Asanblaj Jenòm ki baze sou Hi-C
Hi-C se yon metòd ki fèt pou kaptire konfigirasyon kwomozòm lè li konbine entèraksyon ki baze sou pwòksimite ak sekansaj wo débit. Yo kwè entansite entèraksyon sa yo gen yon korelasyon negatif ak distans fizik sou kwomozòm yo. Se poutèt sa, done Hi-C yo itilize pou gide gwoupman, lòd ak oryantasyon sekans ki reyini nan yon bouyon jènòm epi ankre yo sou yon sèten kantite kwomozòm. Teknoloji sa a pèmèt yon asanblaj jènòm nan nivo kwomozòm san yon kat jenetik ki baze sou popilasyon. Chak jènòm bezwen yon Hi-C.
Karakteristik Sèvis yo
● Sekansaj sou Illumina NovaSeq avèk PE150.
● Sèvis la mande echantiyon tisi, olye de asid nikleyik yo ekstrè, pou yo lye avèk fòmaldeyid epi konsève entèraksyon ADN-pwoteyin yo.
● Eksperyans Hi-C a enplike restriksyon ak reparasyon bout kolan yo ak biotin, ki te swiv pa sikilarizasyon bout mou yo pandan y ap prezève entèraksyon yo. Apre sa, yo rale ADN nan desann ak pèl streptavidin epi yo pirifye li pou preparasyon bibliyotèk ki vin apre a.
Avantaj Sèvis yo
Apèsi sou Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Syans, 2009)
●Elimine Bezwen pou Done Jenetik Popilasyon an:Hi-C ranplase enfòmasyon esansyèl ki nesesè pou ankraj kontig la.
●Dansite makè ki wo:sa ki lakòz yon rapò ankraj kontig ki wo, pi wo pase 90%.
●Ekspètiz vaste ak dosye piblikasyon:BMKGene gen yon eksperyans vas ak plis pase 2000 ka Asanblaj Jenòm Hi-C ki soti nan 1000 espès diferan ak plizyè patant. Plis pase 200 ka pibliye yo gen yon faktè enpak akimilatif ki plis pase 2000.
●Ekip byoenformatik ki trè kalifye:Avèk patant entèn ak dwa otè lojisyèl pou eksperyans Hi-C ak analiz done, lojisyèl done vizyalizasyon pwòp tèt ou a pèmèt deplase blòk manyèlman, ranvèse, anile, ak refè.
●Sipò apre lavant:Angajman nou an ale pi lwen pase fini pwojè a avèk yon peryòd sèvis apre lavant 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè a, asistans pou depanaj, ak sesyon kesyon-repons pou reponn nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
●Anotasyon konplèNou itilize plizyè baz done pou nou anote fonksyonèlman jèn ki gen varyasyon idantifye yo epi fè analiz anrichisman ki koresponn lan, sa ki bay enfòmasyon sou plizyè pwojè rechèch.
Espesifikasyon Sèvis yo
| Preparasyon bibliyotèk | Estrateji sekans | Done rekòmande pou sòti | Kontwòl kalite |
| Bibliyotèk Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100 fwa | Q30 ≥ 85% |
Egzijans Egzanp
| Tisi | Kantite lajan obligatwa |
| Vizè bèt yo | ≥ 2 g |
| Misk bèt | |
| San Mamifè | ≥ 2 mL |
| San bèt volay/pwason | |
| Plant - Fèy fre | ≥ 3 g |
| Selil Kiltive | ≥ 1x107 |
| Ensèk | ≥ 2 g |
Koule Travay Sèvis la
Konsepsyon eksperyans
Livrezon echantiyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekansaj
Analiz done
Sèvis apre-lavant
1) Done kri QC
2) QC bibliyotèk Hi-C: estimasyon entèraksyon Hi-C valab yo
3) Asanblaj Hi-C: gwoupman kontig yo an gwoup, ki te swiv pa lòd kontig nan chak gwoup epi asiyen oryantasyon kontig la.
4) Evalyasyon Hi-C
QC Bibliyotèk Hi-C – estimasyon pè entèraksyon valab Hi-C yo
Asanble Hi-C - estatistik
Evalyasyon apre asanblaj - kat chalè entansite siyal ant bwat yo
Eksplore avansman sèvis asanblaj Hi-C BMKGene yo fasilite atravè yon koleksyon piblikasyon byen òganize.
Tian, T. et al. (2023) 'Asanblaj jenòm ak diseksyon jenetik yon jèmoplasm mayi ki rezistan a sechrès', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Yon Asanblaj Jenòm Myèl Azyatik Apis cerana a nan yon Echèl Kwomozòm', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Devwale evolisyon byosentèz alkaloid tropan yo lè nou analize de jenòm nan fanmi Solanaceae a', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Jenòm Banyan ak Gèp Polinizatè a Bay Aprantisaj sou Koevolisyon Fig-Gèp', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
