Sekvenciranje cijelog transkriptoma – Illumina
Prednosti usluge
● Procjena svih vrsta RNA u smislu brojanja, ekspresije i relativne ekspresije na temelju kromosoma
● Identifikacija različito izraženih RNA i odgovarajuća ekspresija
● Analiza koekspresije gena
● analiza mreže ceRNA
● Analiza puta uključenih ključnih gena
● Isporuka rezultata temeljena na BMKCloudu: prilagođeno rudarenje podataka dostupno na platformi
● Usluge nakon prodaje vrijede 3 mjeseca nakon završetka projekta
Zahtjevi za uzorke i isporuka
| Knjižnica | Platforma | Preporučeni podaci | QC podataka |
| Ukupna RNK | Ilumina PE150&SE50 | Circ/lnc/mRNA: 16G;miRNA: 10M čitanja | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorke:
nukleotidi:
| Čistoća | Integritet | Kontaminacija | Iznos |
| OD260/280≥1,7-2,5； OD260/230≥0,5-2,5； | Za biljke: RIN≥6,5;Za životinje: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ograničena ili nikakva osnovna elevacija | Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK. | Konc.≥100 ng/μl;Volumen ≥ 10 μl;Ukupno ≥ 2 μg |
Maramica: Težina (suha): ≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo slanje brzo zamrznutog (u tekućem dušiku) uzorka tkiva.
Stanična suspenzija: Broj stanica = 3×107
*Preporučamo slanje zamrznutog lizata stanica.U slučaju da je broj stanica manji od 5×105, preporučuje se brzo zamrzavanje u tekućem dušiku.
Uzorci krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol i 2mL krvi (TRIzol:Krv=3:1)
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik:
Centrifugalna epruveta od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija RNA
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
1. Procjena relativne ekspresije na temelju svih vrsta RNA
Circosa o značaju razlika u ekspresiji RNA
2.Integrirana KEGG mreža putova
Integrirana KEGG mreža puteva
3.ceRNA analiza mreže
ceRNA DE-circRNA-miRNA-mRNA interakcije temeljene na mreži
BMK slučaj
Obrazac ekspresije CircRNA i ceRNA i miRNA-mRNA mreže uključene u razvoj prašnika u CMS liniji Brassica campestris
Objavljeno:Međunarodni časopis za molekularne znanosti,2019
NONMMUT015812-nockdown KP (shRNA-2) stanice i stanice negativne kontrole (sh-Scr) dobivene su 6. dana specifične virusne infekcije.
Ključni rezultati
Ova studija je uspostavila liniju Polima citoplazme muške sterilnosti (CMS) "Bcpol97-05A", i fertilnu liniju, "Bcajh97-01B", u Brassica campestris L. ssp.chinensis Makino, sin.B. rapa ssp.chinensis, i izvršio usporedbe profila ekspresije RNA između cvjetnih pupova sterilne linije i fertilne linije sekvenciranjem cijelog transkriptoma.
1. Identificirana je ukupno 31 diferencijalno izražena (DE) circRNA, 47 DE miRNA i 4779 DE mRNA.
2. Analiza genske ontologije (GO) pokazala je da je većina DE gena uključena u razvoj peludnog zida
3. Analiza obogaćivanja KEGG puta DE mRNA (uključujući gore-regulirane i niže regulirane mRNA u sterilnoj liniji u usporedbi s plodnom linijom) pokazala je da "metabolizam škroba i saharoza", "biosinteza fenilpropanoida" i "interkonverzije pentoze i glukuronata" ” bili su najobogaćeniji metabolički putovi.
 Analiza obogaćenja KEGG puta različito izraženih mRNA |  Klasifikacija genske ontologije (GO) različito izraženih mRNA |  Pogled na trostruku mrežu DEcircRNA–DEmiRNA–DEmRNA |
Referenca
Liang Y, Zhang Y, Xu L, et al.Obrazac ekspresije CircRNA i ceRNA i miRNA-mRNA mreže uključene u razvoj prašnika u CMS liniji Brassica campestris[J].Međunarodni časopis za molekularne znanosti, 2019., 20(19):4808-.DOI: 10.3390/ijms20194808
