-
Analiz Asosyasyon Genome-lajè
Objektif Genome-Wide Association Studies (GWAS) se idantifye varyant jenetik (genotip) ki lye ak karakteristik espesifik (fenotip). Lè GWAS egzamine makè jenetik atravè tout genomic nan yon gwo kantite moun, GWAS ekstrè asosyasyon genotip-fenotip atravè analiz estatistik nan nivo popilasyon an. Metodoloji sa a jwenn anpil aplikasyon nan rechèch sou maladi imen ak eksplore jèn fonksyonèl ki gen rapò ak karakteristik konplèks nan bèt oswa plant yo.
Nan BMKGENE, nou ofri de avni pou fè GWAS sou gwo popilasyon: anplwaye Whole-Genome Sequencing (WGS) oswa chwazi yon metòd sekans genomic reprezantasyon redwi, Fragman anplifye nan lokal espesifik (SLAF). Pandan ke WGS kostim pi piti jenom, SLAF parèt kòm yon altènatif pri-efikas pou etidye pi gwo popilasyon ki gen pi long jenom, efektivman minimize depans sekans, pandan y ap garanti yon gwo efikasite dekouvèt makè jenetik.
-
Plant/Animal Whole Genome Sekans
Whole Genome Sequencing (WGS), ke yo rele tou resekans, refere a sekans an antye genòm diferan moun nan espès ak genòm referans li te ye. Sou baz sa a, diferans jenomik moun oswa popilasyon yo ka idantifye plis. WGS pèmèt idantifikasyon Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Suppression Ensèsyon (InDel), Varyasyon Estrikti (SV), ak Varyasyon Nimewo Kopi (CNV). SV yo genyen yon pi gwo pòsyon nan baz varyasyon an pase SNP yo epi yo gen yon pi gwo enpak sou genòm nan, ki afekte anpil òganis vivan yo. Pandan ke resekans lekti kout efikas nan idantifye SNP ak InDels, resekans lekti long pèmèt pou idantifikasyon pi presi nan fragman gwo ak varyasyon konplike.
-
Jenetik evolisyonè
Evolisyonè Jenetik se yon sèvis sekans konplè ki fèt pou ofri yon entèpretasyon apwofondi sou evolisyon nan yon gwo gwoup moun, ki baze sou varyasyon jenetik, ki gen ladan SNPs, InDels, SVs, ak CNVs. Sèvis sa a anglobe tout analiz esansyèl ki nesesè pou elicide chanjman evolisyonè yo ak karakteristik jenetik popilasyon yo, tankou evalyasyon estrikti popilasyon, divèsite jenetik, ak relasyon filojenetik. Anplis, li fouye nan etid sou koule jèn, ki pèmèt estimasyon gwosè popilasyon efikas ak tan divergence. Etid jenetik evolisyonè yo bay bonjan enfòmasyon sou orijin ak adaptasyon espès yo.
Nan BMKGENE, nou ofri de avni pou fè etid jenetik evolisyonè sou gwo popilasyon: anplwaye sekans genòm antye (WGS) oswa chwazi yon metòd sekans jenom reprezantasyon redwi, Fragman anplifye nan lokal espesifik (SLAF) ki devlope nan kay la. Pandan ke WGS adapte pi piti jenom, SLAF parèt kòm yon altènatif pri-efikas pou etidye pi gwo popilasyon ki gen pi long jenom, efektivman minimize depans sekans.
-
Jenomik konparatif
Genomik konparatif enplike egzamen an ak konparezon nan sekans yo genomic tout antye ak estrikti nan mitan espès diferan. Domèn sa a ap chèche revele evolisyon espès yo, dekode fonksyon jèn yo, ak elicide mekanis regilasyon jenetik yo lè li idantifye estrikti sekans konsève oswa divèjan ak eleman atravè divès òganis. Yon etid konplè genomik konparatif anglobe analiz tankou fanmi jèn, devlopman evolisyonè, evènman duplication tout genòm, ak enpak presyon selektif.
