-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis sastoji se od standardne analize u jednom koraku i napredne analize s prilagođenim postavkama parametara.BSA je tehnika koja se koristi za brzo identificiranje genetskih markera povezanih s fenotipom.Glavni tijek rada BSA uključuje: 1. odabir dviju skupina pojedinaca s izrazito suprotnim fenotipovima;2. objedinjavanje DNA, RNA ili SLAF-seq (razvio Biomarker) svih pojedinaca kako bi se formirala dva skupa DNA;3. identificiranje diferencijalnih sekvenci u odnosu na referentni genom ili između, 4. predviđanje kandidata povezanih regija pomoću ED i SNP-indeks algoritma;5. Funkcionalna analiza i obogaćivanje gena u regijama kandidatima, itd. Dostupno je i naprednije istraživanje podataka uključujući probir genetskih markera i dizajn početnica.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) razvijena je na temelju godina iskustva u analizi projekata mikrobne raznolikosti, koja sadrži standardiziranu osnovnu analizu i personaliziranu analizu: osnovna analiza pokriva glavni sadržaj analize trenutnih istraživanja mikroba, sadržaj analize je bogat i sveobuhvatan, a rezultati analize prezentirani su u obliku projektnih izvješća;Sadržaj personalizirane analize je raznolik.Uzorci se mogu odabrati i parametri se mogu fleksibilno postaviti prema izvješću o osnovnoj analizi i svrsi istraživanja, kako bi se ostvarili personalizirani zahtjevi.Operativni sustav Windows, jednostavan i brz.
-
Evolucijska genetika
Evolucijska genetika paketna je usluga sekvenciranja osmišljena za pružanje sveobuhvatne interpretacije evolucijskih informacija danih materijala na temelju genetskih varijacija, uključujući SNP-ove, InDels-ove, SV-ove i CNV-ove.Pruža sve temeljne analize potrebne za opisivanje evolucijskih promjena i genetskih značajki populacija, kao što su struktura populacije, genetička raznolikost, filogenetski odnosi itd. Također sadrži studije o protoku gena, što omogućuje procjenu efektivne veličine populacije, vremena divergencije.
-
Komparativna genomika
Komparativna genomika doslovno znači usporedbu kompletnih sekvenci genoma i struktura različitih vrsta.Ova disciplina ima za cilj otkrivanje evolucije vrste, funkcije gena, mehanizma regulacije gena na razini genoma identificiranjem struktura sekvenci i elemenata koji su sačuvani ili diferencirani među različitim vrstama.Tipična komparativna genomska studija uključuje analize obitelji gena, evolucijski razvoj, dupliciranje cijelog genoma, selektivni pritisak itd.
-
Evolucijska genetika
Platforma za populacijsku i evolucijsku genetičku analizu uspostavljena je na temelju golemog iskustva skupljanog godinama unutar BMK R&D tima.To je alat jednostavan za korištenje, posebno za istraživače koji se ne bave bioinformatikom.Ova platforma omogućuje osnovnu osnovnu analizu koja se odnosi na evolucijsku genetiku, uključujući konstrukciju filogenetskog stabla, analizu neravnoteže povezivanja, procjenu genetske raznolikosti, selektivnu analizu sweep-a, analizu srodstva, PCA, analizu strukture populacije itd.
-
Sklop genoma temeljen na Hi-C
Hi-C je metoda osmišljena za hvatanje konfiguracije kromosoma kombiniranjem sondiranja interakcija temeljenih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti.Vjeruje se da je intenzitet ovih interakcija u negativnoj korelaciji s fizičkom udaljenošću na kromosomima.Stoga bi Hi-C podaci mogli voditi grupiranje, sređivanje i orijentaciju sastavljenih sekvenci u nacrtu genoma i njihovo usidrenje na određeni broj kromosoma.Ova tehnologija omogućuje sklop genoma na razini kromosoma u nedostatku genetske karte temeljene na populaciji.Svaki pojedini genom treba Hi-C.
