16S/18S/ITS amplikon szekvenálás-NGS
Szolgáltatási jellemzők
● Szekvenálási platform: Illumina NovaSeq.
● A 16S, 18S és ITS rövid régióinak amplifikációja, többek között.
● Rugalmas amplikonválasztási lehetőségek.
● Korábbi projekttapasztalat több amplifikációs célponttal.
Szolgáltatás előnyei
●Izolációmentes:A mikrobiális összetétel gyors azonosítása környezeti mintákban.
●Nagy felbontásKörnyezeti minták alacsony előfordulási gyakoriságú komponenseiben.
●Széles körben alkalmazhatóKülönböző mikrobiális közösségek vizsgálata.
●Átfogó bioinformatikai elemzésA legújabb QIIME2 csomag (kvantitatív betekintés a mikrobiális ökológiába) változatos elemzésekkel adatbázis, annotáció, OTU/ASV tekintetében.
●Kiterjedt szakértelemAz évente lebonyolított 150 ezer amplikon szekvenálási projekttel a BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalattal, magasan képzett elemzőcsapattal, átfogó tartalommal és kiváló értékesítés utáni támogatással rendelkezik.
Szolgáltatási specifikációk
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K címke (olvasott párok) |
Szolgáltatási követelmények
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes mennyiség (ng) | Térfogat (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Talaj/iszap: 1-2 g
● Béltartalom - állati eredetű: 0,5-2 g
● Béltartalom - rovar: 0,1-0,25 g
● Növényfelület (dúsított üledék): 0,1–0,5 g
● Fermentációs levesben dúsított üledék): 0,1–0,5 g
● Ürülék (nagy állatok): 0,5-2 g
● Ürülék (egér): 3-5 szemcse
● Pulmonális alveoláris mosófolyadék: szűrőpapír
● Hüvelyi mintavétel: 5-6 minta
● Bőr-/genitális váladék/nyál/szájüregi lágyrész/garatváladék/végbélváladék: 2-3 váladék
● Felszíni mikroorganizmusok: szűrőpapír
● Víz/levegő/biofilm: szűrőpapír
● Endofiták: 1-2 g
● Foglepedék: 0,5-1 g
Szolgáltatási munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
- Nyers adatok minőségellenőrzése
- OTU klaszterezés / Zajmentesítés (ASV)
- OTU-megjegyzés
- Alfa-diverzitási elemzés: több index, beleértve a Shannon, Simpson és ACE indexeket.
- Béta-diverzitási elemzés
- Csoportok közötti elemzés
- Korrelációanalízis: környezeti tényezők és az OUT összetétele és diverzitása között
- 16S funkcionális gén predikció
A taxonómiai eloszlás hisztogramja
taxonómiai bőségi klaszterezési hőtérkép
Alfa-diverzitási elemzés: ritkasági görbe
béta-diverzitási analízis: NMDS
Csoportközi elemzés: LEFSE biomarker felfedezés
Fedezze fel a BMKGene amplikon szekvenálási szolgáltatásai által az Illumina vállalattal közösen előmozdított fejlesztéseket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Dong, C. et al. (2022) „A rizoszféra talaj- és kéregmikrobiotájának összeálltsága, magmikrobiotája és funkciója az Eucommia ulmoidesben”, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. és munkatársai (2023) „Szintetikus bakteriális konzorcium transzplantáció Gardnerella vaginalis által kiváltott bakteriális vaginózis kezelésére egerekben”, Microbiome, 11(1), 1–14. o. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. és Liu, H. (2022) „A földi, zárt bioregeneratív életfenntartó kísérlet, a „Lunar Palace 365” során gyűjtött levegőpor mikrobiómái”, Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. és munkatársai (2022) „A nitrogénátalakulással kapcsolatos funkcionális gének alapanyagfüggő mennyisége szabályozta a nitrogénveszteséget a komposztálás során”, Bioresource Technology, 361, 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
