Sekvenciranje pojačanih fragmenata specifičnog lokusa (SLAF-Seq)
Pojedinosti usluge
Tehnička shema
Tijek rada
Prednosti usluge
Visoka učinkovitost otkrivanja markera- Tehnologija sekvenciranja visoke propusnosti pomaže SLAF-Sequ u otkrivanju stotina tisuća oznaka unutar cijelog genoma.
Niska ovisnost o genomu- Može se primijeniti na vrste sa ili bez referentnog genoma.
Dizajn fleksibilne sheme- Jednoenzimska, dvoenzimska, višeenzimska probava i razne vrste enzima, svi se mogu odabrati za različite istraživačke ciljeve ili vrste.Prethodno ocjenjivanje in silico koristi se kako bi se osigurao optimalan dizajn enzima.
Učinkovita enzimska probava- Predeksperiment je proveden kako bi se optimizirali uvjeti, što formalni eksperiment čini stabilnim i pouzdanim.Učinkovitost skupljanja fragmenata može doseći preko 95%.
Ravnomjerno raspoređene SLAF oznake- SLAF oznake su ravnomjerno raspoređene u svim kromosomima u najvećoj mjeri, postižući prosječno 1 SLAF po 4 kb.
Učinkovito izbjegavanje ponavljanja- Ponavljajući niz u SLAF-Seq podacima smanjen je na manje od 5%, posebno kod vrsta s visokom razinom ponavljanja, kao što su pšenica, kukuruz itd.
Veliko iskustvo-Preko 2000 zatvorenih SLAF-Seq projekata na stotine vrsta koje pokrivaju biljke, sisavce, ptice, kukce, vodene organizme itd.
Samorazvijen bioinformatički tijek rada- BMKGENE je razvio integrirani bioinformatički tijek rada za SLAF-Seq kako bi se osigurala pouzdanost i točnost konačnog rezultata.
Specifikacije usluge
| Platforma | Konc.(ng/gl) | Ukupno (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Svezak>15μl) | 1,6-2,5 |
Preporučena strategija sekvenciranja
Dubina sekvenciranja: 10X/Tag
| Veličina genoma | Preporučene SLAF oznake |
| < 500 Mb | 100K ili WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Divovski ili složeni genomi | 300 - 400 tisuća |
| Prijave
| Preporučeno Skala stanovništva
| Strategija sekvenciranja i dubina
| |
| Dubina
| Broj oznake
| ||
| GWAS
| Broj uzorka ≥ 200
| 10X
|
Prema veličina genoma
|
| Genetska evolucija
| Pojedinci svake podskupina ≥ 10; ukupan broj uzoraka ≥ 30
| 10X
| |
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml
Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu.
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični dostavljenom obrascu s podacima o uzorku.
Pošiljka: Suhi led: Uzorke je potrebno prvo zapakirati u vreće i zakopati u suhi led.
Tijek rada usluge
Uzorak QC
Pilot eksperiment
SLAF-eksperiment
Priprema knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Statistika rezultata karte
2. Razvoj SLAF markera
3. Bilješka varijacije
| Godina | Časopis | IF | Titula | Prijave |
| 2022 | Komunikacije s prirodom | 17.694 | Genomska osnova giga-kromosoma i giga-genoma božura Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7.433 | Otisci stopala pripitomljavanja učvršćuju genomske regije od agronomske važnosti zrna soje | SLAF-GWAS |
| 2022 | Časopis za napredna istraživanja | 12.822 | Umjetna introgresija Gossypium barbadense na cijelom genomu u G. hirsutum otkrivaju vrhunske lokuse za istovremeno poboljšanje kvalitete i prinosa pamučnog vlakna osobine | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Molekularna biljka | 10.81 | Genomska analiza populacije i De Novo sklapanje otkrivaju podrijetlo Weedyja Riža kao evolucijska igra | SLAF-Evolucijska genetika |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Sekvenca genoma i genetička raznolikost običnog šarana, Cyprinus carpio | SLAF-Mapa povezivanja |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Genom kultiviranog kikirikija daje uvid u kariotipove mahunarki, poliploide evolucija i pripitomljavanje usjeva. | SLAF-Mapa povezivanja |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaj ulja tijekom pripitomljavanja soje | Razvoj SLAF-markera |
| 2022 | Međunarodni časopis za molekularne znanosti | 6.208 | Identifikacija i razvoj DNA markera za pšenicu-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomična supstitucija kromosoma | Razvoj SLAF-markera |
