Pwodwi yo

Plant/Animal De Novo Genome Sequencing

Plant/Animal De Novo Genome Sekans Imaj Prezantasyon

De Novosekans refere a konstriksyon tout genòm yon espès lè l sèvi avèk teknoloji sekans, pa egzanp PacBio, Nanopore, NGS, elatriye, nan absans yon genòm referans.Amelyorasyon remakab nan longè lekti nan teknoloji sekans twazyèm jenerasyon te pote nouvo opòtinite nan rasanble genòm konplèks, tankou sa yo ki gen gwo heterozygosity, gwo rapò nan rejyon repetitif, polyploids, elatriye. rezoud eleman repetitif, rejyon ki gen kontni GC nòmal ak lòt rejyon trè konplèks.

Platfòm: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Platfòm Illumina NovaSeq

Kontakte nou

Detay Sèvis

Rezilta Demo

Etid ka

Avantaj sèvis yo

1Devlopman-sekans-ak-byo-enfòmatik-nan-de-novo-asanble-genom

Devlopman platfòm sekans ak byoenfòmatik nande novoasanble genomic

(Amarasinghe SL et al.,Biyoloji genòm, 2020)

● Konstwi nouvo jenom ak amelyore jenom referans ki egziste deja pou espès ki enterese yo.

● Pi wo presizyon, kontinwite ak konplè nan asanble

● Konstwi resous fondamantal pou rechèch nan polimorfism sekans, QTLs, koreksyon jèn, elvaj, elatriye.

● Ekipe ak tout spectre nan tribin sekans twazyèm jenerasyon: yon sèl-stop solisyon asanble genomic

● Sekans fleksib ak asanblaj estrateji ranpli divès jenom ak karakteristik diferan

● Ekip bioinformatician trè kalifye ki gen anpil eksperyans nan asanble genomic konplèks, ki gen ladan poliploid, jenom jeyan, elatriye.

● Plis pase 100 ka siksè ak yon faktè enpak akimilasyon pibliye plis pase 900

● Vire-tan vit ke 3 mwa pou asanble genòm nan nivo kwomozòm.

● Solid sipò teknik ak yon seri de patant ak copyright lojisyèl nan tou de bò eksperimantal ak byoenformatik.

Espesifikasyon Sèvis

Kontni

Platfòm

Li Longè

Kouvèti

Sondaj jenom

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 50X

Genome Sekans

PacBio Revio

15 kb HiFi Lekti

≥ 30X

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥100X

Flux travay

Egzanp kondisyon ak livrezon

Egzanp kondisyon:

Espès	Tisi	Pou PacBio	Pou Nanopore
Bèt	Ògàn visceral (fwa, larat, elatriye)	≥ 1.0 g	≥ 3.5 g
	Misk	≥ 1.5 g	≥ 5.0 g
	San mamifè	≥ 1.5 mL	≥ 5.0 mL
	San pwason oswa zwazo	≥ 0.2 mL	≥ 0.5 mL
Plant yo	Fèy fre	≥ 1.5 g	≥ 5.0 g
	Petal oswa tij	≥ 3.5 g	≥ 10.0 g
	Rasin oswa grenn	≥ 7.0 g	≥ 20.0 g
Selil	Kilti selilè	≥ 3×10⁷	≥ 1×10⁸

Livrezon echantiyon rekòmande

Veso: 2 ml tib santrifujeur (Fil fèblan pa rekòmande)
Pou pifò nan echantiyon yo, nou rekòmande pou pa konsève nan etanòl.
Egzanp etikèt: Egzanp yo dwe make byen klè epi yo dwe idantik ak fòm enfòmasyon echantiyon yo soumèt.
Chajman: Sèk glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache an premye epi antere l nan glas sèk.

Koule Travay Sèvis

Eksperyans konsepsyon

Livrezon echantiyon

Ekstraksyon ADN

Konstriksyon bibliyotèk

Sekans

Analiz done

Sèvis apre-sale

Previous: Sekans tout moun Exome

Pwochen: Asanble Genome ki baze sou Hi-C

*Rezilta Demo yo montre isit la se tout soti nan jenom pibliye ak Biomarker Technologies

1.Circos sou kwomozòm-nivo asanble genomic nanG. rotundifoliumpa Nanopore sekans platfòm

3Circos-on-genomic-karakteristik-of-koton-genome

Wang M et al.,Biyoloji Molekilè ak Evolisyon, 2021

2.Statistics nan Weining RYE asanble genomic ak anotasyon

4Statistics-of-genom-asanble-ak-anotasyon

Li G et al.,Jenetik nati, 2021

3.Gene prediksyon nanSechium edulegenòm, ki sòti nan twa metòd prediksyon:De novoprediksyon, prediksyon ki baze sou Omoloji ak prediksyon ki baze sou done RNA-Seq

5Gene-prediksyon

Fu A et al.,Rechèch ortikilti, 2021

4.Idantifikasyon nan repete tèminal entak long nan twa genòm koton

6Idantifikasyon-of-genom-repetitive-eleman

Wang M et al.,Biyoloji Molekilè ak Evolisyon, 2021

5.Hi-C chalè kat jeyografik laC. acuminatagenòm ki montre tout entèraksyon nan tout genòm.Entansite entèraksyon Hi-C pwopòsyonèl ak distans lineyè ant kontig yo.Yon liy dwat pwòp sou kat chalè sa a endike yon ancrage trè egzat nan kontig sou kwomozòm.(Rapò ancrage kontig: 96.03%)

7Hi-C-chalè-kat-sou-reyini-sekans-ancrage

kang M et al.,Kominikasyon nati,2021

Ka BMK

Yon asanble genomik bon jan kalite mete aksan sou karakteristik jenomik Rye ak jèn enpòtan agronomik.

Pibliye: Jenetik nati, 2021

Estrateji sekans:

Asanble genòm: PacBio CLR mòd ak bibliyotèk 20 kb (497 Gb, apeprè 63×)
Koreksyon sekans: NGS ak bibliyotèk ADN 270 bp (430 Gb, apeprè 54×) sou platfòm Illumina
Ancrage: Hi-C bibliyotèk (560 Gb, apeprè 71 ×) sou platfòm Illumina
Kat optik: (779.55 Gb, apeprè 99×) sou Bionano Irys

Rezilta kle yo

1.Yon asanble Weining RYE genomic te pibliye ak gwosè genomic total de 7.74 Gb (98.74% nan gwosè genomic estime pa sikometri koule).Echafodaj N50 nan asanble sa a reyalize 1.04 Gb.93.67% nan kontig yo te ancrage avèk siksè sou 7 pseudo-kwomozòm.Asanble sa a te evalye pa linkage map, LAI ak BUSCO, ki te lakòz gwo nòt nan tout evalyasyon yo.

2. Plis etid sou genomik konparatif, kat jeyografik lyen jenetik, etid transcriptomics yo te fèt sou baz genomik sa a.Yon seri de karakteristik ki gen rapò ak karakteristik jenomik yo te revele ki gen ladan repwodiksyon jèn nan tout genòm ak enpak yo sou jèn biosentèz lanmidon;Òganizasyon fizik konplèks prolamin loci, ekspresyon jèn karakteristik ki kache byen bonè nan tit ak rejyon kwomozòm ki asosye ak domestikasyon ak loci nan RYE.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Dyagram Circos sou karakteristik jenomik nan genòm RYE Weining

Analiz evolisyonè ak synteny kwomozòm nan genòm RYE a

Referans

Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Yon asanble genomic-wo kalite mete aksan sou karakteristik jenomik Rye ak jèn enpòtan agronomik.Nat Genet 53,574–584 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z