Genomszintű asszociációs elemzés
Munkafolyamat
Szolgáltatás előnyei
●Kiterjedt szakértelem és publikációs feljegyzésekA GWAS-ban felhalmozott tapasztalattal a BMKGene több száz fajprojektet valósított meg populációs GWAS-kutatásban, több mint 100 cikk publikálásában segítette a kutatókat, és a kumulatív impakt faktor elérte az 500-at.
● Átfogó bioinformatikai elemzésA munkafolyamat magában foglalja az SNP-tulajdonságasszociációs elemzést, amely jelöltgének halmazát és a hozzájuk tartozó funkcionális annotációt biztosítja.
●Magasan képzett bioinformatikai csapat és rövid elemzési ciklusA BMKGene csapata a fejlett genomikai elemzések terén szerzett nagy tapasztalatával átfogó elemzéseket készít rövid átfutási idővel.
●Értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is kiterjed, 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdések és válaszok megválaszolását kínáljuk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolására.
Szolgáltatási specifikációk és követelmények
| A szekvenálás típusa | Ajánlott populációs skála | Szekvenálási stratégia | Nukleotidkövetelmények |
| Teljes genom szekvenálás | 200 minta | 10x | Koncentráció: ≥ 1 ng/µL Teljes mennyiség ≥ 30 ng Korlátozott vagy semmilyen lebomlás vagy szennyeződés |
| Specifikus lókuszú amplifikált fragmens (SLAF) | Címke mélysége: 10x Címkék száma: < 400 Mb: WGS ajánlott < 1 GB: 100 ezer címke 1 GB > 2 GB: 300 ezer címke Max. 500 ezer címke | Koncentráció ≥ 5 ng/µL Teljes mennyiség ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agaróz gél: nincs vagy korlátozott lebomlás vagy szennyeződés
|
Anyagválasztás
Különböző fajták, alfajok, honos fajták/génbankok/vegyes családok/vadon élő erőforrások
Különböző fajták, alfajok, honos fajták
Féltestvér család/teljestestvér család/vad erőforrások
Szolgáltatási munkafolyamat
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
- Genomszintű asszociációs analízis: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM modell
- A jelöltgének funkcionális annotációja
SNP-vonásasszociációs elemzés – Manhattan-diagram
SNP-tulajdonságasszociációs elemzés – QQ diagram
Fedezze fel a BMKGene de GWAS szolgáltatásai által lehetővé tett fejlesztéseket egy válogatott kiadványgyűjteményen keresztül:
Lv, L. et al. (2023) „Betekintés a Sinonovacula constricta borotvakagyló ammónia toleranciájának genetikai alapjaiba genomszintű asszociációs vizsgálattal”,Akvakultúra, 569, 739351. o. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. és munkatársai (2022) „398 rókafarkú köles egyed multi-omikai elemzése olyan genomiális régiókat tárt fel, amelyek a háziasítással, az anyagcsere-tulajdonságokkal és a gyulladáscsökkentő hatásokkal kapcsolatosak”,Molekuláris növény, 15(8), 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. és munkatársai (2022) „A Hulless Barely fenotípusok genomszintű asszociációs térképezése aszályos környezetben”,Határok a növénytudományban, 13., 924892. o. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. és munkatársai (2021) „A GmST1, amely egy szulfotranszferázt kódol, rezisztenciát biztosít a szója mozaikvírus G2 és G3 törzseivel szemben”,Növény, sejt és környezet, 44(8), 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
