-
Sekvenciranje mRNA pune duljine-Nanopore
Sekvenciranje RNA bilo je neprocjenjiv alat za sveobuhvatnu analizu transkriptoma.Nedvojbeno je tradicionalno sekvenciranje kratkog čitanja ovdje postiglo brojne važne pomake.Ipak, često se susreće s ograničenjima u identifikaciji pune duljine izoforme, kvantificiranju, PCR pristranosti.
Sekvenciranje nanopora razlikuje se od ostalih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju izravno bez sinteze DNK i generira dugo čitanje na desecima kilobaza.To omogućuje izravno čitanje križanjem transkripata pune dužine i rješavanje izazova u studijama na razini izoforme.
Platforma:Nanopore PromethION
Knjižnica:cDNA-PCR
-
De novo Sekvenciranje transkriptoma pune dužine -PacBio
De novosekvenciranje transkriptoma pune dužine, također poznato kaoDe novoIso-Seq koristi prednosti PacBio sekvencera u duljini čitanja, što omogućuje sekvenciranje cDNA molekula pune duljine bez ikakvih prekida.Time se u potpunosti izbjegavaju sve pogreške generirane u koracima sastavljanja prijepisa i konstruira unigene skupove s rezolucijom na razini izoforme.Ovaj unigenski skup pruža snažne genetske informacije kao "referentni genom" na razini transkriptoma.Osim toga, u kombinaciji s podacima sekvenciranja sljedeće generacije, ova usluga omogućuje točnu kvantifikaciju ekspresije na razini izoforme.
Platforma: PacBio Sequel IIKnjižnica: Knjižnica zvona SMRT -
Sekvenciranje eukariotske mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA omogućuje profiliranje svih mRNA transkripiranih iz stanica u specifičnim uvjetima.To je moćna tehnologija za otkrivanje profila genske ekspresije, genskih struktura i molekularnih mehanizama određenih bioloških procesa.Do danas se sekvenciranje mRNA široko koristi u temeljnim istraživanjima, kliničkoj dijagnostici, razvoju lijekova itd.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Nereferentno sekvencioniranje mRNA-Illumina
Sekvenciranje mRNA usvaja tehniku sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za hvatanje glasničke RNA(mRNA) iz eukariota u određenom razdoblju u kojem se neke posebne funkcije aktiviraju.Najduži spojeni transkript nazvan je 'Unigene' i korišten je kao referentna sekvenca za kasniju analizu, što je učinkovito sredstvo za proučavanje molekularnog mehanizma i regulatorne mreže vrste bez reference.
Nakon sastavljanja podataka transkriptoma i unigene funkcionalne napomene
(1) Provest će se SNP analiza, SSR analiza, CDS predviđanje i struktura gena.
(2) Provest će se kvantifikacija ekspresije unigena u svakom uzorku.
(3) Diferencijalno izraženi unigeni između uzoraka (ili skupina) bit će otkriveni na temelju unigene ekspresije
(4) Provest će se grupiranje, funkcionalno označavanje i analiza obogaćivanja različito izraženih unigena
-
Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina
Duge nekodirajuće RNA (lncRNA) su vrsta RNA molekula duljine veće od 200 nt, koje karakterizira iznimno nizak potencijal kodiranja.LncRNA, kao ključni član nekodirajuće RNA, uglavnom se nalazi u jezgri i plazmi.Razvoj tehnologije sekvenciranja i bioinformtike omogućuje identifikaciju brojnih novih lncRNA i njihovo povezivanje s biološkim funkcijama.Akumulativni dokazi sugeriraju da je lncRNA naširoko uključena u epigenetsku regulaciju, regulaciju transkripcije i post-transkripcijsku regulaciju.
-
Mala sekvencija RNA-Illumina
Mala RNA odnosi se na klasu nekodirajućih RNA molekula koje su obično manje od 200 nt u duljini, uključujući mikro RNA (miRNA), malu interferencijsku RNA (siRNA) i RNA s interakcijom s piwi (piRNA).
MikroRNA (miRNA) je klasa endogene male RNK duljine od oko 20-24 nt, koja igra niz važnih regulatornih uloga u stanicama.miRNA uključena u mnoge životne procese koji otkrivaju tkivo – specifično i stadijno – specifičnu ekspresiju i visoko očuvanu u različitim vrstama.
-
sekvenciranje circRNA-Illumina
Sekvenciranje cijelog transkriptoma dizajnirano je za profiliranje svih vrsta RNA molekula, uključujući kodirajuće (mRNA) i nekodirajuće RNA (uključujući lncRNA, circRNA i miRNA) koje se transkribiraju od strane specifičnih stanica u određenom trenutku.Sekvenciranje cijelog transkriptoma, također poznato kao "sekvenciranje ukupne RNA" ima za cilj otkriti sveobuhvatne regulatorne mreže na razini transkriptoma.Koristeći prednost tehnologije NGS, sekvence cijelih transkriptomskih proizvoda dostupne su za analizu ceRNA i analizu zajedničke RNA, što predstavlja prvi korak prema funkcionalnoj karakterizaciji.Otkrivanje regulatorne mreže ceRNA temeljene na circRNA-miRNA-mRNA.
-
Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Sekvenciranje cijelog transkriptoma dizajnirano je za profiliranje svih vrsta RNA molekula, uključujući kodirajuće (mRNA) i nekodirajuće RNA (uključujući lncRNA, circRNA i miRNA) koje se transkribiraju od strane specifičnih stanica u određenom trenutku.Sekvenciranje cijelog transkriptoma, također poznato kao "sekvenciranje ukupne RNA" ima za cilj otkriti sveobuhvatne regulatorne mreže na razini transkriptoma.Koristeći prednost tehnologije NGS, sekvence cijelih transkriptomskih proizvoda dostupne su za analizu ceRNA i analizu zajedničke RNA, što predstavlja prvi korak prema funkcionalnoj karakterizaciji.Otkrivanje regulatorne mreže ceRNA temeljene na circRNA-miRNA-mRNA.
-
Sekvenciranje prokariotske RNA
Prokariotsko RNA sekvenciranje koristi sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) za otkrivanje prisutnosti i količine RNA u danom trenutku, analizom promjenjivog staničnog transkriptoma.Sekvenciranje prokariotske RNA naše tvrtke posebno je usmjereno na prokariote s referentnim genomima, pružajući vam profiliranje transkriptoma, analizu strukture gena, itd. Široko se primjenjuje na temeljna znanstvena istraživanja, istraživanje i razvoj lijekova i još mnogo toga.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Sekvenciranje metatranskriptoma
Sekvenciranje metatranskriptoma identificira ekspresiju gena mikroba (i eukariota i prokariota) u prirodnom okruženju (tj. tlo, voda, more, izmet i crijeva). Konkretno, ove usluge vam omogućuju da dobijete profiliranje cjelokupne ekspresije gena složenih mikrobnih zajednica, taksonomsku analizu vrsta, analiza funkcionalnog obogaćivanja različito izraženih gena i više.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
