CircRNS szekvenálás - Illumina
Jellemzők
● rRNS kimerítés, majd irányított könyvtár-előkészítés, lehetővé téve a szálspecifikus szekvenálási adatokat.
● A bioinformatikai munkafolyamat lehetővé teszi a cirkRNS predikcióját és expressziójának számszerűsítését.
Szolgáltatás előnyei
●Kiterjedt szakértelemTöbb mint 20 000 mintát dolgoztunk fel, amelyek sokféle mintatípust felölelnek, így minden projekthez a szakértelmünk gazdag tárházát hozzuk.
●Szigorú minőségellenőrzésAlapvető ellenőrzési pontokat alkalmazunk minden szakaszban, a minta-előkészítéstől a könyvtárkészítésen át a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Gondos monitorozásunk biztosítja az eredmények következetesen kiváló minőségét.
●Átfogóbb RNS-könyvtárak:Az előkönyvtári előkészítés során rRNS-kimerülést alkalmazunk lineáris RNS-kimerülés helyett, biztosítva, hogy a szekvenálási adatok ne csak cirkRNS-t, hanem mRNS-t és lncRNS-t is tartalmazzanak, lehetővé téve ezen adatkészletek együttes elemzését.
●Kompetitív endogén RNS (ceRNA) hálózatok opcionális elemzéseMélyebb betekintést nyújt a sejtszintű szabályozási mechanizmusokba.
● Értékesítés utáni támogatásTudjuk, mennyire fontos a jelenlét, ezért elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal is kiterjed. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdéseket feltevéssel segítünk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásában.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Platform | Ajánlott adatok | Adatminőség-ellenőrzés |
| rRNA-mentesített irányított könyvtár | Illumina PE150 | 16-20 GB | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Koncentráció (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy sziromlevél: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy bélrendszer: 450 mg
Zsigeri szervek vagy agy: 240 mg
Izom: 600 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1,5 g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 9g
Rákfélék: 450 mg
● Teljes vér:2 cső
● Sejtek: 106 sejtek
● Szérum és plazma6 ml
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (Alufólia használata nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoportosítás+replikátum, pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zacskókba kell csomagolni és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-mintákat RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) lehet szárítani és szobahőmérsékleten szállítani.
Szolgáltatási munkafolyamat
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
- Adatminőség-ellenőrzés
- Genom-illesztés
- CircRNS azonosítás
- CircRNS expresszió
- Differenciális expressziós elemzés
cirkRNS-előrejelzés: kromoszómális eloszlás
Differenciálisan expresszált cirkRNS-ek – Vulkándiagram
Differenciálisan expresszált cirkRNS-ek – hierarchikus klaszterezés
A cirkRNS gazdagénjeinek funkcionális dúsítása
Fedezze fel a BMKGene cirkRNS szekvenálási szolgáltatásai által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Wang, X. és munkatársai (2021) „A CPSF4 szabályozza a cirkRNS-képződést és a mikroRNS által közvetített géncsendesítést hepatocelluláris karcinómában”,Onkogén2021 40:25, 40(25). szám, 4338–4351. oldal. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. és munkatársai (2023) „Az X oo-reszponzív transzkriptom feltárja a cirkuláris RNS133 szerepét a betegség-rezisztenciában az OsARAB expressziójának szabályozásával rizsben”,Fitopatológiai kutatás, 5(1). sz., 1–14. o. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ÁBRÁK/6.
Y, H. és munkatársai (2023) „A CPSF3 modulálja a cirkuláris és lineáris transzkriptumok egyensúlyát hepatocelluláris karcinómában”. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. és munkatársai (2023) „A cirkRNS-ek átfogó értékelése cirrózisos kardiomiopátiában májtranszplantáció előtt és után”,Nemzetközi Immunfarmakológia, 114, p. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
