10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Jellemzők
● Felbontás: 100 µM
● Folt átmérő: 55 µM
● Szpotok száma: 4992
● Rögzítési terület: 6,5 x 6,5 mm
● Minden vonalkódos folt 4 részből álló alapozóval van feltöltve:
- poli(dT) farok mRNS indításhoz és cDNS szintézishez
- Egyedi molekuláris azonosító (UMI) az amplifikációs torzítás korrigálására
- Térbeli vonalkód
- A részleges leolvasás 1 szekvenáló primer kötőszekvenciája
● A metszetek H&E festése
Előnyök
●Egyablakos szolgáltatás: integrálja az összes tapasztalaton és készségen alapuló lépést, beleértve a kriometszés, festés, szövetoptimalizálás, térbeli vonalkódolás, könyvtár-előkészítés, szekvenálás és bioinformatika.
● Magasan képzett technikai csapat: több mint 250 szövettípusban és 100+ fajban szerzett tapasztalattal, beleértve az embert, egeret, emlőst, halat és növényt.
●Valós idejű frissítés a teljes projektről: a kísérleti folyamat teljes ellenőrzésével.
●Átfogó szabványos bioinformatika:A csomag 29 elemzést és 100+ kiváló minőségű adatot tartalmaz.
●Személyre szabott adatelemzés és megjelenítés: különböző kutatási igényekhez elérhető.
●Opcionális közös analízis egysejtű mRNS szekvenálással
Műszaki adatok
| Mintakövetelmények | Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőség ellenőrzés |
| OCT-beágyazott kriominták, FFPE minták (Optimális átmérő: kb. 6x6x6 mm3) 3 blokk mintánként | 10X Visium cDNS könyvtár | Illumina PE150 | 50K PE olvasás foltonként (60 Gb) | RIN>7 |
A mintakészítési útmutatóval és a szervizmunkafolyamattal kapcsolatos további részletekért forduljon bizalommal aBMKGENE szakértő
Szolgáltatási munkafolyamat
A minta-előkészítési fázisban egy kezdeti ömlesztett RNS extrakciós kísérletet végeznek, hogy biztosítsák a jó minőségű RNS beszerzését.A szövetoptimalizálási szakaszban a metszeteket megfestik és láthatóvá teszik, és optimalizálják a szövetből történő mRNS-felszabadulás permeabilizációs körülményeit.Az optimalizált protokollt ezután a könyvtár felépítése során alkalmazzák, majd szekvenálást és adatelemzést végeznek.
A teljes szolgáltatási munkafolyamat valós idejű frissítéseket és ügyfélmegerősítéseket foglal magában, hogy fenntartsa a reagáló visszacsatolási hurkot, biztosítva a projekt gördülékeny végrehajtását.
A következő elemzést tartalmazza:
Adatminőség-ellenőrzés:
o Adatkiadás és minőségi pontszám eloszlás
o Gén kimutatás foltonként
o szöveti fedettség
Belső minta elemzés:
o Géngazdagság
o Spot klaszterezés, beleértve a csökkentett dimenziós elemzést
o Klaszterek közötti differenciális expressziós elemzés: marker gének azonosítása
o Marker gének funkcionális annotációja és gazdagítása
Csoportközi elemzés
o Mindkét mintából (pl. beteg és kontroll) származó foltok újrakombinációja és újracsoportosítása
o Marker gének azonosítása minden klaszterhez
o Marker gének funkcionális annotációja és gazdagítása
o Ugyanazon klaszter csoportok közötti differenciális kifejezése
Belső minta elemzés
Spot klaszterezés
Marker gének azonosítása és térbeli eloszlása
Csoportközi elemzés
Adatkombináció mindkét csoportból és újra klaszterből
Új klaszterek marker génjei
Fedezze fel a BMKGene térbeli átírási szolgáltatása által a 10X Visium által elérhető fejlesztéseket ezekben a kiemelt kiadványokban:
Chen, D. és mtsai.(2023) „Az mthl1, az emlős adhéziós GPCR-ek potenciális Drosophila homológja, részt vesz a legyek injektált onkogén sejtjeivel szembeni daganatellenes reakciókban”, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) „Az STEEL lehetővé teszi a spatiotemporális transzkriptomikai adatok nagy felbontású lehatárolását”, Briefings in Bioinformatics, 24(2), 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) „Az orchideavirágok fejlődésének organogenezisének spatiotemporális atlasza”, Nucleic Acids Research, 50(17), 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) „Integrating Spatial Transscriptomics and Single-nucleus RNS Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma”, International Journal of Biological Sciences, 19(8), pp. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
