Teljes hosszúságú mRNS szekvenálás - nanopórus
Jellemzők
● Poli-A mRNS befogása, majd cDNS szintézis és könyvtár készítés
● A teljes hosszúságú átiratok szekvenálása
● Bioinformatikai elemzés referencia genomhoz való igazításon alapuló
● A bioinformatikai analízis nem csak a gén- és izoformaszintű expressziót foglalja magában, hanem az lncRNS, a génfúziók, a poliadeniláció és a génszerkezet elemzését is.
Szolgáltatás előnyei
●Az expresszió számszerűsítése izoforma szinten: lehetővé teszi a részletes és pontos expressziós elemzést, felfedve azokat a változásokat, amelyek elfedhetők a teljes génexpresszió elemzésekor
●Csökkentett adatigény:A következő generációs szekvenáláshoz (NGS) képest a Nanopore szekvenálás alacsonyabb adatigényt mutat, ami lehetővé teszi a génexpresszió kvantifikációs telítettségének egyenértékű szintjét kisebb adatokkal.
●A kifejezés mennyiségi meghatározásának nagyobb pontossága: gén és izoforma szinten egyaránt
●További átírási információk azonosítása: alternatív poliadeniláció, fúziós gének és lcnRNS és célgénjeik
●Széleskörű Szakértelem: Csapatunk rengeteg tapasztalatot hoz minden projektbe, több mint 850 Nanopore teljes hosszúságú átírási projektet végrehajtva, és több mint 8000 mintát dolgozott fel.
●Értékesítés utáni támogatás: elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal terjed ki. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdés-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| Poly A dúsított | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Átlagos minőségi pontszám: Q10 |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥7,0; Állatoknak: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy szirom: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy belek: 300 mg
Zsigerek vagy agy: 240 mg
Izom: 450 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 6g
Rákfélék: 300 mg
● Teljes vér: 1 tubus
● Sejtek: 106 sejteket
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Nukleotidok:
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Szerviz munkafolyamat
Szövet:
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
● Nyers adatfeldolgozás
● Átirat azonosítása
● Alternatív toldás
● Az expresszió mennyiségi meghatározása génszinten és izoforma szinten
● Differenciális kifejezés elemzés
● Funkciójegyzetek és -dúsítás (DEG-ek és DET-ek)
Alternatív splicing elemzés
Alternatív poliadenilációs elemzés (APA)
lncRNS előrejelzés
Új gének annotációja
DET-ek klaszterezése
Protein-Protein hálózatok DEG-ben
Fedezze fel a BMKGene Nanopore teljes hosszúságú mRNS-szekvenálási szolgáltatása által elősegített fejlesztéseket egy összeállított publikációgyűjtemény segítségével.
Gong, B. et al. (2023) „A FAM20C szekréciós kináz epigenetikai és transzkripciós aktiválása, mint onkogén a gliomában”, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Ő, Z. et al. (2023) „Az IFN-γ-ra reagáló limfociták teljes hosszúságú transzkriptom szekvenálása Th1-elferdített immunválaszt tár fel lepényhalban (Paralichthys olivaceus)”, Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) „A PacBio és az ONT RNS szekvenálási módszereinek összehasonlító elemzése a Nemopilema Nomurai méreg azonosításához”, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) „A nano-seq elemzés eltérő funkcionális tendenciákat tár fel a hUMSC-ből származó exoszómák és mikrovezikulák között”, Stem Cell Research and Therapy, 14(1), 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
