10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Karakteristik
● Rezolisyon: 100 µM
● Dyamèt tach: 55 µM
● Kantite plas: 4992
● Kaptire zòn: 6.5 x 6.5 mm
● Chak plas kòd bar chaje ak primè ki konpoze de 4 seksyon:
- poly(dT) ke pou priming mRNA ak sentèz cDNA
- Idantifyan molekilè inik (UMI) pou korije patipri anplifikasyon
- Kod bar espasyal
- Obligatwa sekans nan pasyèl li 1 sekans Jadendanfan
● Tach H&E nan seksyon yo
Avantaj
●Sèvis yon sèl-stop: entegre tout eksperyans ak etap ki baze sou konpetans, ki gen ladan kriyo-seksyon, tach, optimize tisi, barcoding espasyal, preparasyon bibliyotèk, sekans ak byoenfòmatik.
● Ekip teknik trè kalifye: ak eksperyans nan plis pase 250 kalite tisi ak plis pase 100 espès ki gen ladan moun, sourit, mamifè, pwason ak plant.
●Aktyalizasyon an tan reyèl sou tout pwojè a: ak kontwòl konplè sou pwogrè eksperimantal.
●Byoenfòmatik estanda konplè:pake gen ladan 29 analiz ak 100+ figi bon jan kalite.
●Customized analiz done ak vizyalizasyon: disponib pou demann rechèch diferan.
●Si ou vle analiz jwenti ak sèl-selil mRNA sekans
Espesifikasyon
| Egzanp kondisyon yo | Bibliyotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwol kalite |
| Echantiyon kriyo OCT-embedded, echantiyon FFPE (Dyamèt optimal: apeprè 6x6x6 mm3) 3 blòk pou chak echantiyon | 10X Visium bibliyotèk cDNA | Illumina PE150 | 50K PE lekti pou chak plas (60Gb) | RIN>7 |
Pou plis detay sou echantiyon preparasyon gid ak workflow sèvis, souple ou lib pou pale ak yonEkspè BMKGENE
Sèvis Workflow
Nan faz preparasyon echantiyon an, yo fè yon premye esè ekstraksyon RNA esansyèl pou asire yo ka jwenn yon RNA bon jan kalite.Nan etap nan optimize tisi yo tache ak vizyalize seksyon yo epi yo optimize kondisyon yo pèmeabilizasyon pou lage mRNA nan tisi yo.Lè sa a, pwotokòl optimize a aplike pandan konstriksyon bibliyotèk la, ki te swiv pa sekans ak analiz done.
Workflow sèvis konplè a enplike mizajou an tan reyèl ak konfimasyon kliyan pou kenbe yon bouk fidbak ki reponn, asire ekzekisyon pwojè lis.
Gen ladan analiz sa a:
Kontwòl Kalite Done:
o Pwodiksyon done ak distribisyon nòt kalite
o Deteksyon jèn pou chak plas
o Kouvèti tisi
Analiz echantiyon anndan an:
o Richès jenetik
o Spot clustering, ki gen ladan analiz dimansyon redwi
o Analiz ekspresyon diferans ant grap yo: idantifikasyon jèn makè yo
o Anòt fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
Analiz entè-gwoup
o Rekonbinezon tach ki soti nan toude echantiyon yo (egzanp malad ak kontwòl) ak re-grap
o Idantifikasyon jèn makè pou chak gwoup
o Anòt fonksyonèl ak anrichisman jèn makè yo
o Ekspresyon Diferans nan menm gwoup la ant gwoup yo
Enter-echantiyon analiz
Tach gwoupman
Idantifikasyon jèn makè ak distribisyon espasyal
Entè-gwoup analiz
Konbinezon done ki soti nan tou de gwoup yo ak re-cluster
Jèn makè nan nouvo grap
Eksplore avansman sèvis transcriptomic espasyal BMKGene a te fasilite pa 10X Visium Nan piblikasyon sa yo:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, yon omològ potansyèl Drosophila nan GPCRs Adhesion mamifè, ki enplike nan reyaksyon antitumoral nan selil onkojenik sou fòm piki nan mouch', Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL pèmèt delimitasyon segondè-rezolisyon done transcriptomic spatiotemporal', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pp 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'Yon atlas spatiotemporal of organogenesis in the development of orchid flowers', Nucleic Acids Research, 50 (17), pp 9724–9737.fè: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Entegre Transcriptomics espasyal ak sèl-nwayo RNA Sekans revele estrateji yo terapetik potansyèl pou leyomyoma matris', Creole Journal of Syans byolojik, 19 (8), pp 2515-2530.fè: 10.7150/IJBS.83510.
