Sekansaj Fragman Anplifye nan Lokis Espesifik (SLAF-Seq)
Koule travay
Sèvis la gen kèk pre-konsepsyon in silico pou garanti seleksyon anzim optimal lè y ap prepare bibliyotèk la.
Plan teknik
Karakteristik Sèvis yo
● Sekansaj sou NovaSeq avèk PE150.
● Preparasyon bibliyotèk ak doub kòd bar, ki pèmèt rasanble plis pase 1000 echantiyon.
● Endepandan de jenòm referans lan:
Avèk jenòm referans: dekouvèt SNP ak InDel
San jenòm referans: gwoupman echantiyon ak dekouvèt SNP
● Nan laan silicoYo tcheke plizyè konbinezon anzim restriksyon nan etap pre-konsepsyon an pou jwenn sa yo ki jenere yon distribisyon inifòm etikèt SLAF yo sou tout jenòm lan.
● Pandan pre-eksperyans lan, yo teste twa konbinezon anzim nan 3 echantiyon pou jenere 9 bibliyotèk SLAF, epi yo itilize enfòmasyon sa a pou chwazi konbinezon anzim restriksyon ki pi bon pou pwojè a.
Avantaj Sèvis yo
●Dekouvèt Makè Jenetik SegondèNou entegre yon sistèm doub kòd bar ki gen gwo débit ki pèmèt sekansaj gwo popilasyon similtane, ak anplifikasyon espesifik pou chak lokis ki amelyore efikasite, pou asire ke nimewo etikèt yo satisfè divès egzijans divès kesyon rechèch yo.
● Depandans ki ba sou jenòm lanLi ka aplike sou espès ki gen oswa ki pa gen yon jenòm referans.
●Konsepsyon Plan FleksibYo ka chwazi dijesyon ak yon sèl anzim, dijesyon ak doub anzim, dijesyon ak plizyè anzim, ak divès kalite anzim pou satisfè diferan objektif rechèch oswa espès.
● Segondè efikasite nan dijesyon anzimatikKondiksyon yonan silicoYon pre-konsepsyon ak yon pre-eksperyans asire yon konsepsyon optimal ak yon distribisyon inifòm etikèt SLAF yo sou kwomozòm nan (1 etikèt SLAF/4Kb) epi yon sekans repetitif redwi (<5%).
●Ekspètiz vasteNou pote yon richès eksperyans nan chak pwojè, avèk yon palmarès ki pèmèt nou fini plis pase 5000 pwojè SLAF-Seq sou plizyè santèn espès, tankou plant, mamifè, zwazo, ensèk ak òganis akwatik.
● Workflow byoenformatik ki devlope pa pwòp tèt ouNou devlope yon workflow byoenformatik entegre pou SLAF-Seq pou asire fyab ak presizyon rezilta final la.
Espesifikasyon Sèvis yo
| Kalite analiz | Echèl popilasyon rekòmande | Estrateji sekans | |
| Pwofondè sekans etikèt la | Nimewo etikèt | ||
| Kat Jenetik | 2 paran ak plis pase 150 pitit | Paran yo: 20x WGS Pwodiksyon: 10x | Gwosè jenòm: <400 Mb: WGS rekòmande <1Gb: 100K etikèt 1-2Gb:: 200K etikèt >2Gb: 300K etikèt Maksimòm 500k etikèt |
| Etid Asosyasyon sou tout Jenòm (GWAS) | ≥200 echantiyon | 10 fwa | |
| Evolisyon Jenetik | ≥30 echantiyon, ak >10 echantiyon ki soti nan chak sougwoup | 10 fwa | |
Egzijans Sèvis yo
Konsantrasyon ≥ 5 ng/µL
Kantite total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Jèl agaroz: pa gen degradasyon oswa kontaminasyon limite
Livrezon Echantiyon Rekòmande
Kontenè: Tib santrifij 2 ml
(Pou pifò echantiyon yo, nou rekòmande pou pa konsève nan etanòl)
Etikèt echantiyon: Echantiyon yo dwe byen make epi idantik ak fòm enfòmasyon echantiyon ki te soumèt la.
Chajman: Glas sèk: Echantiyon yo bezwen anbale nan sache anvan epi antere yo nan glas sèk.
