De novo Chanpiyon Genome Asanble
BMKGENE ofri solisyon versatile pou jenòm chanpiyon, pou satisfè divès bezwen rechèch ak konplè jenòm ki dezire a. Itilizasyon sekansaj Illumina lekti kout sèlman pèmèt jenerasyon yon bouyon jenòm. Sekansaj lekti kout ak lekti long lè l sèvi avèk Nanopore oswa Pacbio yo konbine pou yon jenòm chanpiyon ki pi rafine ak kontig ki pi long. Anplis de sa, entegrasyon sekansaj Hi-C amelyore kapasite yo plis toujou, sa ki pèmèt reyalize yon jenòm konplè nan nivo kwomozòm.
Karakteristik Sèvis yo
Avèk twa opsyon posib pou chwazi selon degre konplèt jenòm lan ou vle a:
● Opsyon Jenòm Bouyon: Sekansaj lekti kout ak Illumina NovaSeq PE150.
● Opsyon Jenòm Fongis Amann:
Sondaj sou Jenòm: Illumina NovaSeq PE150.
Asanblaj Jenòm: PacBio Revio (lekti HiFi) oubyen Nanopore PromethION 48.
● Jenòm chanpiyon nan nivo kwomozòm:
Sondaj sou Jenòm: Illumina NovaSeq PE150.
Asanblaj Jenòm: PacBio Revio (lekti HiFi) oubyen Nanopore PromethION 48.
Ankraj Kontig ak asanblaj Hi-C.
Avantaj Sèvis yo
●Plizyè estrateji sekans disponibPou diferan objektif rechèch ak egzijans konplèt jenòm lan
●Pwosesis konplè pou byoenformatik:Sa gen ladan l asanblaj jenòm ak prediksyon plizyè eleman jenomik, anotasyon jèn fonksyonèl, ak ankraj kontig.
●Ekspètiz vasteAvèk plis pase 12,000 jenòm mikwòb ki rasanble, nou pote plis pase yon deseni eksperyans, yon ekip analiz ki trè kalifye, kontni konplè, ak yon ekselan sipò apre-lavant.
●Sipò apre lavant:Angajman nou an ale pi lwen pase fini pwojè a avèk yon peryòd sèvis apre lavant 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè a, asistans pou depanaj, ak sesyon kesyon-repons pou reponn nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Espesifikasyon Sèvis yo
| Sèvis | Estrateji Sekans | Kontwòl Kalite |
| Bouyon Jenòm | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Bon Jenòm | Sondaj sou jenòm: Illumina PE150 50 x Asanblaj: PacBio HiFi 30x oswa Nanopore 100x | kontig N50 ≥1Mb (Pacbio Iniselilè) kontig N50 ≥2Mb (ONT Iniselilè) kontig N50 ≥500kb (Lòt) |
| Jenòm nan nivo kwomozòm | Sondaj sou jenòm: Illumina PE150 50 x Asanblaj: PacBio HiFi 30x oswa Nanopore 100x Asanble Hi-C 100x | Rapò ankraj kontig> 90%
|
Egzijans Sèvis yo
| Konsantrasyon (ng/µL) | Kantite total (µg) | Volim (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopò | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Limyè | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Chanpiyon iniselilè: ≥3.5x1010 selil yo
Chanpiyon Makro: ≥10 g
Koule Travay Sèvis la
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekansaj
Analiz done
Sèvis apre-lavant
Gen ladan analiz sa a:
Sondaj sou Jenòm:
- Kontwòl kalite done sekans
- Estimasyon jenòm: gwosè, eterozigozite, eleman repetitif
Asanblaj Jenòm Fine:
- Kontwòl Kalite Done Sekans
- De nouvoAsanble
- Analiz Konpozan Jenòm: Prediksyon CDS ak plizyè eleman jenomik
- Anotasyon fonksyonèl ak plizyè baz done jeneral (GO, KEGG, elatriye) ak baz done avanse (CARD, VFDB, elatriye)
Asanble Hi-C:
- Evalyasyon Bibliyotèk Hi-C.
- Kontigs ki ankre gwoupman, lòd ak oryante
- Evalyasyon Asanblaj HI-C: Baze sou jenòm referans ak kat chalè
Sondaj sou jenòm: distribisyon k-mer
Asanblaj jenòm: anotasyon omolog jèn (baz done NR)
Asanblaj jenòm: anotasyon jèn fonksyonèl (GO)
Eksplore avansman sèvis asanblaj jenòm chanpiyon BMKGene yo fasilite atravè yon koleksyon piblikasyon byen òganize.
Hao, J. et al. (2023) 'Pwofilaj omik entegre dyondyon medsinal Inonotus obliquus anba kondisyon anba dlo',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Sekansaj jènòm revele evolisyon ak mekanis patojèn Rhizoctonia cerealis, yon patojèn ki rele tach je byen file nan ble a',Jounal Rekòt la, 11(2), pp 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Resous Jenòm pou Kat Espès Clarireedia ki Lakòz Tach Dollar sou Gazon Divès',Maladi Plant yo, 107(3), paj 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Prèv jenetik ak molekilè yon sistèm kwazman tetrapolè nan dyondyon manjab Grifola frondosa a',Jounal Chanpiyon, 9(10), paj 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