-
Asanble Genome ki baze sou Hi-C
Hi-C se yon metòd ki fèt pou kaptire konfigirasyon kwomozòm nan konbine entèraksyon ki baze sou pwoksimite ak sekans gwo debi. Yo kwè entansite nan entèraksyon sa yo dwe negatif korelasyon ak distans fizik sou kwomozòm. Se poutèt sa, done Hi-C yo itilize pou gide gwoupman, lòd, ak oryantasyon nan sekans reyini nan yon jenom bouyon ak ancrage sa yo sou yon sèten kantite kwomozòm. Teknoloji sa a otorize yon asanble genòm nan nivo kwomozòm nan absans yon kat jenetik ki baze sou popilasyon an. Chak genomic bezwen yon Hi-C.
-
Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De Novosekans refere a konstriksyon an nan genòm antye yon espès lè l sèvi avèk teknoloji sekans nan absans yon genòm referans. Entwodiksyon ak adopsyon toupatou nan sekans twazyèm jenerasyon, ki gen lekti ki pi long yo, te siyifikativman amelyore asanble genòm lè yo ogmante sipèpoze ant lekti yo. Amelyorasyon sa a patikilyèman enpòtan lè w ap fè fas ak jenom difisil, tankou sa yo ki montre gwo eterozigoz, yon gwo rapò rejyon repetitif, poliploid, ak rejyon ki gen eleman repetitif, kontni GC nòmal, oswa gwo konpleksite ki tipikman mal rasanble lè l sèvi avèk sekans lekti kout. pou kont li.
Solisyon yon sèl-stop nou an bay sèvis sekans entegre ak analiz byoenfòmatik ki delivre yon bon jan kalite genòm de novo reyini. Yon premye sondaj genomic ak Illumina bay estimasyon gwosè genomic ak konpleksite, epi yo itilize enfòmasyon sa a pou gide pwochen etap la nan sekans lekti long ak PacBio HiFi, ki te swiv pade novoasanble kontig. Itilizasyon ki vin apre nan HiC asanble pèmèt ancrage nan kontig yo nan genòm nan, jwenn yon asanble nivo kwomozòm. Finalman, genomik la anote pa prediksyon jèn ak sekans jèn eksprime, recourir a transcriptomes ak lekti kout ak long.
-
Sekans tout moun Exome
Human Whole exome sequencing (hWES) se lajman rekonèt kòm yon apwòch pri-efikas ak pwisan sekans pou idantifye mitasyon ki lakòz maladi. Malgre ke yo konstitye sèlman apeprè 1.7% nan genòm nan tout antye, ekson yo jwe yon wòl enpòtan nan dirèkteman reflete pwofil la nan fonksyon total pwoteyin. Miyò, nan genòm imen an, plis pase 85% nan mitasyon ki gen rapò ak maladi manifeste nan rejyon kodaj pwoteyin yo. BMKGENE ofri yon sèvis konplè ak fleksib tout moun sekans egzome ak de estrateji diferan kaptire ekson ki disponib pou satisfè divès objektif rechèch.
-
Sekans fragman anplifye nan lokal espesifik (SLAF-Seq)
Genotip segondè-debi, patikilyèman sou popilasyon gwo echèl, se etap fondamantal nan syans asosyasyon jenetik epi li bay yon baz jenetik pou dekouvèt jèn fonksyonèl, analiz evolisyonè, elatriye. Olye de re-sekans gwo twou san fon tout genomic,Rediksyon Reprezantasyon Genome Sekans (RRGS)se souvan anplwaye nan etid sa yo pou minimize pri sekans pou chak echantiyon pandan w ap kenbe efikasite rezonab nan dekouvèt makè jenetik. RRGS reyalize sa nan dijere ADN ak anzim restriksyon epi konsantre sou yon seri gwosè fragman espesifik, kidonk sekans sèlman yon fraksyon nan genòm nan. Pami divès metodoloji RRGS yo, sekans fragman anplifye espesifik-locus (SLAF) se yon apwòch personnalisable ak bon jan kalite. Metòd sa a, devlope poukont pa BMKGene, optimize anzim restriksyon yo mete pou chak pwojè. Sa a asire jenerasyon an nan yon kantite sibstansyèl nan SLAF Tags (400-500 bps rejyon nan genòm nan sekans) ki inifòm distribye atravè genomic a pandan y ap evite efektivman rejyon repetitif, kidonk asire pi bon dekouvèt makè jenetik la.