Workflow Sèvis
Egzanp QC
Eksperyans pilòt
Eksperyans SLAF
Preparasyon Bibliyotèk
Sekansaj
Analiz Done
Sèvis apre-lavant
Analiz byoenformatik nou an gen ladan l:
QC done ak rediksyon done pou retire lekti rich an N, lekti adaptè oswa lekti ki gen move kalite.
Yon dezyèm kontwòl kalite lekti pwòp yo pou verifye distribisyon baz la, kalite sekans lan ak yon evalyasyon done yo, men tou pou verifye efikasite dijesyon an ak insert yo jwenn.
Yon fwa ou fin verifye lekti yo, gen de opsyon:
- Katografi nan jenòm referans lan
- San yon jenòm referans: gwoupman
Apre sa, yo itilize analiz etikèt SLAF yo pou fè kèk apèl varyant pou ede ak dekouvèt makè yo: SNP, InDel, SNV, apèl CV ak anotasyon.
Distribisyon etikèt SLAF yo sou kwomozòm yo:
Distribisyon SNP yo sou kwomozòm yo:
Anotasyon SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ak Shi C (2023) Kat QTL ak analiz transkriptòm kontni sik pandan matirite fwi aPyrus pyrifolia.Devan. Syans Plant.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., ak Sun, L. (2022). Idantifikasyon st1 revele yon seleksyon ki enplike otostop nan mòfoloji grenn ak kontni lwil pandan domestikasyon soya.Jounal Bioteknoloji Plant, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Sekans jenòm ak divèsite jenetik karp komen an,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Jenòm pistach kiltive a bay enfòmasyon sou karyotip legim, evolisyon poliploid ak domestikasyon rekòt.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Ane | Jounal | IF | Tit | Aplikasyon yo |
| 2022 | Kominikasyon sou lanati | 17.694 | Baz jenomik giga-kwomozòm yo ak giga-jenòm pyoni pyebwa a Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nouvo Fitològ | 7.433 | Anprent domestikasyon yo ankre rejyon jenomik ki gen enpòtans agronomik nan pwa soya | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jounal Rechèch Avanse | 12.822 | Entwogresyon atifisyèl Gossypium barbadense nan tout jenòm nan G. hirsutum revele loci siperyè pou amelyorasyon similtane nan kalite ak sede fib koton karakteristik | SLAF-Jenetik evolisyonè |
| 2019 | Plant Molekilè | 10.81 | Analiz Jenomik Popilasyon ak Asanblaj De Novo Devwale Orijin Weedy a Diri kòm yon jwèt evolisyonè | SLAF-Jenetik evolisyonè |
| 2019 | Jenetik Natirèl | 31.616 | Sekans jenòm ak divèsite jenetik karp komen an, Cyprinus carpio | Kat SLAF-Lyen |
| 2014 | Jenetik Natirèl | 25.455 | Jenòm pistach kiltive a bay plis enfòmasyon sou karyotip legim, poliploid evolisyon ak domestikasyon rekòt. | Kat SLAF-Lyen |
| 2022 | Jounal Bioteknoloji Plant | 9.803 | Idantifikasyon ST1 revele yon seleksyon ki enplike otostop nan mòfoloji grenn yo. ak kontni lwil pandan domestikasyon soya | Devlopman makè SLAF |
| 2022 | Jounal Entènasyonal Syans Molekilè | 6.208 | Idantifikasyon ak Devlopman Makè ADN pou yon ble-Leymus mollis 2Ns (2D) Sibstitisyon Kwomozòm Disomik | Devlopman makè SLAF |
| Ane | Jounal | IF | Tit | Aplikasyon yo |
| 2023 | Fwontyè nan syans plant yo | 6.735 | Kat QTL ak analiz transkriptòm kontni sik pandan muri fwi Pyrus pyrifolia a | Kat Jenetik |
| 2022 | Jounal Bioteknoloji Plant | 8.154 | Idantifikasyon ST1 revele yon seleksyon ki enplike otostop nan mòfoloji grenn ak kontni lwil pandan domestikasyon soya a.
| Apèl SNP |
| 2022 | Fwontyè nan syans plant yo | 6.623 | Kartografi Asosyasyon sou tout Jenòm nan Fenotip Hulless Barely nan Anviwònman Sechrès.
| GWAS |
