BMKCloud Log in
条形banner-03

Termékek

Evolúciós genetika

Az evolúciós genetika egy csomagolt szekvenálási szolgáltatás, amelyet arra terveztek, hogy átfogó értelmezést biztosítson adott anyagok evolúciós információiról genetikai variációk alapján, beleértve az SNP-ket, az InDeleket, az SV-ket és a CNV-ket.Minden alapvető elemzést megad, amely a populációk evolúciós változásainak és genetikai jellemzőinek leírásához szükséges, mint például a populáció szerkezete, genetikai diverzitása, filogenetikai viszonyok, stb. Tartalmaz továbbá génáramlási vizsgálatokat is, amelyek lehetővé teszik a populáció effektív méretének, divergenciájának becslését.


Szolgáltatás részletei

Demo eredmények

Esettanulmány

Szolgáltatás előnyei

1 Evolúciós genetika

Takagi és társai,A növénynapló, 2013

● A fajok eltérési idejének és sebességének becslése nukleotid- és aminosavszintű eltérések alapján
● Megbízhatóbb filogenetikai kapcsolat feltárása a fajok között a konvergens evolúció és a párhuzamos evolúció minimális befolyásával
● Kapcsolatok létrehozása a genetikai változások és a fenotípusok között a tulajdonságokhoz kapcsolódó gének feltárása érdekében
● A genetikai sokféleség becslése, amely tükrözi a fajok evolúciós potenciálját
● Gyorsabb átfutási idő
● Széleskörű tapasztalat: A BMK több mint 12 éve hatalmas tapasztalattal rendelkezik a populációval és az evolúcióval kapcsolatos projektekben, amelyek több száz fajra vonatkoznak stb., és több mint 80 magas szintű projektben vett részt a Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal stb.

Szolgáltatási specifikációk

Anyagok:

Általában legalább három alpopuláció (pl. alfaj vagy törzs) javasolt.Minden alpopulációnak legalább 10 egyedből kell állnia (a növények >15, ritka fajok esetén csökkenthető).

Szekvenálási stratégia:

* A WGS használható jó minőségű referenciagenommal rendelkező fajokhoz, míg az SLAF-Seq alkalmazható referenciagenommal vagy anélkül, vagy rossz minőségű referenciagenomhoz.

A genom méretére vonatkozik

WGS

SLAF-címkék (×10 000)

≤ 500 Mb

10×/egyén

A WGS inkább ajánlott

500 Mb - 1 Gb

10

1 Gb - 2 Gb

20

≥2 Gb

30

Bioinformatikai elemzések

● Evolúciós elemzés

● Szelektív söprés

● Génáramlás

● Demográfiai előzmények

● Eltérési idő

evolúciós 2

Mintakövetelmények és szállítás

Mintakövetelmények:

 

Faj

 Szövet

WGS-NGS

SLAF

Állat

 

  

Viscerális szövet

 

0,5-1 g

 

 

0,5 g

 

 

 Izomszövet

Emlős vér

 

1,5 ml

 

 

1,5 ml

 

Baromfi/hal vér

Növény

  

  Friss Levél    

1-2 g

   

0,5-1 g

 Szirom/szár
  Gyökér/Mag
 

Sejtek

  Tenyésztett sejt    

 

gDNS

Koncentráció
(ng/ul)

Összeg

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

-

Szerviz munkafolyamat

Minta minőségellenőrzés

Kísérleti tervezés

minta szállítás

Mintaszállítás

Könyvtár előkészítése

Könyvtárépítés

Sorrendezés

Sorrendezés

Adatelemzés

Adatelemzés

Értékesítés utáni szolgáltatások

Értékesítés utáni szolgáltatások


  • Előző:
  • Következő:

  • *Az itt látható demóeredmények mind a BMKGENE által közzétett genomokból származnak

    1. Az evolúciós elemzés tartalmazza a filogenetikai fa felépítését, a populáció szerkezetét és a PCA genetikai variációk alapján történő felépítését.

