Sekvenciranje amplificiranih fragmenata specifičnog lokusa (SLAF-Seq)
Tijek rada
Usluga ima određeni preddizajn in silico kako bi se jamčio optimalni odabir enzima prilikom pripreme biblioteke.
Tehnička shema
Značajke usluge
● Sekvenciranje na NovaSequ s PE150.
● Priprema knjižnice s dvostrukim barkodiranjem, što omogućuje objedinjavanje više od 1000 uzoraka.
● Neovisno o referentnom genomu:
S referentnim genomom: otkriće SNP-a i InDel-a
Bez referentnog genoma: grupiranje uzoraka i otkrivanje SNP-ova
● Uin silicoU fazi preddizajna, višestruke kombinacije restrikcijskih enzima se pregledavaju kako bi se pronašle one koje generiraju jednoliku raspodjelu SLAF oznaka duž genoma.
● Tijekom predeksperimenta, testiraju se tri kombinacije enzima u 3 uzorka kako bi se generiralo 9 SLAF biblioteka, a te se informacije koriste za odabir optimalne kombinacije restrikcijskih enzima za projekt.
Prednosti usluge
●Otkriće visokih genetskih markeraIntegriramo visokopropusni sustav dvostrukih barkodova koji omogućuje istovremeno sekvenciranje velikih populacija i amplifikaciju specifičnu za lokus, povećavajući učinkovitost, osiguravajući da brojevi oznaka zadovoljavaju raznolike zahtjeve različitih istraživačkih pitanja.
● Mala ovisnost o genomuMože se primijeniti na vrste sa ili bez referentnog genoma.
●Fleksibilan dizajn shemeJednoenzimska, dvostruka, višeenzimska digestija i različite vrste enzima mogu se odabrati kako bi se zadovoljili različiti istraživački ciljevi ili vrste.
● Visoka učinkovitost u enzimskoj digestijiProvođenjein silicoPreddizajn i predeksperiment osiguravaju optimalni dizajn s ravnomjernom raspodjelom SLAF oznaka na kromosomu (1 SLAF oznaka/4Kb) i smanjenim ponavljajućim nizom (<5%).
●Opsežno stručno znanjeU svaki projekt unosimo bogato iskustvo, s dosadašnjim uspjehom u zaključivanju preko 5000 SLAF-Seq projekata na stotinama vrsta, uključujući biljke, sisavce, ptice, kukce i vodene organizme.
● Samostalno razvijeni bioinformatički tijek radaRazvili smo integrirani bioinformatički tijek rada za SLAF-Seq kako bismo osigurali pouzdanost i točnost konačnog rezultata.
Specifikacije usluge
| Vrsta analize | Preporučena skala populacije | Strategija sekvenciranja | |
| Dubina sekvenciranja oznaka | Broj oznake | ||
| Genetske karte | 2 roditelja i >150 potomaka | Roditelji: 20x WGS Potomstvo: 10x | Veličina genoma: <400 Mb: preporučuje se WGS <1 GB: 100 000 oznaka 1-2 GB: 200 000 oznaka >2 GB: 300 tisuća oznaka Maks. 500 tisuća oznaka |
| Studije asocijacije cijelog genoma (GWAS) | ≥200 uzoraka | 10x | |
| Genetska evolucija | ≥30 uzoraka, s >10 uzoraka iz svake podskupine | 10x | |
Zahtjevi za uslugu
Koncentracija ≥ 5 ng/µL
Ukupna količina ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarozni gel: bez ili ograničena razgradnja ili kontaminacija
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml
(Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu)
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični dostavljenom obrascu s informacijama o uzorku.
Dostava: Suhi led: Uzorke prvo treba pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
Tijek rada usluge
Uzorak kontrole kvalitete
Pilotni eksperiment
SLAF-eksperiment
Priprema knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Naša bioinformatička analiza obuhvaća:
Kontrola kvalitete podataka i obrezivanje podataka za uklanjanje očitanja bogatih N-om, očitanja adaptera ili očitanja niske kvalitete.
Druga kontrola kvalitete čistih očitanja radi provjere distribucije baza, kvalitete sekvenci i procjene podataka, ali i radi provjere učinkovitosti digestije i dobivenih umetaka.
Nakon što su očitanja provjerena, postoje dvije mogućnosti:
- Mapiranje na referentni genom
- Bez referentnog genoma: klasteriranje
Nakon toga, analiza SLAF oznaka koristi se za pozivanje nekih varijanti kako bi se pomoglo u otkrivanju markera: SNP, InDel, SNV, pozivanje CV-a i anotacija.
Raspodjela SLAF oznaka na kromosomima:
Raspodjela SNP-ova na kromosomima:
SNP anotacija
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X i Shi C (2023) QTL mapiranje i transkriptomska analiza sadržaja šećera tijekom dozrijevanja plodaPyrus pyrifolia.Prednja strana. Biljna znanost.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Identifikacija st1 otkriva selekciju koja uključuje usklađivanje morfologije sjemena i sadržaja ulja tijekom domestikacije soje.Časopis za biljnu biotehnologiju, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.i dr.Sekvenca genoma i genetska raznolikost običnog šarana,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.i dr.Genom kultiviranog kikirikija pruža uvid u kariotipove mahunarki, evoluciju poliploida i domestikaciju usjeva.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Godina | Časopis | IF | Titula | Primjene |
| 2022. | Komunikacije u prirodi | 17.694 | Genomska osnova giga-kromosoma i giga-genoma drvenastog božura Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015. | Novi fitolog | 7.433 | Otisci domestikacije usidravaju genomske regije agronomske važnosti u soja | SLAF-GWAS |
| 2022. | Časopis za napredna istraživanja | 12.822 | Umjetne introgresije Gossypium barbadense u G. hirsutum na razini cijelog genoma otkrivaju superiorne lokuse za istovremeno poboljšanje kvalitete i prinosa pamučnih vlakana osobine | SLAF - Evolucijska genetika |
| 2019. | Molekularna biljka | 10,81 | Analiza genoma populacije i De Novo sklapanje otkrivaju podrijetlo Weedyja Riža kao evolucijska igra | SLAF - Evolucijska genetika |
| 2019. | Prirodna genetika | 31.616 | Sekvenca genoma i genetska raznolikost običnog šarana, Cyprinus carpio | Karta povezivanja SLAF-a |
| 2014. | Prirodna genetika | 25.455 | Genom kultiviranog kikirikija pruža uvid u kariotipove mahunarki, poliploide evolucija i domestikacija usjeva. | Karta povezivanja SLAF-a |
| 2022. | Časopis za biljnu biotehnologiju | 9.803 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaj ulja tijekom domestikacije soje | Razvoj SLAF-markera |
| 2022. | Međunarodni časopis za molekularne znanosti | 6.208 | Identifikacija i razvoj DNA markera za pšenicu - Leymus mollis 2Ns (2D) Disomska kromosomska supstitucija | Razvoj SLAF-markera |
| Godina | Časopis | IF | Titula | Primjene |
| 2023. | Granice u biljnoj znanosti | 6.735 | QTL mapiranje i transkriptomska analiza sadržaja šećera tijekom dozrijevanja ploda Pyrus pyrifolia | Genetska karta |
| 2022. | Časopis za biljnu biotehnologiju | 8.154 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaja ulja tijekom domestikacije soje
| Poziv SNP-a |
| 2022. | Granice u biljnoj znanosti | 6.623 | Mapiranje asocijacija cijelog genoma fenotipova Hulless Barely u uvjetima suše.
| GWAS |
