-
Sekansaj ARN nan yon sèl nwayo
Devlopman teknik kaptire yon sèl selil ak konstriksyon bibliyotèk pèsonalize, makonnen ak sekansman gwo débit, revolisyone etid ekspresyon jèn nan nivo selilè. Avansman sa a pèmèt yon analiz pi pwofon ak pi konplè sou popilasyon selil konplèks yo, simonte limitasyon ki asosye ak mwayèn ekspresyon jèn sou tout selil yo epi prezève vrè eterogeneite nan popilasyon sa yo. Pandan ke sekansman ARN yon sèl selil (scRNA-seq) gen avantaj ineksplikab, li rankontre defi nan sèten tisi kote kreyasyon yon sispansyon yon sèl selil pwouve difisil epi li mande echantiyon fre. Nan BMKGene, nou adrese obstak sa a lè nou ofri sekansman ARN yon sèl nwayo (snRNA-seq) lè l sèvi avèk teknoloji 10X Genomics Chromium ki dènye kri. Apwòch sa a elaji spectre echantiyon ki ka fèt pou analiz transkriptòm nan nivo yon sèl selil.
Izolasyon nwayo yo reyalize atravè chip inovatè 10X Genomics Chromium lan, ki prezante yon sistèm mikrofluidik uit kanal ak doub kwaze. Nan sistèm sa a, pèl jèl ki gen ladan kòd bar, amorseur, anzim, ak yon sèl nwayo yo ankapsule nan gout lwil gwosè nanolit, fòme Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Apre fòmasyon GEM, liz selilè ak liberasyon kòd bar fèt nan chak GEM. Apre sa, molekil mRNA yo sibi transkripsyon envès nan ADNc, ki enkòpore kòd bar 10X ak Idantifikatè Molekilè Inik (UMI). ADNc sa yo Lè sa a, sibi konstriksyon bibliyotèk sekans estanda, sa ki fasilite yon eksplorasyon solid ak konplè sou pwofil ekspresyon jèn nan nivo selil sèl.
Platfòm: 10× Platfòm Genomics Chromium ak Illumina NovaSeq
-
10x Transkriptòm Espasyal Jenomik Visium
Transkriptomik espasyal se yon teknoloji dènye kri ki pèmèt chèchè yo envestige modèl ekspresyon jèn nan tisi yo tout pandan y ap prezève kontèks espasyal yo. Yon platfòm pwisan nan domèn sa a se 10x Genomics Visium makonnen ak sekansaj Illumina. Prensip 10X Visium nan chita sou yon chip espesyalize ak yon zòn kaptire deziyen kote yo mete seksyon tisi yo. Zòn kaptire sa a gen tach ak kòd bar, chak koresponn ak yon kote espasyal inik nan tisi a. Molekil ARN yo kaptire nan tisi a Lè sa a, make ak idantifikatè molekilè inik (UMI) pandan pwosesis transkripsyon envès la. Tach ak kòd bar sa yo ak UMI yo pèmèt yon map espasyal presi ak kantifikasyon ekspresyon jèn nan yon rezolisyon yon sèl selil. Konbinezon echantiyon ak kòd bar espasyal ak UMI yo asire presizyon ak espesifikite done ki pwodui yo. Lè l sèvi avèk teknoloji Transkriptomik Espasyal sa a, chèchè yo ka jwenn yon konpreyansyon pi pwofon sou òganizasyon espasyal selil yo ak entèraksyon molekilè konplèks ki fèt nan tisi yo, sa ki ofri enfòmasyon ki gen anpil valè sou mekanis ki kache dèyè pwosesis byolojik yo nan plizyè domèn, tankou onkoloji, newosyans, byoloji devlopman, imunoloji, ak etid botanik.
Platfòm: 10X Genomics Visium ak Illumina NovaSeq
-
Sekansaj ARNm konplè-Nanopore
Malgre ke sekansaj ARNm ki baze sou NGS se yon zouti versatile pou quantifye ekspresyon jèn, depandans li sou lekti kout limite efikasite li nan analiz transkriptomik konplèks. Nan lòt men an, sekansaj nanopò itilize teknoloji lekti long, ki pèmèt sekansaj transkripsyon ARNm konplè. Apwòch sa a fasilite yon eksplorasyon konplè sou épissage altènatif, fizyon jèn, poli-adenilasyon, ak quantifikasyon izofòm ARNm yo.
Sekansaj nanopò, yon metòd ki baze sou siyal elektrik an tan reyèl nanopò, bay rezilta an tan reyèl. Gide pa pwoteyin motè, ADN doub-brin mare ak pwoteyin nanopò ki entegre nan yon byofilm, li dewoule pandan l ap pase nan kanal nanopò a anba yon diferans vòltaj. Siyal elektrik diferan ki pwodui pa diferan baz sou brin ADN nan yo detekte epi klase an tan reyèl, sa ki fasilite sekansaj nikleotid ki egzat e kontinyèl. Apwòch inovatè sa a simonte limitasyon lekti kout epi li bay yon platfòm dinamik pou analiz jenomik konplèks, ki gen ladan etid transkriptomik konplèks, ak rezilta imedya.
