Illumina előre elkészített könyvtárak
Jellemzők
●Platformok:Illumina NovaSeq 6000 és NovaSeq X Plus
●Szekvenálási módok:PE150 és PE250
●A könyvtárak minőségellenőrzése szekvenálás előtt
●Szekvenálási adatok minőségellenőrzése és kézbesítése:QC jelentés és nyers adatok kézbesítése fastq formátumban a Q30 leolvasások demultiplexálása és szűrése után
Szolgáltatás előnyei
●A szekvenálási szolgáltatások sokoldalúsága:Az ügyfél választhat a sávok, áramlási cella vagy a szükséges adatmennyiség (részleges sávok szekvenálása) szerinti szekvenálást.
●Kiterjedt tapasztalat Illumina szekvenálási platformon:több ezer lezárt projekttel, különféle fajokkal.
●Szekvenálási minőségellenőrzési jelentés kézbesítése:a minőségi mutatókkal, az adatok pontosságával és a szekvenálási projekt általános teljesítményével.
●Érett szekvenálási folyamat:rövid átfutási idővel.
●Szigorú minőségellenőrzésSzigorú minőségellenőrzési követelményeket alkalmazunk az eredmények következetesen magas színvonalú szállításának garantálása érdekében.
Minta platformok
| Platform | Áramlási cella | Szekvenálási mód | Egység | Becsült kimenet |
| NovaSeq X | 10B (8 sávos) | PE150 | Egyetlen sáv Részleges sáv | 375 GB / sáv |
| 25B (8 sávos) | PE150 | Egyetlen sáv Részleges sáv | 1000 Gb/sáv | |
| NovaSeq 6000 | SP áramlási cella (2 sávos) | PE250 | Áramlási cella Egyetlen sáv Részleges sáv | 325-400 millió leolvasás / sáv |
| S4 áramlási cella (4 sávos) | PE150 | Áramlási cella Egyetlen sáv Részleges sáv | ~800 Gb/sáv |
Mintakövetelmények
| Adatmennyiség (X) | Koncentráció (qPCR/nM) | Kötet | |
| Részleges sávrendezés
| X ≤ 10 Gb | ≥ 1 nM | ≥ 25 μl |
| 10 GB < X ≤ 50 GB | ≥ 2 nM | ≥ 25 μl | |
| 50 GB < X ≤ 100 GB | ≥ 3 nM | ≥ 25 μl | |
| X > 100 GB | ≥ 4 nM | ≥ 25 μl | |
| Sávsorrend | Sávonként | ≥ 1,5 nM / Könyvtárkészlet | ≥ 25 μl / Könyvtárkészlet |
A koncentráció és az összmennyiség mellett megfelelő csúcsmintázatra is szükség van.
Megjegyzés: Az alacsony diverzitású könyvtárak sávszekvenálása PhiX spike-in-t igényel a robusztus bázismeghatározás biztosítása érdekében.
Javasoljuk, hogy előre összevont könyvtárakat küldjön be mintaként. Ha a BMKGENE-re van szüksége a könyvtár-összevonás elvégzéséhez, kérjük, tekintse meg a következőt:
a részleges sávsorrendre vonatkozó könyvtári követelmények.
Könyvtár mérete (csúcstérkép)
A főcsúcsnak 300-450 bp között kell lennie.
A könyvtáraknak egyetlen főcsúccsal kell rendelkezniük, nem tartalmazhatnak adapterszennyeződést és primer dimereket.
Kérjük, vegye fel velünk a kapcsolatot, ha a mintái nem felelnek meg a kiindulási anyagkövetelményeknek.
Szolgáltatási munkafolyamat
Könyvtári minőségellenőrzés
Szekvenálás
Adatminőség-ellenőrzés
Projekt megvalósítása
Könyvtári minőségbiztosítási jelentés
A szekvenálás, a könyvtár mennyiségének és a fragmentációnak az értékelése előtt jelentést készítenek a könyvtár minőségéről.
Szekvenálási minőségellenőrzési jelentés
1. táblázat. Szekvenálási adatok statisztikái.
| Mintaazonosító | BMKID | Nyers olvasmányok | Nyers adatok (bp) | Tiszta leolvasások (%) | Q20(%) | Q30(%) | GC (%) |
| C_01 | BMK_01 | 22 870 120 | 6 861 036 000 | 96,48 | 99.14 | 94,85 | 36,67 |
| C_02 | BMK_02 | 14 717 867 | 4 415 360 100 | 96,00 | 98,95 | 93,89 | 37.08 |
1. ábra. Minőségeloszlás az egyes mintákban az olvasások mentén
2. ábra. Alaptartalom eloszlása
3. ábra. A leolvasott tartalom eloszlása a szekvenálási adatokban
