Sekansaj ARNm konplè-Nanopore
Karakteristik
● Kaptire ARNm poli-A ki swiv pa sentèz ADNc ak preparasyon bibliyotèk
● Sekansaj transkripsyon konplè yo
● Analiz byoenformatik ki baze sou aliyman ak yon jenòm referans
● Analiz byoenformatik la pa sèlman gen ladan l ekspresyon nan nivo jèn ak izofòm, men tou analiz lncRNA, fizyon jèn, poli-adenylasyon ak estrikti jèn.
Avantaj Sèvis yo
●Kantifikasyon ekspresyon nan nivo izofòm nan: pèmèt analiz ekspresyon detaye ak egzat, devwale chanjman ki ka maske lè w ap analize tout ekspresyon jèn nan
●Rediksyon nan demann done:Konpare ak Sekansaj Pwochen Jenerasyon (NGS), sekansaj Nanopore montre mwens bezwen done, sa ki pèmèt nivo ekivalan saturation kantifikasyon ekspresyon jèn ak done ki pi piti.
●Pi gwo presizyon nan kantifikasyon ekspresyonni nan nivo jèn ni nan nivo izofòm
●Idantifikasyon enfòmasyon transkriptomik adisyonèlpoliadenilasyon altènatif, jèn fizyon ak lcnRNA ak jèn sib yo
●Ekspètiz vasteEkip nou an pote yon richès eksperyans nan chak pwojè, li fin konplete plis pase 850 pwojè transkriptòm konplè Nanopore epi li fin trete plis pase 8,000 echantiyon.
●Sipò apre lavantAngajman nou an pwolonje pi lwen pase fini pwojè a avèk yon peryòd sèvis apre lavant 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè a, asistans pou depanaj, ak sesyon kesyon-repons pou reponn nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Egzijans echantiyon ak livrezon
| Bibliyotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande | Kontwòl Kalite |
| Anrichisman Poly A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Nòt kalite mwayèn: Q10 |
Egzijans pou echantiyon yo:
Nukleotid:
| Konsantrasyon (ng/μl) | Kantite (μg) | Pite | Entegrite |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Kontaminasyon pwoteyin oswa ADN limite oswa pa montre okenn kontaminasyon sou jèl la. | Pou plant yo: RIN≥7.0; Pou bèt yo: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; elevasyon debaz limite oswa pa genyen |
● Plant yo:
Rasin, Tij oswa Petal: 450 mg
Fèy oswa Grenn: 300 mg
Fwi: 1.2 g
● Animal:
Kè oswa Entesten: 300 mg
Vizè oswa sèvo: 240 mg
Misk: 450 mg
Zo, cheve oswa po: 1g
● Artropòd:
Ensèk: 6g
Krustase: 300 mg
● San konplè1 tib
● Selil yo: 106 selil yo
Livrezon Echantiyon Rekòmande
Veso: Tib santrifij 2 ml (Papye aliminyòm pa rekòmande)
Etikèt echantiyon: Gwoupe+replike pa egzanp A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Chajman:
1. Glas sèk: Echantiyon yo bezwen mete nan sache epi antere nan glas sèk.
2. Tib ARNstable: Echantiyon ARN yo ka seche nan tib estabilizasyon ARN (pa egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.
Koule Travay Sèvis la
Nukleotid:
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekansaj
Analiz done
Sèvis apre-lavant
Koule Travay Sèvis la
Tisi:
Konsepsyon eksperyans
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon ARN
Konstriksyon bibliyotèk
Sekansaj
Analiz done
Sèvis apre-lavant
● Tretman done brit yo
● Idantifikasyon transkripsyon
● Episaj altènatif
● Kantifikasyon ekspresyon nan nivo jèn ak nivo izofòm
● Analiz ekspresyon diferansyèl
● Anotasyon ak anrichisman fonksyon (DEG ak DET)
Analiz épissage altènatif
Analiz Poliadenilasyon Altènatif (APA)
Prediksyon lncRNA
Anotasyon nouvo jèn yo
Gwoupman DET yo
Rezo Pwoteyin-Pwoteyin nan DEG yo
Eksplore avansman sèvis sekansaj ARNm konplè Nanopore BMKGene yo fasilite atravè yon koleksyon piblikasyon byen òganize.
Gong, B. et al. (2023) 'Aktivasyon epigenetik ak transkripsyonèl kinaz sekretè FAM20C kòm yon onkojèn nan gliyòm', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'Sekans transkriptòm konplè lenfosit ki reponn a IFN-γ revele yon repons iminitè Th1-skewed nan flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Analiz konparatif metòd sekansaj ARN PacBio ak ONT pou idantifikasyon venen Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Analiz Nano-seq revele diferan tandans fonksyonèl ant ègzozòm ak mikwovezikil ki sòti nan hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
