Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Značajke
● Generiranje dvostruke biblioteke za sekvenciranje kompletnog transkriptoma: biblioteka za depleciju rRNA i priprema male biblioteke RNA.
● Potpuna bioinformatička analiza mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA u odvojenim bioinformatičkim izvješćima, plus zajednička analiza sa svim kombiniranim ekspresijama RNA, uključujući analizu ceRNA mreža.
Prednosti usluge
●Opsežno stručno znanjeObradili smo preko 2100 projekata cjelovitih transkriptoma, koji obuhvaćaju različite vrste uzoraka. U svaki projekt unosimo bogato stručno znanje.
●Rigorozna kontrola kvaliteteU svim fazama primjenjujemo ključne kontrolne točke, od pripreme uzorka do pripreme biblioteke, sekvenciranja i bioinformatike. Naš pedantni nadzor osigurava dosljedno visokokvalitetne rezultate.
●Sveobuhvatna anotacijaKoristimo više baza podataka za funkcionalno označavanje diferencijalno eksprimiranih gena (DEG) i provođenje odgovarajućih analiza obogaćivanja. Ovaj sveobuhvatni pristup pruža uvid u stanične i molekularne procese koji su u osnovi transkriptomskog odgovora, osiguravajući da dobijete sve moguće informacije o podacima vašeg eksperimenta.
●Dubinska analiza regulatornih mrežaAnaliza ceRNA mreže omogućena je zajedničkim sekvenciranjem mRNA, lncRNA, circRNA i miRNA te iscrpnim bioinformatičkim radnim procesom.
●Postprodajna podrškaRazumijemo koliko je važno biti prisutan, zato se naša predanost proteže i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim postprodajnim razdobljem. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana uz rezultate.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| osiromašena rRNA | Illumina PE150 | 16 GB | Q30≥85% |
| Odabrana veličina | Illumina SE50 | 10-20 milijuna čitanja |
Zahtjevi za uzorak:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK prikazana na gelu. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva elevacija osnovne linije |
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se aluminijska folija)
Primjer označavanja: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. RNAstabilne epruvete: Uzorci RNA mogu se sušiti u epruveti za stabilizaciju RNA (npr. RNAstable®) i transportirati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Bioinformatika
Uz sve analize svake različite vrste, 4 vrste RNA kombinirane su u našoj zajedničkoj analizi:
- Analiza koekspresije između svih različitih vrsta RNA podataka
- Pregled ekspresije RNA
- Pregled diferencijalnih izraza
- CeRNA mreža
- Ključni geni integrirani u put
- Analiza očuvanja
- Ciljanje odnosa
Pregled ekspresije RNA
Diferencijalno eksprimirani geni
analiza ceRNA
Diferencijalno eksprimirane miRNA i srodne RNA
Istražite napredak u istraživanju koji omogućuju usluge sekvenciranja cijelog transkriptoma tvrtke BMKGene putem odabrane zbirke publikacija.
Dai, Y. i dr. (2022.) 'Sveobuhvatni profili ekspresije mRNA, lncRNA i miRNA kod Kashin-Beckove bolesti identificirani sekvenciranjem RNA',Molekularna omika, 18(2), str. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan i dr. (2022.) 'Analiza transkriptoma pune duljine otpornosti na hladnoću vrste Apis cerana u planini Changbai tijekom prezimljavanja.',Gen, 830, str. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ i dr. (2022.) 'Prioritizacija konkurentskih endogenih RNA regulacijskih mreža u mikrocelularnom raku pluća temeljena na integraciji više omika: Molekularne karakteristike i kandidati za lijekove',Granice u onkologiji, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. i dr. (2022.) 'Integrirana analiza profila ekspresije lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA otkriva nove uvide u potencijalne mehanizme kao odgovor na nematode korijenovih čvorova u kikirikiju',BMC Genomics, 23(1), str. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/SLIKE/7.
Yan, Z. i dr. (2022.) 'Sekvenciranje RNA cijelog transkriptoma ističe molekularne mehanizme povezane s održavanjem kvalitete brokule nakon žetve zračenjem crvenim LED svjetlom',Biologija i tehnologija nakon žetve, 188, str. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHAVRBIO.2022.111878.