    A filogenetikai fa taxonómiai és evolúciós kapcsolatokat képvisel a közös ősökkel rendelkező fajok között.
    A PCA célja az alpopulációk közötti közelség megjelenítése.
    A populáció szerkezete genetikailag elkülönülő szubpopuláció jelenlétét mutatja az allélgyakoriság tekintetében.

    3-1Phylogenetic-fa 3-2PCA 3-3Népesség-struktúra

    Chen és et.al.,PNAS, 2020

    2. Szelektív seprés

    A szelektív söprés egy olyan folyamat, amelynek során kiválasztanak egy előnyös helyszínt, és növelik a kapcsolt semleges helyek gyakoriságát, és csökkentik a nem kapcsolt helyek gyakoriságát, ami a regionális csökkenését eredményezi.

    A szelektív sweep régiók genomszintű detektálását az összes SNP populációgenetikai indexének (π,Fst, Tajima D) kiszámításával dolgozzák fel egy csúszó ablakon (100 Kb) egy bizonyos lépésben (10 Kb).

    Nukleotiddiverzitás (π)
    4 Nukleotid-diverzitás (π)

    Tajima D
    5Tajima's-D

    Rögzítési index (Fst)

    6 Rögzítési index (Fst)

    Wu és et.al.,Molekuláris növény, 2018

    3.Gene Flow

    7Génáramlás

    Wu és et.al.,Molekuláris növény, 2018

    4. Demográfiai történelem

    8 Demográfiai történelem

    Zhang és et.al.,Természetökológia és evolúció, 2021

    5. Eltérési idő

    9 Divergencia-idő

    Zhang és et.al.,Természetökológia és evolúció, 2021

    BMK tok

    A genomi variációs térkép betekintést nyújt a tavaszi kínai káposzta (Brassica rapa ssp. Pekinensis) szelekciójának genetikai alapjaiba

    Közzétett: Molekuláris növény, 2018

    Szekvenálási stratégia:

    Újraszekvenálás: szekvenálási mélység: 10×

    Főbb eredmények

    Ebben a vizsgálatban 194 kínai káposztát dolgoztak fel újraszekvenálásra, átlagosan 10-szeres mélységgel, ami 1 208 499 SNP-t és 416 070 InDelt eredményezett.A 194 vonal filogenetikai elemzése azt mutatta, hogy ezek a vonalak három ökotípusra oszthatók: tavaszi, nyári és őszi.Ezenkívül a populációszerkezet és a PCA elemzés azt mutatta, hogy a tavaszi kínai káposzta egy őszi káposztából származik Shandongban, Kínában.Ezeket később behurcolták Koreába és Japánba, keresztezték a helyi vonalakkal, és néhány késői kifejlődésű fajtájuk visszakerült Kínába, és végül tavaszi kínai káposzta lett.

    A tavaszi kínai káposzta és az őszi káposzta szelekció során végzett genomszintű szkennelése 23 genomiális lókuszt mutatott ki, amelyek erős szelekción mentek keresztül, amelyek közül kettő átfedésben volt a QTL-térképezés alapján a csavarozási időt szabályozó régióval.Erről a két régióról kiderült, hogy a virágzást szabályozó kulcsgéneket, a BrVIN3.1-et és a BrFLC1-et tartalmazzák.Ezt a két gént a transzkripciós vizsgálatok és a transzgenikus kísérletek is megerősítették, hogy részt vesznek a csavarozási időben.

    PB-full-length-RNS-Sequencing-esettanulmány

    Népességszerkezeti elemzés kínai kelről

    PB-teljes hosszúságú-RNS-alternatív-splicing

    Genetikai információk a kínai kel kiválasztásáról

     
    Referencia

    Tongbing és mtsai.„A genomi variációs térkép betekintést nyújt a tavaszi kínai káposzta (Brassica rapa ssp.pekinensis) szelekciójának genetikai alapjaiba.”Molekuláris növények,11(2018): 1360-1376.

    kérjen árajánlatot

    Írja ide üzenetét és küldje el nekünk

    Küldje el nekünk üzenetét: