Jenomik konparatif
Avantaj sèvis yo
● Pake analiz konplè, ki gen uit analiz ki pi souvan mande yo
● Segondè fyab nan analiz ak entèpretasyon detaye ak fasil konprann sou rezilta yo
● Chif ki byen fèt ki pare pou pibliye
● Ekip bioenfòmatik ki gen anpil konpetans satisfè divès demann analiz pèsonalize
● Pi kout tan vire ak pi wo presizyon nan analiz
● Eksperyans abondan ak plis pase 90 ka siksè ak faktè enpak akimilasyon pibliye ki gen plis pase 900
Espesifikasyon Sèvis
| Estimasyon tan vire | Kantite espès yo | Analiz |
| 30 jou travay | 6-12 | Gene fanmi gwoupman Gene fanmi ekspansyon ak kontraksyon Konstriksyon pye bwa filogenetik Estimasyon tan divèjans (kalibrasyon fosil obligatwa) Tan ensèsyon LTR (Pou plant) Duplication antye genomic (Pou plant) Presyon selektif Synteny analiz |
Analiz bioenfòmatik
● Gene fanmi
● Filogenetik
● Tan divergence
● Selektif presyon
● Analiz Synteny
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
Tisi oswa ADN pou sekans genòm ak asanble
Pou Tisi
| Espès | Tisi | Sondaj | PacBio CCS |
| Bèt | Tisi visceral | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Tisi nan misk | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| san mamifè | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| San bèt volay/Pwason | |||
| Plant | Fèy fre | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petal / Tij | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Rasin/Grenn | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Selil | Selil kiltive | - | ≥ 1 x 108 |
Done
Fichye sekans genòm (.fasta) ak fichye anons (.gff3) nan espès ki gen rapò sere
Koule Travay Sèvis
Eksperyans konsepsyon
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
*Rezilta Demo yo montre isit la se tout soti nan jenom pibliye ak Biomarker Technologies
1.LTR insert tan estimasyon: Figi a montre yon distribisyon inik bimodal nan fwa ensèsyon LTR-RT nan Weining RYE genomic, konpare ak lòt espès.Pik ki pi resan an te parèt anviwon 0.5 milyon ane de sa.
Li Guang et al.,Jenetik nati, 2021
2.Fylogeny ak analiz fanmi jèn sou chayote (Sechium edule): Lè yo analize chayote ak lòt 13 espès ki gen rapò nan fanmi jèn yo, yo jwenn Chayote ki pi sere ki gen rapò ak goud koulèv (Trichosanthes anguina).Chayote sòti nan goud koulèv nan alantou 27-45 Mya ak tout genomic duplication(WGD) te obsève nan chayote nan 25±4 Mya, ki se twazyèm evènman WGD nan cucuibitaceae.
Fu A et al.,Rechèch ortikilti, 2021
3.Synteny analiz: Gen kèk jèn ki gen rapò ak phytohormones nan devlopman fwi yo te jwenn nan chayote, goud koulèv ak kalbas.Korelasyon ant chayote ak kalbas se yon ti kras pi wo pase sa ki genyen ant chayote ak goud koulèv.
Fu A et al.,Rechèch ortikilti, 2021
4.Gene analiz fanmi: KEGG anrichisman sou ekspansyon fanmi jèn ak kontraksyon nan G.thurberi ak G.davidsonii genomes te montre ke esteroyid byosynthesis ak brassinosteroid byosentèz ki gen rapò jèn yo te elaji.
Yang Z et al.,BMC Biyoloji, 2021
5.Whole analiz duplication genomic: 4DTV ak analiz distribisyon Ks montre evènman duplication genomic antye.Pik nan intraspecies montre evènman repetisyon.Pik nan entè-espès yo montre evènman spesyasyon yo.Analiz la te endike ke konpare ak twa lòt espès ki gen rapò sere, O. europaea te pase nan yon gwo echèl repetisyon jèn pi resamman.
Rao G et al.,Rechèch ortikilti, 2021
Ka BMK
Rose san pike: Sur jenomik lye ak adaptasyon imidite
Pibliye: National Science Review, 2021
Estrateji sekans:
'Basye aSan pikan' (R.Wichurainan) genòm:
Apeprè.93 X PacBio + approx.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Rezilta kle yo
1.High bon jan kalite R.wichuraiana genomic te konstwi lè l sèvi avèk teknik sekans lekti long, ki bay yon asanble 530.07 Mb (Gwosè genomic estime te apeprè 525.9 Mb pa sikometri koule ak 525.5 pa sondaj genomic； Heterozygosity te alantou 1.03%).BUSCO estime nòt yo te 93.9%.Konpare ak "Old blush" (haploOB), bon jan kalite a ak konplè nan genòm sa a te konfime pa presizyon baz sèl-baz ak endèks asanble LTR (LAI = 20.03).R.wichuraiana genòm gen 32,674 jèn kodaj pwoteyin.
2.Multi-omics analiz jwenti, ki fòme ak konparatif jenomik, transcriptomics, analiz QTL nan popilasyon jenetik, revele spesyasyon enpòtan ant R. wichuraiana ak Rosa chinensis.Epitou, varyasyon ekspresyon jèn ki gen rapò nan QTL yo te gen anpil chans yo dwe asosye ak modèl prickle tij.
Analiz jenomik konparatif ant Thornless Basye ak Rosa chinensis ki gen ladan analiz synteny, gwoup fanmi jèn, ekspansyon ak analiz kontraksyon, revele gwo kantite varyasyon, ki gen rapò ak karakteristik enpòtan nan roz.Ekspansyon inik nan NAC ak fanmi jèn FAR1/FRS te gen anpil chans pou yo asosye ak rezistans nan tach nwa.
Genomik konparatif analiz ant BT ak haploOB jenom.
Zhong, M., et al."Rose san pike: konesans jenomik ki lye ak adaptasyon imidite"National Science Review, 2021;, nwab092.
