16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Szolgáltatás előnyei
● A környezeti minták mikrobiális összetételének izolálásmentes és gyors azonosítása
● Nagy felbontás a környezeti mintákban alacsony mennyiségben előforduló komponensekben
● A legújabb QIIME2 elemző folyam változatos elemzésekkel az adatbázis, annotáció, az OTU/ASV szempontjából.
● Nagy áteresztőképesség, nagyobb pontosság
● Változatos mikrobiális közösségvizsgálatokra alkalmazható
● A BMK széleskörű tapasztalattal rendelkezik évente több mint 100 000 mintával, amely lefedi a talajt, vizet, gázt, iszapot, ürüléket, beleket, bőrt, fermentlevet, rovarokat, növényeket stb.
● A BMKCloud megkönnyítette az adatértelmezést, amely 45 személyre szabott elemző eszközt tartalmaz
Szolgáltatási specifikációk
| SorrendezésFelület | Könyvtár | Javasolt adathozam | Becsült átfutási idő |
| Illumina NovaSeq platform | PE250 | 50K/100K/300K címkék | 30 nap |
Bioinformatikai elemzések
● Nyers adatok minőségének ellenőrzése
● OTU klaszterezés/zajmentesítés (ASV)
● OTU annotáció
● Alfa diverzitás
● Béta változatosság
● Csoportközi elemzés
● Asszociációs elemzés kísérleti tényezőkkel
● Funkciógén előrejelzés
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények:
MertDNS-kivonatok:
| Minta típusa | Összeg | Koncentráció | Tisztaság |
| DNS-kivonatok | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Környezeti mintákhoz:
| Minta típusa | Javasolt mintavételi eljárás |
| Talaj | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;A megmaradt fonnyadt anyagot el kell távolítani a felületről;Daráljon nagy darabokat és engedje át a 2 mm-es szűrőn;A minták aliquot része steril EP-csőbe vagy cyrotube-be foglalás céljából. |
| Ürülék | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot mintákat steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon. |
| Béltartalom | A mintákat aszeptikus körülmények között kell feldolgozni.Az összegyűjtött szövetet PBS-sel mossuk;Centrifugálja a PBS-t, és gyűjtse össze a csapadékot EP-csövekbe. |
| Iszap | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot iszapmintát steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon |
| Víztest | Korlátozott mennyiségű mikrobiális minta esetén, mint például csapvíz, kútvíz stb., Gyűjtsön össze legalább 1 l vizet, és engedje át a 0,22 μm-es szűrőn, hogy a membránon dúsítsa a mikrobákat.Tárolja a membránt steril csőben. |
| Bőr | Óvatosan kaparja le a bőrfelületet steril vattacsomóval vagy sebészeti pengével, és helyezze steril csőbe. |
Javasolt mintaszállítás
Fagyassza le a mintákat folyékony nitrogénben 3-4 órára, és tárolja folyékony nitrogénben vagy -80 fokos hosszú távú foglalásig.Szárazjéggel történő mintaszállítás szükséges.
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
1.Fajok megoszlása
2.Hőtérkép: Fajgazdagsági klaszterezés
3.Ritka frakciógörbe
4.NMDS elemzés
5. Lefse elemzés
BMK tok
A 2-es típusú cukorbetegségben szenvedő és nem szenvedő elhízott egyének eltérő bélmikrobiális funkcionális kapacitást és összetételt mutatnak
Közzétett:Sejtgazda és mikroba, 2019
Szekvenálási stratégia:
Sovány, nem cukorbetegség (n=633);Elhízott, nem cukorbetegség (n=494);Elhízott – 2-es típusú cukorbetegség (n=153);
Célrégió: 16S rDNS V1-V2
Platform: Illumina Miseq (NGS-alapú amplikon szekvenálás)
A DNS-kivonatok részhalmazát metagenomikus szekvenálásnak vetettük alá Illumina Hiseq-en
Főbb eredmények
Ezen anyagcsere-betegségek mikrobiális profiljait sikeresen megkülönböztették.
A 16S szekvenálás által generált mikrobiális jellemzők összehasonlításával azt találták, hogy az elhízás összefüggésbe hozható a mikrobiális összetétel változásaival, az egyéni jellemzőkkel, különösen az Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes stb. szignifikáns csökkenésével. Ezen túlmenően, a T2D összefüggést mutatott az Escherichia/shigella növekedésével .
Referencia
Thingholm, LB, et al.„A 2-es típusú cukorbetegségben szenvedő és nem szenvedő elhízott egyének eltérő bélmikrobiális funkcionális kapacitást és összetételt mutatnak.”Sejtgazda és mikroba26.2(2019).
