cirkRNS szekvenálás-Illumina
Jellemzők
● rRNS-kimerülés, majd irányított könyvtár-előkészítés, amely lehetővé teszi a szál-specifikus adatok szekvenálását.
● A bioinformatikai munkafolyamat lehetővé teszi a cirkRNS előrejelzését és az expresszió mennyiségi meghatározását
Szolgáltatás előnyei
●Átfogóbb RNS-könyvtárak:a könyvtár előtti előkészítés során a lineáris RNS-kimerülés helyett rRNS-kimerülést alkalmazunk, biztosítva, hogy a szekvenálási adatok ne csak a cirRNS-t, hanem az mRNS-t és az lncRNS-t is tartalmazzák, lehetővé téve ezen adatkészletek közös elemzését.
●A kompetitív endogén RNS (ceRNS) hálózatok opcionális elemzése: mélyebb betekintést nyújt a sejtes szabályozó mechanizmusokba
●Széleskörű Szakértelem: több mint 20 000 minta feldolgozásával a BMK-ban, különféle mintatípusokon és lncRNA projekteken keresztül, csapatunk rengeteg tapasztalatot hoz minden projektbe.
●Szigorú minőségellenőrzés: az alapvető kontrollpontokat minden szakaszban megvalósítjuk, a minta- és könyvtár-előkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig.Ez az aprólékos felügyelet biztosítja a folyamatosan jó minőségű eredményeket.
● Értékesítés utáni támogatás: Elkötelezettségünk túlmutat a projekt befejezésén, 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal.Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Felület | Ajánlott adatok | Adatok minőségellenőrzése |
| Poly A dúsított | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Sértetlenség |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥6,5; Állatok esetében: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy szirom: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy bél: 450 mg
Zsigerek vagy agy: 240 mg
Izom: 600 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1,5 g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 9g
Rákfélék: 450 mg
● Teljes vér:2 cső
● Cellák: 106 sejteket
● Szérum és plazma: 6 ml
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
cirkRNS előrejelzés: kromoszómális eloszlás
Differenciálisan kifejezett cirkRNS-ek – Vulkán diagram
Differentially Expressed circRNS-ek – hierarchikus klaszterezés
A cirkRNS gazdagénjeinek funkcionális dúsítása
Fedezze fel a BMKGene cirkRNS-szekvenálási szolgáltatásai által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjtemény segítségével.
Wang, X. et al.(2021) „A CPSF4 szabályozza a cirRNS képződést és a mikroRNS által közvetített géncsendesítést hepatocelluláris karcinómában”, Oncogene 2021, 40:25, 40(25), 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) „Az X oo-reszponzív transzkriptom feltárja a cirkuláris RNS133 szerepét a betegségekkel szembeni rezisztenciában az OsARAB rizsben való expressziójának szabályozása révén”, Phytopathology Research, 5(1), 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) „A CPSF3 modulálja a cirkuláris és lineáris transzkriptumok egyensúlyát hepatocelluláris karcinómában”.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) „A cirrNS-ek átfogó értékelése cirrhoticus cardiomyopathiában májtranszplantáció előtt és után”, International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
