10x Transkriptòm Espasyal Jenomik Visium
Plan teknik
Karakteristik
● Rezolisyon: 100 µM
● Dyamèt tach: 55 µM
● Kantite plas: 4992
● Zòn kaptire: 6.5 x 6.5 mm
● Chak tach ak kòd bar chaje ak primè ki konpoze de 4 seksyon:
- ke poli(dT) pou amorsman ARNm ak sentèz ADNc
- Idantifikatè Molekilè Inik (UMI) pou korije patipri anplifikasyon an
- Kòd bar espasyal
- Sekans lyezon primè sekans lekti pasyèl 1 an
● Kolorasyon seksyon ak H&E
Avantaj
●Sèvis yon sèl kote: entegre tout etap ki baze sou eksperyans ak konpetans, tankou kriyo-seksyonman, koloran, optimize tisi, kodaj bar espasyal, preparasyon bibliyotèk, sekans ak byoenformatik.
● Ekip teknik ki trè kalifyeAvèk eksperyans nan plis pase 250 kalite tisi ak plis pase 100 espès ki gen ladan moun, sourit, mamifè, pwason ak plant.
●Mizajou an tan reyèl sou tout pwojè aavèk tout kontwòl sou pwogrè eksperimantal la.
●Bioenformatik Estanda Konplè:Pake a gen ladan l 29 analiz ak plis pase 100 figi kalite siperyè.
●Analiz Done ak Vizyalizasyon Pèsonalize: disponib pou diferan demann rechèch.
●Analiz Konjwen Opsyonèl ak Sekansaj ARNm Single-cell
Espesifikasyon
| Egzijans Egzanp | Bibliyotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwòl Kalite |
| Echantiyon kriyo entegre ak OCT (Dyamèt optimal: anviwon 6x6x6 mm³) 2 blòk pou chak echantiyon | 10X bibliyotèk ADNc Visium | Illumina PE150 | 50K lekti PE pou chak plas (60Gb) | RIN > 7 |
Pou plis detay sou konsèy preparasyon echantiyon ak pwosesis sèvis la, tanpri pa ezite pale ak yonEkspè BMKGENE
Workflow Sèvis
Nan faz preparasyon echantiyon an, yo fè yon premye esè ekstraksyon ARN an gwo pou asire yo ka jwenn yon ARN kalite siperyè. Nan etap optimize tisi a, yo kolore epi vizyalize seksyon yo epi yo optimize kondisyon pèmeabilizasyon pou liberasyon ARNm nan tisi a. Apre sa, yo aplike pwotokòl optimize a pandan konstriksyon bibliyotèk la, epi apre sa yo fè sekansaj ak analiz done yo.
Travay konplè sèvis la enplike mizajou an tan reyèl ak konfimasyon kliyan pou kenbe yon sik fidbak reponsif, pou asire yon ekzekisyon pwojè san pwoblèm.
Gen ladan analiz sa yo:
Kontwòl Kalite Done:
o Pwodiksyon done ak distribisyon nòt kalite
Deteksyon jèn pou chak tach
o Kouvèti tisi
Analiz echantiyon entèn:
Richès jèn
o Gwoupman lokal, ki gen ladan analiz dimansyon redwi
o Analiz ekspresyon diferansyèl ant gwoupman yo: idantifikasyon jèn makè yo
o Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
Analiz Entègwoup
o Rekonbinezon tach ki soti nan tou de echantiyon yo (pa egzanp, echantiyon malad ak echantiyon kontwòl) epi re-gwoupe
o Idantifikasyon jèn makè pou chak gwoupman
o Anotasyon fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
o Ekspresyon diferansyèl menm gwoupman an ant gwoup yo
Analiz echantiyon entèn
Gwoupman tach
Idantifikasyon ak distribisyon espasyal jèn makè yo
Analiz Entègwoup
Konbinezon done ki soti nan tou de gwoup yo ak re-gwoupman an
Jèn makè nouvo gwoup yo
Eksplore avansman sèvis transkriptomik espasyal BMKGene a, ki fèt pa 10X Visium, nan piblikasyon sa yo ki prezante:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, yon omolog potansyèl Drosophila nan GPCR adezyon mamifè yo, enplike nan reyaksyon antitimoral nan selil onkojenik enjekte nan mouch',Pwosè Akademi Nasyonal Syans Etazini nan Amerik la, 120(30), paj e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL pèmèt delimitasyon wo rezolisyon done transkriptomik espasyotanporèl',Briefings nan Bioenformatik, 24(2), paj 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'Yon atlas espasyotanporèl sou òganogenèz nan devlopman flè orkide',Rechèch sou asid nikleyik, 50(17), pp 9724–9737. fè: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Entegrasyon Transkriptomik Espasyal ak Sekans ARN yon sèl nwayo revele estrateji terapetik potansyèl pou leyomyom uterin',Jounal Entènasyonal Syans Byolojik, 19(8), pp 2515–2530. fè: 10.7150/IJBS.83510.