Platfòm: Nanopore PromethION 48
-
Sekansaj ARNm konplè -PacBio
Malgre ke sekansaj mRNA ki baze sou NGS se yon zouti versatile pou quantifye ekspresyon jèn, depandans li sou lekti kout limite itilizasyon li nan analiz transkriptomik konplèks. Yon lòt bò, sekansaj PacBio (Iso-Seq) itilize teknoloji lekti long, ki pèmèt sekansaj transkripsyon mRNA konplè. Apwòch sa a fasilite yon eksplorasyon konplè sou épissage altènatif, fizyon jèn, ak poli-adenilasyon. Sepandan, gen lòt chwa pou kantifikasyon ekspresyon jèn akòz gwo kantite done ki nesesè. Teknoloji sekansaj PacBio a depann sou sekansaj yon sèl molekil, an tan reyèl (SMRT), ki bay yon avantaj distenk nan kaptire transkripsyon mRNA konplè. Apwòch inovatè sa a enplike itilizasyon gid vag mòd zewo (ZMW) ak pi mikwofabrike ki pèmèt obsèvasyon an tan reyèl aktivite ADN polimeraz pandan sekansaj. Nan ZMW sa yo, ADN polimeraz PacBio a sentetize yon seksyon ADN konplemantè, ki jenere lekti long ki kouvri tout transkripsyon mRNA yo. Operasyon PacBio nan mòd sekansaj Konsansis Sikilè (CCS) amelyore presizyon lè li repete sekansaj menm molekil la. Lekti HiFi yo pwodui yo gen yon presizyon konparab ak NGS, sa ki kontribye plis nan yon analiz konplè ak fyab sou karakteristik transkriptomik konplèks yo.
Platfòm: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Sekansaj ARNm ekaryotik-NGS
Sekansaj mRNA se yon teknik ki itilize sekansaj pwochen jenerasyon pou revele prezans ak kantite molekil RNA nan yon echantiyon byolojik, pou bay yon aperçu sou ekspresyon jèn nan echantiyon an.
Avèk aplikasyon laj li yo, zouti dènye kri sa a devwale pwofil ekspresyon jèn konplèks, estrikti jèn, ak mekanis molekilè ki asosye avèk divès pwosesis byolojik.
Teknik sa a lajman adopte nan rechèch, dyagnostik klinik, ak devlopman medikaman, paske li ofri apèsi sou konpleksite dinamik selilè ak règleman jenetik, e li bay yon baz solid pou reveye kiryozite sou potansyèl li nan diferan domèn.
Platfòm ki disponib: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekansaj ARNm ki pa baze sou referans - NGS
Sekansaj ARNm pèmèt pwofilaj konplè tout transkripsyon ARNm ki nan selil yo anba kondisyon espesifik. Teknoloji dènye kri sa a sèvi kòm yon zouti puisan, ki devwale pwofil ekspresyon jèn konplèks, estrikti jèn, ak mekanis molekilè ki asosye ak divès pwosesis byolojik. Lajman adopte nan rechèch fondamantal, dyagnostik klinik, ak devlopman dwòg, sekansaj ARNm ofri enfòmasyon sou konpleksite dinamik selilè ak règleman jenetik.
Platfòm: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sekansaj Long ki pa kodaj - Illumina
ARN long ki pa kodan (lncRNA) yo pi long pase 200 nikleyotid, yo gen yon potansyèl kodaj minimòm epi yo se eleman esansyèl nan ARN ki pa kodan. Yo jwenn ARN sa yo nan nwayo a ak sitoplas la, yo jwe yon wòl enpòtan nan règleman epigenetik, transkripsyonèl ak pòs-transkripsyonèl, sa ki souliye enpòtans yo nan mete an plas pwosesis selilè ak molekilè yo. Sekans LncRNA se yon zouti pwisan nan diferansyasyon selilè, ontojènèz ak maladi imen.
Platfòm: Illumina NovaSeq X
-
Ti Sekans ARN-Illumina
Ti ARN se yon gwoup molekil ARN ki gen ladan mikwoARN (miARN), ti ARN entèfere (siARN), ak ARN ki kominike avèk piwi (piARN). Pami sa yo, miARN yo, ki gen anviwon 18-25 nikleyotid longè, yo patikilyèman remakab pou wòl regilasyon esansyèl yo nan divès pwosesis selilè. Avèk modèl ekspresyon espesifik nan tisi ak espesifik nan etap, miARN yo montre yon gwo konsèvasyon nan diferan espès yo.
Platfòm: Illumina NovaSeq
-
Sekans CircRNA-Illumina
Sekansaj ARN sikilè (circRNA-seq) pwofile epi analize ARN sikilè yo, yon klas molekil ARN ki fòme bouk fèmen akòz evènman épissage ki pa kanonik, sa ki bay ARN sa a plis estabilite. Pandan ke gen kèk circRNA ki montre yo aji kòm eponj mikwoARN, sekestre mikwoARN epi anpeche yo reglemante ARNm sib yo, gen lòt circRNA ki ka kominike avèk pwoteyin, modifye ekspresyon jèn, oswa gen wòl nan pwosesis selilè yo. Analiz ekspresyon circRNA bay enfòmasyon sou wòl regilatè molekil sa yo ak siyifikasyon yo nan divès pwosesis selilè, etap devlopman, ak kondisyon maladi, sa ki kontribye nan yon konpreyansyon pi pwofon sou konpleksite règleman ARN nan kontèks ekspresyon jèn.
Platfòm: Illumina Novaseq X
-
Sekansaj Transkriptòm Konplè – Illumina
Sekansaj transkriptòm Wole a ofri yon apwòch konplè pou pwofile divès molekil ARN, ki gen ladan ARN kodan (ARNm) ak ARN ki pa kodan (ARNlnc, ARNsik, ak ARNmi). Teknik sa a kaptire tout transkriptòm selil espesifik nan yon moman bay, sa ki pèmèt yon konpreyansyon holistic sou pwosesis selilè yo.
Platfòm ki disponib yo: Illumina Novaseq X
