BMKCloud Log in
条形banner-03

Pwodwi yo

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Sou-inite sou 16S ak 18S rRNA ki genyen tou de rejyon trè konsève ak rejyon hyper-varyab se yon anprent molekilè pafè pou idantifikasyon òganis prokaryotic ak ekaryotik.Lè w ap pran avantaj de sekans, anplikon sa yo ka vize baze sou pati yo konsève ak rejyon hyper-varyab yo ka konplètman karakterize pou idantifikasyon mikwòb kontribye nan etid ki kouvri analiz divèsite mikwòb, taksonomi, filojeni, elatriye. Single-molecule an tan reyèl (SMRT). ) sekans nan platfòm PacBio pèmèt jwenn lekti long trè egzat, ki ta ka kouvri anplikon plen longè (apeprè 1.5 Kb).Vizyon an elaji nan jaden jenetik anpil amelyore rezolisyon an nan anotasyon espès nan kominote bakteri oswa fongis.

Platfòm:PacBio Sequel II


Detay Sèvis

Rezilta Demo

Etid ka

Avantaj sèvis yo

1

● Lekti long ki revele sekans plen longè 16S/18S/ITS

● Rele baz trè egzat ak sekans mòd PacBio CCS

● Rezolisyon nan nivo espès nan anotasyon OTU/ASV

● Dènye QIIME2 analize koule ak analiz divès an tèm de baz done, anotasyon, OTU / ASV.

● Aplikab a divès etid kominote mikwòb

● BMK posede anpil eksperyans ak plis pase 100,000 echantiyon / ane, ki kouvri tè, dlo, gaz, boue, poupou, trip, po, bouyon fèmantasyon, ensèk, plant, elatriye.

● BMKCloud fasilite entèpretasyon done ki gen 45 zouti analiz pèsonalize

Espesifikasyon Sèvis

SekansPlatfòm

Bibliyotèk

Done rekòmande

Tan vire

PacBio Sequel II

SMRT-klòch

5K/10K/20K Tags

44 jou travay

Analiz bioenfòmatik

● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon

● OTU clustering/De-bri (ASV)

● Anòt OTU

● Alpha divèsite

● Beta divèsite

● Analiz ant gwoup

● Analiz asosyasyon kont faktè eksperimantal

● Fonksyon prediksyon jèn

16sPacbio

Egzanp kondisyon ak livrezon

Egzanp kondisyon:

PouEkstrè ADN:

Kalite echantiyon

Kantite lajan

Konsantrasyon

Pite

Ekstrè ADN

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

Pou echantiyon anviwònman:

Kalite echantiyon

Pwosedi echantiyon rekòmande

Kantite echantiyon: approx.5 g;Rete sibstans cheche bezwen retire nan sifas la;Moulen gwo moso epi pase nan filtè 2 mm;Echantiyon alikòt nan esteril EP-tib oswa cyrotube pou rezèvasyon.

Poupou

Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon.

Kontni entesten

Echantiyon yo bezwen trete nan kondisyon aseptik.Lave tisi kolekte ak PBS;Santrifize PBS a epi kolekte presipitant la nan EP-tib.

Boue

Kantite echantiyon: approx.5 g;Kolekte ak aliquot echantiyon depo nan esteril EP-tib oswa kriyotib pou rezèvasyon

Dlo

Pou echantiyon ak kantite limite mikwòb, tankou dlo tiyo, dlo byen, elatriye, Kolekte omwen 1 L dlo epi pase nan 0.22 μm filtre anrichi mikwòb sou manbràn la.Sere manbràn nan nan tib esteril.

Po

Ak anpil atansyon grate sifas po a ak yon prelèvman koton esteril oswa yon lam chirijikal epi mete l nan tib esteril.

Livrezon echantiyon rekòmande

Jele echantiyon yo nan nitwojèn likid pou 3-4 èdtan epi estoke nan nitwojèn likid oswa -80 degre nan rezèvasyon alontèm.Anbake echantiyon ak glas sèk obligatwa.

Koule Travay Sèvis

livrezon echantiyon

Livrezon echantiyon

Preparasyon bibliyotèk

Konstriksyon bibliyotèk

Sekans

Sekans

Analiz done

Analiz done

Sèvis apre vant

Sèvis apre-sale


  • Previous:
  • Pwochen:

  • 1.Annotation pousantaj nan V3 + V4 (Illumina) ki baze sou pwofil kominote mikwòb vs Full-length (PacBio) ki baze sou pwofil.
    (Done sou 30 pwojè chwazi owaza yo te aplike pou estatistik)

    3

    2. To Annotasyon nan sekans anplikon plen longè nan nivo espès nan diferan kalite echantiyon

    4

    3.Distribisyon espès

    5
    4.Pye bwa filogenetik

    6

    Ka BMK

    Ekspozisyon Asenik pwovoke domaj baryè entesnik ak konsekan deklanchman aks zantray-fwa ki mennen nan enflamasyon ak piroptoz nan fwa nan kana.

    Pibliye:Syans nan anviwònman total,2021

    Estrateji sekans:

    Echantiyon: Kontwòl vs 8 mg/kg ATO ekspoze gwoup
    Done sekans sekans: 102,583 sekans CCS anvan tout koreksyon an total
    Kontwòl: 54,518 ± 747 CCS efikas
    ATO-ekspoze: 45,050 ± 1675 CCS efikas

    Rezilta kle yo

    Alfa divèsite:Ekspozisyon ATO siyifikativman chanje richès mikwòb entesten ak divèsite nan kana yo.

    Analiz metastatik:
    Nan nivo phylum: 2 phyla bakteri sèlman detekte nan gwoup kontwòl
    Nan nivo genus: 6 jenere yo te jwenn siyifikativman diferan nan abondans relatif
    Nan nivo espès: 36 espès yo te idantifye an total, ak 6 nan yo siyifikativman diferan nan abondans relaviv.

    Referans

    Thingholm, LB, et al."Moun ki obèz ak ak san dyabèt tip 2 montre diferan kapasite fonksyonèl ak konpozisyon mikwòb nan zantray."Lame selilè ak mikwòb26.2 (2019).

    jwenn yon quote

    Ekri mesaj ou la a epi voye l ba nou

    Voye mesaj ou a ban nou: