Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De NovoSekansman refere a konstriksyon tout jenòm yon espès lè l sèvi avèk teknoloji sekansman san yon jenòm referans. Entwodiksyon ak adopsyon lajè sekansman twazyèm jenerasyon an, ki prezante lekti ki pi long, te amelyore anpil asanblaj jenòm lan lè yo ogmante sipèpoze ant lekti yo. Amelyorasyon sa a patikilyèman enpòtan lè w ap fè fas ak jenòm difisil, tankou sa yo ki montre gwo eterozigozite, yon gwo rapò rejyon repetitif, poliployid, ak rejyon ki gen eleman repetitif, kontni GC anòmal, oswa gwo konpleksite ki tipikman mal rasanble lè l sèvi avèk sekansman lekti kout sèlman.
Solisyon konplè nou an bay sèvis sekansaj entegre ak analiz byoenformatik ki delivre yon jenòm de novo ki byen rasanble. Yon premye sondaj jenòm ak Illumina bay estimasyon gwosè ak konpleksite jenòm lan, epi enfòmasyon sa a itilize pou gide pwochen etap sekansaj lekti long ak PacBio HiFi, ki te swiv pade nouvoasanblaj kontig yo. Itilizasyon asanblaj HiC ki vin apre a pèmèt ankre kontig yo nan jenòm lan, pou jwenn yon asanblaj nan nivo kwomozòm. Finalman, yo anote jenòm lan pa prediksyon jèn ak pa sekans jèn ki eksprime yo, lè yo itilize transkriptòm ak lekti kout ak long.
Karakteristik Sèvis yo
● Entegrasyon plizyè sèvis sekansaj ak byoenformatik nan yon solisyon konplè:
Sondaj jenòm avèk Illumina pou estime gwosè jenòm lan epi gide etap ki vin apre yo;
Sekans lekti long poude nouvoasanblaj kontig yo;
Sekansaj Hi-C pou ankraj kwomozòm;
sekansaj mRNA pou anotasyon jèn;
Validasyon asanblaj la.
● Sèvis ki apwopriye pou konstwi nouvo jenòm oswa amelyorasyon jenòm referans ki deja egziste pou espès ki enterese nou yo.
Avantaj Sèvis yo
Devlopman platfòm sekansaj ak byoenformatik nande nouvoasanblaj jenòm
(Amarasinghe SL et al.,Biyoloji Jenòm, 2020)
●Ekspètiz vaste ak dosye piblikasyonBMKGene akimile yon eksperyans konsiderab nan asanblaj jenòm kalite siperyè nan divès espès, ki gen ladan jenòm diploid ak jenòm trè konplèks nan espès poliploid ak alopoliploid. Depi 2018, nou te kontribye nan plis pase300 piblikasyon ki gen gwo enpak, epi plis pase 20 ladan yo pibliye nan Nature Genetics.
● Solisyon konplèApwòch entegre nou an konbine plizyè teknoloji sekansaj ak analiz byoenformatik nan yon sèl travay ki byen òganize, pou bay yon jenòm ki byen rasanble e ki gen bon kalite.
●Adapte a bezwen ou yoWorkflow sèvis nou an ka pèsonalize, sa ki pèmèt adaptasyon pou jenòm ki gen divès karakteristik ak bezwen rechèch espesifik. Sa gen ladan l akomodasyon jenòm jeyan, jenòm poliploid, jenòm trè etewozigòt, ak plis ankò.
●Ekip byoenformatik ak laboratwa ki trè kalifyeAvèk anpil eksperyans nan domèn eksperimantal ak byoenformatik asanblaj jenòm konplèks epi yon seri patant ak dwa otè lojisyèl.
●Sipò apre lavant:Angajman nou an ale pi lwen pase fini pwojè a avèk yon peryòd sèvis apre lavant 3 mwa. Pandan tan sa a, nou ofri swivi pwojè a, asistans pou depanaj, ak sesyon kesyon-repons pou reponn nenpòt kesyon ki gen rapò ak rezilta yo.
Espesifikasyon Sèvis yo
| Sondaj sou jenòm | Asanblaj jenòm | Nivo kwomozòm | Anotasyon Jenòm |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X lekti PacBio CCS HiFi | 100X Hi-C | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (opsyonèl) PacBio 40 Gb longè konplè RNA-seq oubyen Nanopore 12 Gb |
Egzijans Sèvis yo
Pou Sondaj Jenòm, Asanblaj Jenòm ak Asanblaj Hi-C:
| Tisi oswa asid nikleyik ekstrè | Sondaj sou Jenòm | Asanblaj Jenòm ak PacBio | Asanble Hi-C |
| Vizè bèt yo | 0.5-1 gram
| ≥ 3.5 g | ≥2 g |
| Misk bèt | ≥ 5 g | ||
| San Mamifè | 1.5 mL
| ≥ 5 mL | ≥2 mL |
| San bèt volay/pwason | ≥ 0.5 mL | ||
| Plant - Fèy fre | 1-2 gram | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Selil Kiltive |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Ensèk | 0.5-1 gram | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| ADN ekstrè | Konsantrasyon: ≥1 ng/ µL Kantite ≥ 30 ng Degradasyon oswa kontaminasyon limite oswa pa genyen | Konsantrasyon: ≥ 50 ng/ µL Kantite: 10 µg/selil koule/echantiyon OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 Degradasyon oswa kontaminasyon limite oswa pa genyen |
-
|
Pou anotasyon jenòm ak transkriptomik:
| Tisi oswa asid nikleyik ekstrè | Transkriptòm Illumina | Transkriptòm PacBio | Transkriptòm Nanopò |
| Plant - Rasin/Tij/Petal | 450 mg | 600 mg | |
| Plant – Fèy/Grenn | 300 mg | 300 mg | |
| Plant - Fwi | 1.2 gram | 1.2 gram | |
| Kè/Entestinal Animal | 300 mg | 300 mg | |
| Viris/Sèvo Animal | 240 mg | 240 mg | |
| Misk bèt | 450 mg | 450 mg | |
| Zo/Cheve/Po Animal | 1 gram | 1 gram | |
| Artropod - Ensèk | 6 | 6 | |
| Artropod - Krustase | 300 mg | 300 mg | |
| San konplè | 1 tib | 1 tib | |
| ARN ekstrè | Konsantrasyon: ≥ 20 ng/ µL Kantite ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsantrasyon: ≥ 100 ng/µL Kantite ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsantrasyon: ≥ 100 ng/µL Kantite ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Livrezon Echantiyon Rekòmande
Veso: Tib santrifij 2 ml (Papye aliminyòm pa rekòmande)
(Pou pifò echantiyon yo, nou rekòmande pou pa konsève nan etanòl.)
