Sekans fragman anplifye nan lokal espesifik (SLAF-Seq)
Detay Sèvis
Scheme teknik
Flux travay
Avantaj sèvis yo
Segondè efikasite dekouvèt makè- Teknoloji sekans segondè-debi ede SLAF-Seq nan dekouvri dè santèn de milye de tags nan tout genomic a.
Ba depandans sou genomic la- Li ka aplike nan espès swa avèk oswa san yon genòm referans.
Konsepsyon konplo fleksib- Single-anzim, doub-anzim, milti-anzim dijesyon ak divès kalite anzim, tout ka chwazi pou founi diferan objektif rechèch oswa espès.Yo itilize pre-evalyasyon nan silico pou asire yon konsepsyon anzim optimal.
Efikas dijesyon anzimatik- Pre-eksperyans te pote soti nan optimize kondisyon yo, sa ki fè eksperyans nan fòmèl ki estab ak serye.Efikasite koleksyon fragman ka reyalize plis pase 95%.
Egalman distribye SLAF tags- Tag SLAF yo distribye egalman nan tout kwomozòm yo nan pi gwo limit, reyalize yon mwayèn de 1 SLAF pou chak 4 kb.
Evite efikas nan repete- Sekans repetitif nan done SLAF-Seq redwi a pi ba pase 5%, espesyalman nan espès ki gen gwo nivo repete, tankou ble, mayi, elatriye.
Eksperyans vaste-Plis pase 2000 pwojè SLAF-Seq fèmen sou plizyè santèn espès ki kouvri plant, mamifè, zwazo, ensèk, akwa-òganis, elatriye.
Oto-devlope workflow bioenfòmatik- BMKGENE te devlope yon workflow bioenfòmatik entegre pou SLAF-Seq pou asire fyab ak presizyon pwodiksyon final la.
Espesifikasyon Sèvis
| Platfòm | Konk.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | > 35 | >1.6(Volòn>15μl) | 1.6-2.5 |
Estrateji sekans rekòmande
Pwofondè sekans: 10X/Tag
| Gwosè genòm | Rekòmande SLAF Tags |
| < 500 Mb | 100K oswa WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Genòm jeyan oswa konplèks | 300 - 400K |
| Aplikasyon
| Rekòmande Echèl Popilasyon
| Estrateji sekans ak pwofondè
| |
| Pwofondè
| Nimewo Tag
| ||
| GWAS
| Nimewo echantiyon ≥ 200
| 10X
|
Dapre gwosè genòm
|
| Evolisyon jenetik
| Endividi nan chak sougwoup ≥ 10; total echantiyon ≥ 30
| 10X
| |
Livrezon echantiyon rekòmande
Veso: 2 ml tib santrifijeur
Pou pifò nan echantiyon yo, nou rekòmande pou pa konsève nan etanòl.
Egzanp etikèt: Egzanp yo dwe make byen klè epi yo dwe idantik ak fòm enfòmasyon echantiyon yo soumèt.
Chajman: Sèk glas: Echantiyon yo bezwen chaje nan sache an premye epi antere l nan glas sèk.
Sèvis Workflow
Egzanp QC
Eksperyans pilòt
SLAF-eksperyans
Preparasyon bibliyotèk
Sekans
Analiz done
Sèvis apre-sale
1. Estatistik rezilta kat la
2. SLAF makè devlopman
3. Anotasyon varyasyon
| Ane | Jounal | IF | Tit | Aplikasyon |
| 2022 | Kominikasyon lanati | 17.694 | Genomic baz nan giga-kwomozòm yo ak giga-genom nan pivwan pye bwa Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nouvo Phytologist | 7.433 | Domestikasyon anprent pye jenomik jenomik rejyon ki gen enpòtans agronomik nan plant soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgressions atifisyèl nan tout genòm nan Gossypium barbadense nan G. hirsutum revele loci siperyè pou amelyorasyon similtane nan bon jan kalite fib koton ak sede karakteristik | SLAF-Evolisyonè jenetik |
| 2019 | Plant molekilè | 10.81 | Analiz Genomic Popilasyon ak Asanble De Novo revele orijin Weedy Rice kòm yon jwèt evolisyonè | SLAF-Evolisyonè jenetik |
| 2019 | Jenetik nati | 31.616 | Sekans jenom ak divèsite jenetik nan karp komen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage kat jeyografik |
| 2014 | Jenetik nati | 25.455 | Genomic pistach kiltive bay insight sou kariotip legum, poliploid evolisyon ak domestikasyon rekòt. | SLAF-Linkage kat jeyografik |
| 2022 | Plant Biotechnologie Journal | 9.803 | Idantifikasyon ST1 revele yon seleksyon ki enplike otostòp mòfoloji grenn ak kontni lwil oliv pandan domestikasyon plant soya | SLAF-Marker devlopman |
| 2022 | Jounal Entènasyonal Syans Molekilè | 6.208 | Idantifikasyon ak devlopman makè ADN pou yon Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Sibstitisyon kwomozòm dizomik | SLAF-Marker devlopman |
