Jenetik evolisyonè
Avantaj sèvis yo
Takagi et al.,Jounal plant lan, 2013
● Estimasyon tan divèjans espès ak vitès ki baze sou varyasyon nan nivo nukleotid ak asid amine.
● Devwale relasyon filojenetik ki pi serye ant espès ak enfliyans minimize nan evolisyon konvèjan ak evolisyon paralèl.
● Konstwi lyen ant chanjman jenetik ak fenotip pou dekouvri jèn ki gen rapò ak karakteristik yo
● Estimasyon divèsite jenetik, ki reflete potansyèl evolisyonè espès yo
● Pi vit tan rotation
● Eksperyans anpil: BMK te akimile eksperyans masiv nan popilasyon ak pwojè evolisyonè ki gen rapò pou plis pase 12 ane, ki kouvri dè santèn de espès, elatriye ak kontribye nan plis pase 80 pwojè wo nivo pibliye nan Kominikasyon Lanati, Plant Molekilè, Plant Biotechnology Journal, elatriye.
Espesifikasyon Sèvis
Materyèl:
Nòmalman, yo rekòmande omwen twa sub-populasyon (pa egzanp sou-espès oswa souch).Chak sou-popilasyon ta dwe genyen pa mwens pase 10 moun (Plant > 15, yo ka redwi pou espès ki ra).
Estrateji sekans:
* WGS ka itilize pou espès ki gen bon jan kalite jenom referans, pandan y ap SLAF-Seq aplikab pou espès swa ki gen oswa san yon jenom referans, oswa genomic referans ki gen bon jan kalite pòv.
| Aplikab a gwosè genomic | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 Mb | 10×/endividi | WGS pi rekòmande |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Analiz bioenfòmatik
● Analiz evolisyonè
● Selektif bale
● Gene koule
● Istwa demografik
● Tan divergence
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
| Espès | Tisi | WGS-NGS | SLAF |
| Bèt
| Tisi visceral |
0.5 ~ 1g
|
0.5g
|
| Tisi nan misk | |||
| san mamifè | 1.5mL
| 1.5mL
| |
| San bèt volay/Pwason | |||
| Plant
| Fèy fre | 1 ~ 2g | 0.5 ~ 1g |
| Petal / Tij | |||
| Rasin/Grenn | |||
| Selil | Selil kiltive |
| gDNA | Konsantrasyon | Kantite lajan (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Koule Travay Sèvis
Eksperyans konsepsyon
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
*Rezilta Demo yo montre isit la se tout soti nan jenom pibliye ak BMKGENE
1.Evolisyon analiz gen konstriksyon pye bwa filogenetik, estrikti popilasyon ak PCA ki baze sou varyasyon jenetik.
Pye bwa filogenetik reprezante relasyon taksonomik ak evolisyonè nan mitan espès ki gen zansèt komen.
PCA gen pou objaktif pou wè pwoksimite ant sub-populasyon yo.
Estrikti popilasyon an montre prezans sub-popilasyon jenetikman diferan an tèm de frekans alèl.
Chen, et.al.,PNAS, 2020
2.Selektif bale
Bale selektif refere a yon pwosesis kote yo chwazi yon sit avantaje ak frekans sit net ki lye yo ogmante epi sa yo ki nan sit ki pa lye yo diminye, sa ki lakòz rediksyon nan rejyon an.
Deteksyon nan tout genòm nan rejyon bale selektif yo trete lè yo kalkile endèks jenetik popilasyon an (π，Fst, Tajima a D) nan tout SNP nan yon fenèt glisman (100 Ko) nan sèten etap (10 Kb).
Divèsite nikleotid (π)
Tajima a D
Endèks fiksasyon (Fst)
Wu, et.al.,Plant molekilè, 2018
3.Gene Flow
Wu, et.al.,Plant molekilè, 2018
4.Istwa demografik
Zhang, et.al.,Lanati Ekoloji & Evolisyon, 2021
5.Divergence tan
Zhang, et.al.,Lanati Ekoloji & Evolisyon, 2021
Ka BMK
Yon kat varyasyon jenomik bay enfòmasyon sou baz jenetik seleksyon Spring Chinese Chou (Brassica rapa ssp. Pekinensis).
Pibliye: Plant molekilè, 2018
Estrateji sekans:
Resekans: pwofondè sekans: 10 ×
Rezilta kle yo
Nan etid sa a, 194 chou Chinwa yo te trete pou re-sekans ak pwofondè mwayèn nan 10 ×, ki bay 1,208,499 SNP ak 416,070 InDels.Analiz filogenetik sou 194 liy sa yo montre ke liy sa yo ka divize an twa ekotip, prentan, ete ak otòn.Anplis de sa, estrikti popilasyon ak analiz PCA te endike ke prentan chou Chinwa yo te soti nan yon chou otòn nan Shandong, Lachin.Sa yo te imedyatman prezante nan Kore di ak Japon, janbe lòt ak liy lokal yo ak kèk varyete an reta-bolting nan yo te prezante tounen nan Lachin epi finalman te vin Spring Chinese Chou.
Genomic-lajè eskanè sou prentan chou Chinwa ak chou otòn sou seleksyon revele 23 genomic loci ki te pase nan seleksyon fò, de nan yo ki te sipèpoze ak boulon-tan kontwole rejyon ki baze sou kat QTL-.Yo te jwenn de rejyon sa yo ki genyen jèn kle ki kontwole flè, BrVIN3.1 ak BrFLC1.De jèn sa yo te konfime plis ke yo patisipe nan tan boulon pa etid transcriptome ak eksperyans transjenik.
 Analiz estrikti popilasyon sou chou Chinwa |  Enfòmasyon jenetik sou seleksyon chou Chinwa |
Tongbing, et al."Yon kat varyasyon jenomik bay enfòmasyon sou baz jenetik seleksyon prentan chou Chinwa (Brassica rapa ssp.pekinensis)."Plant molekilè,11(2018):1360-1376.