Etikèt echantiyon: Echantiyon yo dwe byen make epi idantik ak fòm enfòmasyon echantiyon an soumèt la.
Chajman: Glas sèk: Echantiyon yo bezwen anbale nan sache anvan epi antere yo nan glas sèk.
Koule travay
Koule Travay Sèvis la
Konsepsyon eksperyans
Livrezon echantiyon
Ekstraksyon ADN
Konstriksyon bibliyotèk
Sekansaj
Analiz done
Sèvis apre-lavant
Analiz byoenformatik konplè, separe an 4 etap:
1) Sondaj sou jenòm, ki baze sou analiz k-mer ak lekti NGS:
Estimasyon gwosè jenòm lan
Estimasyon eterozigozite
Estimasyon rejyon repetitif yo
2) Asanblaj Jenòm ak PacBio HiFi:
De nouvoasanble
Evalyasyon asanblaj: ki gen ladan analiz BUSCO pou konplete jenòm lan ak mapifikasyon lekti NGS ak PacBio HiFi yo.
3) Asanblaj Hi-C:
QC bibliyotèk Hi-C: estimasyon entèraksyon Hi-C valab
Asanblaj Hi-C: gwoupman kontig yo an gwoup, ki te swiv pa lòd kontig nan chak gwoup epi asiyen oryantasyon kontig.
Evalyasyon Hi-C
4) Anotasyon jenòm:
Prediksyon ARN ki pa kodaj
Idantifikasyon sekans repetitif (transpozon ak repetisyon tandem)
Prediksyon jèn
§De nouvoalgoritm ab initio
§ Baze sou omoloji
§ Baze sou transkriptòm, ak lekti long ak kout: lekti yo sede nouvorasanble oswa trase nan bouyon jenòm lan
§ Anotasyon jèn prevwa yo ak plizyè baz done
1) Sondaj sou Jenòm - analiz k-mer
2) Asanblaj Jenòm
2) Asanblaj Jenòm – PacBio HiFi li mapman an pou asanblaj bouyon an
2) Asanblaj Hi-C – estimasyon pè entèraksyon valab Hi-C yo
3) Evalyasyon Hi-C apre asanblaj
4) Anotasyon Jenòm - entegrasyon jèn prevwa yo
4) Anotasyon jenòm - anotasyon jèn prevwa
Eksplore avansman sèvis asanblaj jenòm de novo BMKGene yo fasilite atravè yon koleksyon piblikasyon byen òganize:
Li, C. et al. (2021) 'Sekans jenòm yo revele wout dispèsyon mondyal yo epi sijere adaptasyon jenetik konvèjan nan evolisyon cheval lanmè yo', Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Chanjman kwomozòm sou gwo echèl mennen nan modifikasyon ekspresyon nan nivo jenòm, adaptasyon anviwònman, ak espesifikasyon nan Gayal (Bos frontalis)', Molecular Biology and Evolution, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Asanblaj jenòm ak diseksyon jenetik yon jèmoplasm mayi ki rezistan a sechrès', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Devwale evolisyon byosentèz alkaloid tropan yo lè nou analize de jenòm nan fanmi Solanaceae a', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Etid ka ki difisil:
Asanblaj telomè-a-telomè:Fu, A. et al. (2023) 'Asanblaj jenòm telomè-a-telomè nan melon anmè (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) revele devlopman fwi, konpozisyon ak karakteristik jenetik muri', Horticulture Research, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Asanblaj aplotip:Hu, W. et al. (2021) 'Jenòm defini pa alèl revele diferansyasyon byalelik pandan evolisyon manyòk la', Molecular Plant, 14(6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Asanblaj jenòm jeyan:Yuan, J. et al. (2022) 'Baz jenomik giga-kwomozòm yo ak giga-jenòm pyoni pyebwa Paeonia ostii a', Nature Communications 2022 13:1, 13(1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Asanblaj jenòm poliployid:Zhang, Q. et al. (2022) 'Apèsi jenomik sou rediksyon kwomozòm ki fèt dènyèman nan kann sik otopoliployid Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
