Konekte nan BMKCloud

Pwodwi yo

Jenomik konparatif

Jenomik konparatif enplike egzamen ak konparezon sekans ak estrikti tout jenòm nan diferan espès. Domèn sa a chache devwale evolisyon espès yo, dekode fonksyon jèn yo, epi klarifye mekanis regilasyon jenetik yo lè li idantifye estrikti ak eleman sekans konsève oswa divèjan nan divès òganis. Yon etid jenomik konparatif konplè anglobe analiz tankou fanmi jèn, devlopman evolisyonè, evènman diplikasyon jenòm konplè, ak enpak presyon selektif yo.

Kontakte nou

Detay Sèvis

Rezilta Demo yo

Etid Ka

Avantaj Sèvis yo

●Ekspètiz vaste ak dosye piblikasyonAvèk tout rezilta akimile yo, BMKGene te konplete plis pase 90 pwojè jenomik konparatif, ak yon faktè enpak kimilatif ki rive 900.

●Analiz byoenformatik konplèpake analiz la gen ladan l uit analiz ki pi souvan mande yo, li bay figi byen fèt ki pare pou pibliye epi ki pèmèt yon entèpretasyon fasil rezilta yo.

●Ekip byoenformatik ki trè kalifye ak yon sik analiz koutAvèk anpil eksperyans nan analiz jenomik konparatif, ekip BMKGene a satisfè divès demand analiz pèsonalize nan yon ti tan.

●Sipò apre lavant:Angajman nou an ale pi lwen pase fini pwojè a avèk yon peryòd sèvis apre lavant 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè a, asistans pou depanaj, ak sesyon kesyon-repons pou reponn nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.

Espesifikasyon Sèvis yo

Tan estimasyon pou repare bagay yo

Kantite espès

Analiz

30 jou travay

6 - 12

Gwoupman fanmi jèn

Ekspansyon ak kontraksyon fanmi jèn

Konstriksyon pyebwa filojenetik

Estimasyon tan divèjans (kalibrasyon fosil obligatwa)

Tan pou mete LTR (Pou plant yo)

Diplikasyon tout jenòm lan (Pou plant yo)

Presyon selektif

Analiz senteni

Analiz byoenformatik

● Fanmi jèn

● Filojenetik

● Tan divèjans

● Presyon selektif

● Analiz senteni

Egzijans echantiyon ak livrezon

Egzijans pou echantiyon yo:

Tisi oswa ADN pou sekansaj ak asanblaj jenòm

Pou Tisi

Espès	Tisi	Sondaj	PacBio CCS
Animal	Tisi viseral	0.5 ~ 1 gram	≥ 3.5 g
	Tisi miskilè		≥ 3.5 g
			≥ 5.0 g
			≥ 5.0 mL
	San mamifè		≥ 5.0 mL
	San mamifè		≥ 0.5 mL
	San bèt volay/pwason		≥ 0.5 mL
Plant	Fèy fre	1 ~ 2 g	≥ 5.0 g
	Petal/Tij	1 ~ 2 g	≥ 10.0 g
	Rasin/Grenn	1 ~ 2 g	≥ 20.0 g
Selil yo	Selil kiltive	-	≥ 1 x 10⁸

Done

Fichye sekans jenòm (.fasta) ak fichye anotasyon (.gff3) espès ki gen rapò sere

Koule Travay Sèvis la

Konsepsyon eksperyans

Livrezon echantiyon

Konstriksyon bibliyotèk

Sekansaj

Analiz done

Sèvis apre-lavant

Anvan: Jenetik Evolisyonè

Apre: Analiz Segregasyon An Gwo Kantite

*Rezilta demonstrasyon yo montre isit la soti nan tout jenòm pibliye ak Biomarker Technologies.

1. Estimasyon tan ensèsyon LTR: Figi a montre yon distribisyon bimodal inik nan tan ensèsyon LTR-RT nan jenòm seigle Weining, konpare ak lòt espès yo. Pik ki pi resan an te parèt anviwon 0.5 milyon ane de sa.