Platforma: Platforma Illumina NovaSeq / DNBSEQ
-
De Novo sekvenciranje genoma biljaka/životinja
De Novosekvenciranje se odnosi na konstrukciju cijelog genoma vrste korištenjem tehnologija sekvenciranja, npr. PacBio, Nanopore, NGS itd., u nedostatku referentnog genoma.Izvanredno poboljšanje u duljini očitavanja treće generacije tehnologija sekvenciranja donijelo je nove prilike u sastavljanju složenih genoma, poput onih s visokom heterozigotnošću, visokim omjerom ponavljajućih regija, poliploida itd. S duljinom čitanja na razini desetaka kilobaza, ova čitanja sekvenciranja omogućuju rješavanje ponavljajućih elemenata, regija s abnormalnim GC sadržajem i drugih vrlo složenih regija.
Platforma: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Platforma Illumina NovaSeq
-
Sekvenciranje cijelog egzoma čovjeka
Sekvenciranje cijelog egzoma (WES) smatra se isplativom strategijom sekvenciranja za identificiranje mutacija koje uzrokuju bolest.Iako egzoni zauzimaju samo približno 1,7% cijelog genoma, on izravno predstavlja profil ukupnih funkcija proteina.Zabilježeno je da se u ljudskom genomu više od 85% mutacija povezanih s bolešću događa u području kodiranja proteina.
BMKGENE nudi sveobuhvatne i fleksibilne usluge sekvenciranja cijelog ljudskog egzoma s različitim dostupnim strategijama hvatanja egzoma za ispunjavanje različitih istraživačkih ciljeva.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma
-
Sekvenciranje pojačanih fragmenata specifičnog lokusa (SLAF-Seq)
Visokoučinkovita genotipizacija, posebno na velikoj populaciji, temeljni je korak u studijama genetskih asocijacija, koja daje genetičku osnovu za funkcionalno otkrivanje gena, evolucijsku analizu itd. Umjesto dubokog ponovnog sekvenciranja cijelog genoma, sekvenciranje genoma smanjene reprezentacije (RRGS ) uvodi se kako bi se minimizirao trošak sekvenciranja po uzorku, a istovremeno održala razumna učinkovitost u otkrivanju genetskog markera.To se obično postiže ekstrakcijom restrikcijskog fragmenta unutar zadanog raspona veličina, koji se naziva biblioteka reducirane reprezentacije (RRL).Specific-locus amplified fragment squencing (SLAF-Seq) je samostalno razvijena strategija za SNP genotipizaciju sa ili bez referentnog genoma.
Platforma: Illumina NovaSeq platforma -
Illumina i BGI
Illumina tehnologija sekvenciranja, temeljena na Sekvenciranju putem sinteze (SBS), globalno je prihvaćena NGS inovacija, odgovorna za generiranje preko 90% svjetskih podataka sekvenciranja.Načelo SBS-a uključuje snimanje fluorescentno obilježenih reverzibilnih terminatora kako se svaki dNTP dodaje, a potom cijepa kako bi se omogućila ugradnja sljedeće baze.Sa sva četiri reverzibilna dNTP vezana za terminator prisutna u svakom ciklusu sekvenciranja, prirodna kompeticija smanjuje pristranost inkorporacije.Ova svestrana tehnologija podržava i biblioteke s jednim čitanjem i biblioteke s uparenim krajem, opskrbljujući niz genomskih aplikacija.Mogućnosti Illumina sekvenciranja visoke propusnosti i preciznost postavljaju ga kao kamen temeljac u istraživanju genomike, osnažujući znanstvenike da razotkriju zamršenost genoma s neusporedivim detaljima i učinkovitošću.
DNBSEQ, koju je razvio BGI, još je jedna inovativna NGS tehnologija koja je uspjela dodatno smanjiti troškove sekvenciranja i povećati propusnost.Priprema DNBSEQ biblioteka uključuje fragmentaciju DNK, pripremu ssDNK i amplifikaciju u krugu kako bi se dobile DNK nanokuglice (DNB).Oni se zatim učitavaju na čvrstu površinu i potom sekvenciraju kombinatornom sintezom sonde-sidra (cPAS).
Naša unaprijed napravljena usluga sekvenciranja biblioteka olakšava korisnicima pripremu njihovih biblioteka sekvenciranja iz različitih izvora (mRNA, cijeli genom, amplikon, između ostalog).Naknadno se te biblioteke mogu poslati u naše centre za sekvenciranje radi kontrole kvalitete i sekvenciranja na platformama Illumina ili BGI.
