Hi-C alapú genom összeszerelés
A Hi-C egy olyan módszer, amelyet a kromoszóma-konfiguráció rögzítésére terveztek a közelségalapú interakciók és a nagy áteresztőképességű szekvenálás kombinálásával. Úgy vélik, hogy ezen interakciók intenzitása negatív korrelációban áll a kromoszómákon lévő fizikai távolsággal. Ezért a Hi-C adatokat használják az összeállított szekvenciák klaszterezésének, rendezésének és orientálásának irányítására egy vázlatgenomban, valamint ezek bizonyos számú kromoszómához való rögzítésére. Ez a technológia lehetővé teszi a kromoszóma-szintű genom-összeállítást populációalapú genetikai térkép hiányában. Minden egyes genomhoz Hi-C szükséges.
Szolgáltatási jellemzők
● Szekvenálás Illumina NovaSeq készüléken PE150-nel.
● A szolgáltatáshoz a kivont nukleinsavak helyett szövetmintákra van szükség, amelyek formaldehiddel térhálósodnak, és megőrzik a DNS-fehérje kölcsönhatásokat.
● A Hi-C kísérlet során a ragadós végeket biotinnal restrikcióval és javítással javítják, majd a kapott tompa végeket cirkulárissá teszik, miközben megőrzik a kölcsönhatásokat. A DNS-t ezután streptavidin gyöngyökkel kinyerik és tisztítják a későbbi könyvtárkészítéshez.
Szolgáltatás előnyei
A Hi-C áttekintése
(Lieberman-Aiden E és mtsai.,Tudomány, 2009)
●A genetikai populációs adatok szükségességének kiküszöbölése:A Hi-C helyettesíti a kontig lehorgonyzáshoz szükséges alapvető információkat.
●Nagy markersűrűség:ami 90% feletti magas kontighorgonyzási arányt eredményez.
●Kiterjedt szakértelem és publikációs feljegyzések:A BMKGene hatalmas tapasztalattal rendelkezik több mint 2000 Hi-C genom-összeállítási esettel kapcsolatban, 1000 különböző fajból és különféle szabadalmakból. Több mint 200 publikált eset kumulatív impakt faktora meghaladja a 2000-et.
●Magasan képzett bioinformatikai csapat:A Hi-C kísérletekre és adatelemzésre vonatkozó házon belüli szabadalmakkal és szoftverjogokkal rendelkező, saját fejlesztésű vizualizációs adatszoftver lehetővé teszi a blokkok manuális mozgatását, visszafordítását, visszavonását és újraindítását.
●Értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is kiterjed, 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdések és válaszok megválaszolását kínáljuk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolására.
●Átfogó jegyzetekTöbb adatbázist használunk az azonosított variációkkal rendelkező gének funkcionális annotálására és a megfelelő dúsulási elemzés elvégzésére, így több kutatási projektről is betekintést nyújtva.
Szolgáltatási specifikációk
| Könyvtári előkészítés | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatkimenet | Minőségellenőrzés |
| Hi-C könyvtár | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Mintakövetelmények
| Szövet | Szükséges összeg |
| Állati zsigerek | ≥ 2 g |
| Állati izom | |
| Emlősök vére | ≥ 2 ml |
| Baromfi/hal vér | |
| Növény - Friss levél | ≥ 3 g |
| Tenyésztett sejtek | ≥ 1x107 |
| Rovar | ≥ 2 g |
Szolgáltatási munkafolyamat
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
1) Nyers adatok minőségellenőrzése
2) Hi-C könyvtár minőségellenőrzése: érvényes Hi-C kölcsönhatások becslése
3) Hi-C összeállítás: a kontigok csoportokba tömörítése, majd a kontigok csoportosítása és orientációjának meghatározása az egyes csoportokon belül
4) Hi-C értékelés
Hi-C Könyvtár QC – Hi-C érvényes interakciós párok becslése
Hi-C Assembly – statisztikák
Összeszerelés utáni értékelés – a jelintenzitás hőtérképe a rekeszek között
Fedezze fel a BMKGene Hi-C összeszerelési szolgáltatásai által lehetővé tett fejlesztéseket egy válogatott kiadványgyűjtemény segítségével.
Tian, T. és munkatársai (2023) „Egy kiemelkedő, szárazságtűrő kukorica csíraplazma genom-összeszerelése és genetikai boncolása”, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506. o. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) „Az ázsiai háziméh (Apis cerana) genomjának kromoszómaszintű összeállítása”, Frontiers in Genetics, 11, 524–140. o. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. és munkatársai (2023) „A tropán alkaloid bioszintézis evolúciójának feltárása két genom elemzésével a Solanaceae családban”, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. és munkatársai (2020) „A banyánfa és a beporzó darázs genomjai betekintést nyújtanak a füge-darázs koevolúcióba”, Cell, 183(4), 875–889. o.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
