje DNA ciljeva na razini cijelog genoma povezanih s modifikacijom histona, transkripcijskim faktorima i drugim proteinima koji vežu DNA. Ovaj dinamički pristup omogućuje usporedbe mjesta vezanja u različitim tipovima stanica, tkivima ili stanjima. Primjena ChIP-Seq-a proteže se od proučavanja transkripcijske regulacije i razvojnih putova do razjašnjavanja mehanizama bolesti, što ga čini nezamjenjivim alatom za razumijevanje krajolika genomske regulacije i unapređenje terapijskih uvida.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje bisulfita cijelog genoma (WGBS)
Ova tehnika, temeljena na tretmanu DNA bisulfitom kako bi se inducirala pretvorba nemetiliranih citozina u uracil (C u U), dok se metilirani citozini ne mijenjaju, predstavlja zlatni standard za dubinsko istraživanje metilacije DNA, posebno pete pozicije u citozinu (5-mC), ključnom regulatoru ekspresije gena i stanične aktivnosti.
Ova tehnika nudi rezoluciju pojedinačnih baza, omogućujući istraživačima da sveobuhvatno istraže metilom i otkriju abnormalne obrasce metilacije unutar uzoraka. Korištenjem WGBS-a, znanstvenici mogu dobiti neusporediv uvid u krajolike metilacije na razini cijelog genoma, pružajući nijansirano razumijevanje epigenetskih mehanizama koji su u osnovi različitih bioloških procesa i bolesti.
-
Test za transpozazama dostupan kromatin s visokopropusnim sekvenciranjem (ATAC-seq)
ATAC-seq je tehnika sekvenciranja visokog protoka koja se koristi za analizu dostupnosti kromatina na razini cijelog genoma. Njena upotreba omogućuje dublje razumijevanje složenih mehanizama globalne epigenetičke kontrole nad ekspresijom gena. Metoda koristi hiperaktivnu Tn5 transpozazu za istovremeno fragmentiranje i označavanje otvorenih kromatinskih regija umetanjem adaptera za sekvenciranje. Naknadna PCR amplifikacija rezultira stvaranjem biblioteke za sekvenciranje, koja omogućuje sveobuhvatnu identifikaciju otvorenih kromatinskih regija pod specifičnim prostorno-vremenskim uvjetima. ATAC-seq pruža holistički pogled na dostupne kromatinske krajolike, za razliku od metoda koje se isključivo fokusiraju na mjesta vezanja transkripcijskih faktora ili specifične histonski modificirane regije. Sekvenciranjem ovih otvorenih kromatinskih regija, ATAC-seq otkriva regije koje su vjerojatnije aktivne regulatorne sekvence i potencijalna mjesta vezanja transkripcijskih faktora, nudeći vrijedne uvide u dinamičku modulaciju ekspresije gena u genomu.
-
Sekvenciranje bisulfita s reduciranom reprezentacijom (RRBS)
Sekvenciranje bisulfita smanjene reprezentacije (RRBS) oslanja se na obogaćivanje regija bogatih CpG otocima cijepanjem MspI nakon čega slijedi odabir veličine fragmenata od 200-500/600 bps. Posljedično, sekvenciraju se samo regije proksimalno CpG otocima, dok se one s udaljenim CpG otocima isključuju iz analize. Ovaj proces, u kombinaciji sa sekvenciranjem bisulfita, omogućuje detekciju metilacije DNA visoke rezolucije, a pristup sekvenciranja, PE150, fokusira se posebno na krajeve umetaka, a ne na sredinu, povećavajući učinkovitost profiliranja metilacije.
Ova se tehnika pojavila kao isplativa i učinkovita alternativa sekvenciranju cijelog genoma bisulfitom (WGBS) u istraživanju metilacije DNK. Iako WGBS pruža sveobuhvatne uvide ispitivanjem cijelog genoma u rezoluciji jedne baze, njegova visoka cijena može biti ograničavajući faktor, što RRBS strateški ublažava ovaj izazov selektivnom analizom reprezentativnog dijela genoma. Ova metodologija je neprocjenjiv alat koji omogućuje isplativo istraživanje metilacije DNK i unapređuje znanje o epigenetičkim mehanizmima.