3LTR-estimasyon-tan-ensèsyon-nan-Weining-rye

Li Guang et al.,Jenetik Natirèl, 2021

2. Analiz filojenik ak fanmi jèn sou chayote (Sechium edule): Lè nou analize chayote ak 13 lòt espès ki gen rapò nan fanmi jèn nan, nou te jwenn ke Chayote gen rapò ki pi pre ak kalbas koulèv (Trichosanthes anguina). Chayote te sòti nan kalbas koulèv nan anviwon 27-45 Mya epi nou te obsève diplikasyon jènòm konplè (WGD) nan chayote nan 25±4 Mya, ki se twazyèm evènman WGD nan cucuibitaceae.

4Pye bwa filogenetik chayòt la

Fu A et al.,Rechèch Ortikilti, 2021

3. Analiz senteni: Yo te jwenn kèk jèn ki gen rapò ak fitoòmòn nan devlopman fwi nan chayòt, kalbas koulèv ak kalbas. Korelasyon ant chayòt ak kalbas yon ti kras pi wo pase sa ki genyen ant chayòt ak kalbas koulèv.

4Pye bwa filogenetik chayòt la

Fu A et al.,Rechèch Ortikilti, 2021

4. Analiz fanmi jèn: Anrichisman KEGG sou ekspansyon ak kontraksyon fanmi jèn nan jenòm G.thurberi ak G.davidsonii montre ke byosentèz esteroyid ak jèn ki gen rapò ak byosentèz brassinosteroid yo te elaji.

4Pye bwa filogenetik chayòt la

Yang Z et al.,Biyoloji BMC, 2021

5. Analiz diplikasyon tout jenòm lan: analiz distribisyon 4DTV ak Ks te montre evènman diplikasyon tout jenòm lan. Pik entraspes yo te montre evènman diplikasyon. Pik entèspes yo te montre evènman spesyasyon. Analiz la te endike ke, an konparezon ak twa lòt espès ki gen rapò sere yo, O. europaea te sibi yon diplikasyon jèn sou gwo echèl pi resamman.

4Pye bwa filogenetik chayòt la

Rao G et al.,Rechèch Ortikilti, 2021

Ka BMK

Roz san pikan: apèsi jenomik lye ak adaptasyon imidite

Pibliye: Revizyon Syans Nasyonal la, 2021

Estrateji sekans:

Basye aSan pikan(R.)Wichurainan) jenòm:
Apeprè 93 X PacBio + apeprè 90 X Nanopore + 267 X Illumina

Rezilta kle yo

1. Yo te konstwi yon jenòm R.wichuraiana ki gen gwo kalite lè l sèvi avèk teknik sekansaj lekti long, ki te bay yon asanblaj 530.07 Mb (Gwosè jenòm estime a te apeprè 525.9 Mb pa sitometri koule ak 525.5 pa sondaj jenòm； Eterozigozite a te anviwon 1.03%). Nòt BUSCO estime a te 93.9%. Konpare ak "Old blush" (haploOB), yo te konfime kalite ak konplè jenòm sa a pa presizyon baz sèl ak endèks asanblaj LTR (LAI=20.03). Jenòm R.wichuraiana a gen 32,674 jèn ki kode pwoteyin.

2. Analiz konjwen milti-omik, ki gen ladan jenomik konparatif, transkriptomik, analiz QTL popilasyon jenetik la, te revele spesiyasyon enpòtan ant R. wichuraiana ak Rosa chinensis. Epitou, varyasyon ekspresyon jèn ki gen rapò nan QTL gen anpil chans pou yo asosye avèk modèl pikan tij la.

7KEGG-anrichisman-sou-ekspansyon-ak-kontraksyon-fanmi-jèn

Analiz jenomik konparatif ant Basye's Thornless ak Rosa chinensis, ki gen ladan analiz senteni, gwoupman fanmi jèn, analiz ekspansyon ak kontraksyon, te revele yon gwo kantite varyasyon, ki gen rapò ak karakteristik enpòtan nan roz yo. Ekspansyon inik nan fanmi jèn NAC ak FAR1/FRS la gen anpil chans pou l asosye avèk rezistans a tach nwa.

81Analiz jenomik konparatif ant BT ak OB 82Analiz jenomik konparatif ant BT ak OB 83Analiz jenomik konparatif ant BT ak OB