Long ki pa kodaj sekans-Illumina
Avantaj sèvis yo
● Avantaj sèvis yo
● Selilè ak tisi espesifik
● Etap espesifik eksprime ak prezante chanjman ekspresyon dinamik
● Modèl egzak ekspresyon tan ak espas
● Analiz ansanm ak done mRNA.
● Livrezon rezilta ki baze sou BMKCloud: Mining done Customized ki disponib sou platfòm.
● Sèvis apre-sale valab pou 3 mwa apre pwojè fini
Egzanp kondisyon ak livrezon
| Bibliyotèk | Platfòm | Done rekòmande | Done QC |
| rediksyon rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Konk. (ng/μl) | Kantite (μg) | Pite | Entegrite |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl. | Pou plant: RIN≥6.5; Pou bèt: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz |
Nukleotid:
Tisi: Pwa (sèk): ≥1 g
* Pou tisi ki pi piti pase 5 mg, nou rekòmande pou voye echantiyon tisi nan frizè (nan nitwojèn likid).
Sispansyon selilè: konte selil = 3 × 107
* Nou rekòmande pou voye lisat selil ki nan frizè.Nan ka selil sa a konte pi piti pase 5 × 105, flash jele nan nitwojèn likid rekòmande.
Echantiyon san:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ak 2mL san (TRIzol:san = 3:1)
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
chajman:
1.Dry-glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
2.Tib RNAstable: echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.
Koule Travay Sèvis
Eksperyans konsepsyon
Livrezon echantiyon
RNA ekstraksyon
Konstriksyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
Bioenfòmatik
1.LncRNA klasifikasyon
LncRNA prevwa pa kat lojisyèl ki anwo yo te klase nan 4 kategori: lincRNA, anti-sans-LncRNA, intronik-LncRNA;sans-LncRNA.Klasifikasyon LncRNA yo montre nan istogram ki anba a.
Klasifikasyon LncRNA
2.Cis-sible jèn analiz DE-lncRNA anrichisman
ClusterProfiler te anplwaye nan analiz anrichisman GO sou jèn cis-sible nan lncRNA diferan eksprime (DE-lncRNA), an tèm de pwosesis byolojik, fonksyon molekilè ak eleman selilè.Analiz anrichisman GO se yon pwosesis pou idantifye tèm GO siyifikativman anrichi DEG-dirije konpare ak genòm antye.Tèm anrichi yo te prezante nan istogram, tablo ti wonn, elatriye jan yo montre anba a.
Cis-sible jèn nan analiz anrichisman DE-lncRNA - Tablo Bubble
3. Lè nou konpare longè, nimewo exon, ORF ak kantite ekspresyon mRNA ak lncRNA, nou ka konprann diferans ki genyen nan estrikti, sekans ak sou sa ant yo, epi tou verifye si lncRNA roman nou prevwa a konfòme ak karakteristik jeneral yo.
Ka BMK
Deregleman pwofil ekspresyon lncRNA nan adenokarcinom nan poumon sourit ak mitasyon KRAS-G12D ak knockout P53.
Pibliye:Journal of Cellular and Molecular Medicine，2019
Estrateji sekans
Illumina
Koleksyon echantiyon
Selil NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) ak selil kontwòl negatif (sh-Scr) yo te jwenn nan 6 jou yon enfeksyon viral espesifik.
Rezilta kle yo
Etid sa a mennen ankèt sou lncRNAs yo eksprime aberan nan adenokarcinom nan poumon sourit ak knockout P53 ak mitasyon KrasG12D la.
1.6424 lncRNA yo te eksprime diferan (≥ 2-pliye chanjman, P <0.05).
2.Pami tout 210 lncRNAs (FC≥8), ekspresyon 11 lncRNAs 'te reglemante pa P53, 33 lncRNAs pa KRAS ak 13 lncRNAs pa ipoksi nan selil prensipal yo KP, respektivman.
3.NONMMUT015812, ki te konsiderableman moute-reglemante nan adenokarcinom nan poumon sourit ak negatif reglemante pa re-ekspresyon P53 la, yo te detekte analize fonksyon selilè li yo.
4.Knockdown NONMMUT015812 pa shRNAs diminye kapasite pwopagasyon ak migrasyon selil KP yo.NONMMUT015812 se te yon onkogen potansyèl.
 Analiz chemen KEGG nan jèn yo eksprime diferan nan selil KP NONMMUT015812-knockdown yo |  Gene Ontology analiz de jèn yo eksprime diferan nan selil KP NONMMUT015812-knockdown yo |
Referans
Pwofil ekspresyon lncRNA deregleman nan adenokarcinom nan poumon sourit ak mitasyon KRAS-G12D ak knockout P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
