Tout longè mRNA sekans -PacBio

De novosekans transcriptom plen longè, ke yo rele touDe novoIso-Seq pran avantaj ki genyen nan sekansè PacBio nan longè li, ki pèmèt sekans molekil cDNA plen longè san okenn repo.Sa a konplètman evite nenpòt erè ki te pwodwi nan etap asanble transkripsyon ak konstwi seri unigene ak rezolisyon nivo isoform.Ansanm unigene sa a bay enfòmasyon jenetik pwisan kòm "referans genòm" nan nivo transcriptome.Anplis de sa, konbine avèk pwochen jenerasyon done sekans, sèvis sa a pèmèt yon quantification egzat nan ekspresyon nivo isoform.

Platfòm: PacBio Sequel II

Bibliyotèk: SMRT bell library

Kontakte nou

Detay Sèvis

Rezilta Demo

Etid ka

Avantaj sèvis yo

● Lekti dirèk tout longè molekil cDNA soti nan fen 3' rive nan fen 5'

● Iso-fòm nivo rezolisyon nan estrikti sekans

● Relve nòt ki gen gwo presizyon ak entegrite

● Trè konpatib ak espès vaiours

● Gwo kapasite sekans ak 4 platfòm sekans PacBio Sequel II ekipe

● Anpil eksperyans ak plis pase 700 pwojè sekans RNA ki baze sou Pacbio

● Livrezon rezilta ki baze sou BMKCloud: Mining done Customized ki disponib sou platfòm.

● Sèvis apre-sale valab pou 3 mwa apre pwojè fini

Espesifikasyon Sèvis

Platfòm: PacBio Sequel II

Bibliyotèk sekans: Poly A-anrichi bibliyotèk mRNA

Rendeman done rekòmande: 20 Gb/echantiyon (Depann sou espès)

FLNC（%）: ≥75%

*FLNC: Transsipasyon tout longè ki pa chimerik

Analiz bioenfòmatik

● Pwosesis done kri

● Transkripsyon idantifikasyon

● Estrikti sekans

● Kantifikasyon ekspresyon

● Anotasyon Fonksyon

Egzanp kondisyon ak livrezon

Egzanp kondisyon:

Nukleotid:

Konk. (ng/μl)

Kantite (μg)

Pite

Entegrite

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl.

Pou plant: RIN≥7.5;

Pou bèt: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz

Tisi: Pwa (sèk):≥1 g
* Pou tisi ki pi piti pase 5 mg, nou rekòmande pou voye echantiyon tisi nan frizè (nan nitwojèn likid).

Sispansyon selilè:Konte selil = 3 × 10⁶- 1×10⁷
* Nou rekòmande pou voye lisat selil ki nan frizè.Nan ka selil sa a konte pi piti pase 5 × 10⁵, flash jele nan nitwojèn likid rekòmande, ki se pi preferab pou ekstraksyon mikwo.

Echantiyon san:Volim≥1 mL

Mikwo-òganis:Mas ≥ 1 g

Livrezon echantiyon rekòmande

Veso:
Tib santrifij 2 ml (pa rekòmande papye fèblan)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

chajman:

1. Sèk-glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
2. Tib RNAstable: echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.

Koule Travay Sèvis

Eksperyans konsepsyon

Livrezon echantiyon

RNA ekstraksyon

Konstriksyon bibliyotèk

Sekans

Analiz done

Sèvis apre-sale

Previous: Eukaryotic mRNA Sekans-Illumina

Pwochen: Full-Length mRNA Sekans-Nanopore

1.FLNC distribisyon longè

Longè tout longè lekti ki pa chimerik (FLNC) endike longè cDNA nan konstriksyon bibliyotèk.Distribisyon longè FLNC se yon endikatè enpòtan nan evalye kalite konstriksyon bibliyotèk la.

mRNA-FLNC-li-longè-distribisyon

FLNC li distribisyon longè

2.Complete ORF rejyon distribisyon longè

Nou itilize TransDecoder pou predi rejyon kodaj pwoteyin ak sekans asid amine korespondan pou jenere seri unigene, ki gen enfòmasyon konplè transkripsyon ki pa redondants nan tout echantiyon yo.

mRNA-Konplete-ORF-longè-distribisyon

Ranpli distribisyon longè rejyon ORF

3.KEGG chemen anrichisman analiz

Yo ka idantifye transkripsyon ki eksprime diferan (DET) lè w aliye done sekans RNA ki baze sou NGS sou seri transkripsyon tout longè ki te pwodwi pa done sekans PacBio.DET sa yo ka plis trete pou analiz fonksyonèl divès kalite, pa egzanp analiz anrichisman chemen KEGG.

mRNA-DEG-KEGG-chemen-anrichi

DET KEGG chemen anrichisman -Dot trase

Ka BMK

Dinamik devlopman nan transcriptom tij Populus la

Pibliye: Plant Biotechnologie Journal, 2019

Estrateji sekans:
Koleksyon echantiyon:rejyon tij: apex, premye internode (IN1), dezyèm internode (IN2), twazyèm internode (IN3), internode (IN4) ak internode (IN5) soti nan Nanlin895
NGS-sekans:RNA nan 15 moun yo te pisin kòm yon echantiyon byolojik.Twa replike byolojik nan chak pwen yo te trete pou sekans NGS
TGS-sekans:Rejyon tij yo te divize an twa rejyon, sa vle di apex, IN1-IN3 ak IN4-IN5.Chak rejyon te trete pou sekans PacBio ak kat kalite bibliyotèk: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb ak 3-10 kb.

Rezilta kle yo

1.Yon total de 87150 transkripsyon plen longè yo te idantifye, nan ki, 2081 izoform roman ak 62058 izoform altènatif spliced roman yo te idantifye.
Yo te idantifye 2.1187 lncRNA ak 356 jèn fizyon.
3. Soti nan kwasans prensipal rive nan kwasans segondè, yo te idantifye 15838 transkripsyon diferan ki eksprime soti nan 995 jèn ki eksprime diferan.Nan tout DEG yo, 1216 se te faktè transcription, pifò ladan yo poko rapòte.
4.GO analiz anrichisman revele enpòtans divizyon selilè ak pwosesis oksidasyon-rediksyon nan kwasans prensipal ak segondè.