Asanble Genome ki baze sou Hi-C
Avantaj sèvis yo
Apèsi sou Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Syans, 2009)
● Pa gen bezwen nan konstwi popilasyon jenetik pou ancrage kontig;
● Pi wo dansite makè ki mennen nan pi wo rapò ancrage kontig nan pi wo a 90%;
● Pèmèt evalyasyon ak koreksyon sou asanble genòm ki egziste deja;
● Pi kout tan vire ak pi wo presizyon nan asanble genomic;
● Eksperyans abondan ak plis pase 1000 bibliyotèk Hi-C konstwi pou plis pase 500 espès;
● Plis pase 100 ka ki gen siksè ak faktè enpak akimilasyon pibliye ki gen plis pase 760;
● Hi-C baze asanble genomic pou poliploid genomic, 100% pousantaj ancrage te reyalize nan pwojè anvan yo;
● Patant andedan kay la ak copyright lojisyèl pou eksperyans Hi-C ak analiz done;
● Oto-devlope vizyalize lojisyèl akor done, pèmèt blòk manyèl deplase, ranvèse, anile ak refè.
Espesifikasyon Sèvis
|
Kalite bibliyotèk
|
Platfòm | Li Longè | Rekòmande estrateji |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Analiz bioenfòmatik
● Kontwòl kalite done anvan tout koreksyon
● Hi-C bibliyotèk kontwòl kalite
● Hi-C baze asanble genomic
● Evalyasyon apre asanble a
Egzanp kondisyon ak livrezon
Egzanp kondisyon:
| Bèt | Chanpiyon | Plant yo
|
| Tisi jele: 1-2g pou chak bibliyotèk Selil: 1x 10 ^ 7 selil pou chak bibliyotèk | Tisi jele: 1g pou chak bibliyotèk | Tisi jele: 1-2g pou chak bibliyotèk
|
| *Nou rekòmande pou voye omwen 2 aliquot (1 g chak) pou eksperyans Hi-C la. | ||
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Pou pifò nan echantiyon yo, nou rekòmande pou pa konsève nan etanòl.
Egzanp etikèt: Egzanp yo dwe make byen klè epi yo dwe idantik ak fòm enfòmasyon echantiyon yo soumèt.
Chajman: Sèk glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache an premye epi antere l nan glas sèk.
Koule Travay Sèvis
Eksperyans konsepsyon
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon ADN
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
*Rezilta Demo yo montre isit la se tout soti nan jenom pibliye ak Biomarker Technologies
1.Hi-C entèraksyon chalè kat jeyografik nanCamptotheca acuminatagenòm.Jan yo montre sou kat jeyografik la, entansite entèraksyon an gen rapò negatif ak distans lineyè a, ki endike yon asanble nivo kwomozòm ki trè egzat.(Rapò ancrage: 96.03%)
Kang M et al.,Nati Kominikasyon, 2021
2.Hi-C fasilite validation envèrsyon antGossypium hirsutumL. TM-1 A06 akG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Nature Communications, 2019
3.Asanble ak diferansyasyon biallelic nan genòm manioc SC205 la.Hi-C heatmap montre divize klè nan kwomozòm omològ.
Hu W et al.,Plant molekilè, 2021
4.Hi-C heatmap sou de asanble genomic espès Ficus:F.microcarpa(rapò ancrage: 99.3%) akF.hispida (rapò ancrage: 99.7%)
Zhang X et al.,Selil, 2020
Ka BMK
Genòm nan pye bwa Banyan ak gèp polinizatè bay apèsi sou koevolusyon fig-gèp.
Pibliye: Selil, 2020
Estrateji sekans:
F. mikrokarpa genòm: Apeprè.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenòm: Apeprè.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenòm: Apeprè.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Rezilta kle yo
1.De jenòm pye bwa banyan ak yon sèl genòm gèp polinizatè yo te konstwi lè l sèvi avèk PacBio sekans, Hi-C ak kat jeyografik lyen.
(1)F. mikrokarpagenòm: Yo te etabli yon asanble 426 Mb (97.7% nan gwosè genomic estime) ak contig N50 nan 908 Kb, nòt BUSCO nan 95.6%.An total 423 Mb sekans yo te ancrage nan 13 kwomozòm pa Hi-C.Anotasyon genòm bay 29,416 jèn pwoteyin ki kode.
(2)F. Hispidagenòm: Yon asanble 360 Mb (97.3% nan gwosè genomic estime) te sede ak contig N50 nan 492 Kb ak nòt BUSCO nan 97.4%.Yon total de sekans 359 Mb te ancrage sou 14 kwomozòm pa Hi-C ak trè idantik ak kat jeyografik lyen ki wo dansite.
(3)Eupristina verticillatagenòm: Yo te etabli yon asanble 387 Mb (Gwosè genòm estimasyon: 382 Mb) ak kontig N50 nan 3.1 Mb ak nòt BUSCO nan 97.7%.
2.Genomic comparative analiz revele gwo kantite varyasyon estrikti ant deFicusgenòm, ki te bay resous jenetik anpil valè pou etid evolisyon adaptasyon.Etid sa a, pou premye fwa, te bay apèsi sou koevolisyon Fig-gèp nan nivo jenomik.
 Dyagram Circos sou karakteristik jenomik deFicusgenòm, ki gen ladan kwomozòm, duplication segmentary (SDs), transpozon (LTR, TEs, DNA TEs), ekspresyon jèn ak synteny |  Idantifikasyon kwomozòm Y ak jèn kandida detèminasyon sèks |
Zhang, X., et al."Jenòm Banyan Tree ak gèp polinizatè bay yon apèsi sou koevolisyon Fig-Wasp."Selil 183.4 (2020).
