Sekans mRNA ki pa baze sou referans-Illumina

Ki pa Peye-referans ki baze mRNA Sekans-Illumina Prezantasyon Imaj

Sekans mRNA adopte teknik sekans pwochen jenerasyon (NGS) pou pran mesaje RNA (mRNA) fòm Eukaryote nan peryòd espesifik ke kèk fonksyon espesyal yo aktive.Te transkripsyon ki pi long spliced yo rele 'Unigene' epi yo itilize kòm sekans referans pou analiz ki vin apre yo, ki se yon mwayen efikas pou etidye mekanis molekilè ak rezo regilasyon espès yo san referans.

Apre asanble done transcriptome ak anotasyon fonksyonèl unigene

(1) Analiz SSR, prediksyon CDS ak estrikti jèn yo pral prefòme.

(2) Kantifikasyon ekspresyon unigene nan chak echantiyon yo pral fèt.

(3) Yo pral dekouvri yonijèn ki eksprime diferan ant echantiyon (oswa gwoup) ki baze sou ekspresyon unijèn.

(4) Yo pral fè gwoupman, anotasyon fonksyonèl ak analiz anrichisman nan unigenes ki eksprime diferan.

Kontakte nou

Detay Sèvis

Bioenfòmatik

Rezilta Demo

Etid ka

Karakteristik

● Endepandan de nenpòt jenom referans,

● Done yo ka itilize pou analize estrikti ak ekspresyon relve nòt yo

● Idantifye sit taye varyab yo

Avantaj sèvis yo

● Livrezon rezilta ki baze sou BMKCloud: Rezilta yo delivre kòm dosye done ak rapò entèaktif atravè platfòm BMKCloud, ki pèmèt itilizatè-zanmitay lekti rezilta analiz konplèks ak min done Customized sou baz analiz byoenfòmatik estanda.

● Sèvis apre-sale: Sèvis apre-sale valab pou 3 mwa apre pwojè fini, ki gen ladan swivi pwojè, depanaj, rezilta Q&A, elatriye.

Egzanp kondisyon ak livrezon

Egzanp kondisyon:

Nukleotid:

Konk. (ng/μl)

Kantite (μg)

Pite

Entegrite

≥ 20

≥ 0.5

OD260/280 = 1.7-2.5

OD260/230 = 0.5-2.5

Limite oswa pa gen okenn pwoteyin oswa kontaminasyon ADN yo montre sou jèl.

Pou plant: RIN≥6.5;

Pou bèt: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limite oswa pa gen okenn elevasyon debaz

Tisi: Pwa (sèk): ≥1 g
* Pou tisi ki pi piti pase 5 mg, nou rekòmande pou voye echantiyon tisi nan frizè (nan nitwojèn likid).

Sispansyon selilè: konte selil = 3 × 10⁷
* Nou rekòmande pou voye lisat selil ki nan frizè.Nan ka selil sa a konte pi piti pase 5 × 10⁵, flash jele nan nitwojèn likid rekòmande.

Echantiyon san:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol ak 2mL san (TRIzol:san = 3:1)

Livrezon echantiyon rekòmande

Veso:
Tib santrifij 2 ml (pa rekòmande papye fèblan)
Egzanp etikèt: Gwoup + replike egzanp A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

chajman:
1.Dry-glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache epi antere l nan glas sèk.
2.Tib RNAstable: echantiyon RNA yo ka cheche nan tib estabilizasyon RNA (egzanp RNAstable®) epi voye yo nan tanperati chanm.

Koule Travay Sèvis

Eksperyans konsepsyon

Livrezon echantiyon

RNA ekstraksyon

Konstriksyon bibliyotèk

Sekans

Analiz done

Sèvis apre-sale

Previous: Long ki pa kodaj sekans-Illumina

Pwochen: Eukaryotic mRNA Sekans-Illumina

Bioenfòmatik

1.mRNA(denovo) Prensip Asanble

Pa Trinity, lekti yo fragmenté an pi piti moso, ke yo rekonèt kòm K-mer.Lè sa a, K-mers sa yo itilize kòm grenn yo dwe pwolonje nan kontig ak Lè sa a, eleman ki baze sou sipèpoze kontig.Finalman, De Bruijn te aplike isit la pou rekonèt relve nòt nan eleman yo.

mRNA-(De-novo)-Apèsi sou-nan-Trinity

mRNA (De novo) Apèsi sou Trinite

2.mRNA (De novo) Distribisyon Nivo Ekspresyon Jèn

RNA-Seq kapab reyalize yon estimasyon trè sansib nan ekspresyon jèn.Nòmalman, seri a detekte nan transkripsyon ekspresyon FPKM se sòti nan 10 ^ -2 a 10 ^ 6

mRNA-(De-novo)-Distribisyon-nan-dansite-FPKM-nan-chak-echantiyon

mRNA (De novo) Distribisyon dansite FPKM nan chak echantiyon

3.mRNA (De novo) GO anrichisman analiz DEGs

Baz done GO (Gene Ontology) se yon sistèm anotasyon byolojik estriktire ki gen yon vokabilè estanda nan fonksyon jèn ak pwodwi jèn yo.Li genyen plizyè nivo, kote ki pi ba nivo a, se plis espesifik fonksyon yo.

mRNA-(De-novo)-GO-klasifikasyon-de-DEGs-nan-dezyèm-nivo

mRNA (De novo) GO klasifikasyon DEG nan dezyèm nivo

Ka BMK

Analiz transcriptome nan metabolis sikwoz pandan anfle anpoul ak devlopman nan zonyon (Allium cepa L.)

Pibliye: fontyè nan syans plant yo, 2016

Estrateji sekans

Illumina HiSeq2500

Koleksyon echantiyon

Yo te itilize cultivar Utah Yellow Sweet Spain "Y1351" nan etid sa a.Kantite echantiyon yo te kolekte te
15yèm jou apre anfle (DAS) nan anpoul (2-cm dyamèt ak 3-4 g pwa), 30yèm DAS (5-cm dyamèt ak 100-110 g pwa), ak ~3 sou 40yèm DAS (7-cm dyamèt ak 260-300 gram).

Rezilta kle yo

1. nan dyagram Venn an, yo te detekte yon total de 146 DEG atravè tout twa pè etap devlopman.
2. "Transpò idrat kabòn ak metabolis" te reprezante pa sèlman 585 unigenes (sa vle di, 7% nan COG anote).
3.Unigenes ki te note avèk siksè nan baz done GO a te klase nan twa kategori prensipal pou twa etap diferan nan devlopman anpoul.Pifò reprezante nan kategori prensipal "pwosesis byolojik" yo te "pwosesis metabolik", ki te swiv pa "pwosesis selilè".Nan kategori prensipal "fonksyon molekilè" de kategori ki pi reprezante yo te "obligatwa" ak "aktivite katalitik".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Istogram nan klasifikasyon gwoup orthologous (COG).

Istogram klasifikasyon ontoloji jèn (GO) pou unigenes ki sòti nan anpoul nan twa etap devlopman

Dyagram Venn ki montre jèn yo eksprime diferan nan nenpòt de etap devlopman anpoul zonyon

Referans

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Analiz transcriptom nan metabolis sikwoz pandan anfle anpoul ak devlopman nan zonyon (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425