● Két exom panel érhető el a próbákkal való dúsítás alapján: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) és xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Szekvenálás Illumina NovaSeq készüléken.
● Betegségelemzésre vagy daganatelemzésre irányuló bioinformatikai folyamat.
●Célok a fehérjét kódoló régióA fehérjét kódoló régiók rögzítésével és szekvenálásával a hWES módszert a fehérjeszerkezettel kapcsolatos variánsok feltárására használják.
●Költséghatékony:A hWES az emberi genom 1%-ából származó emberi betegségekkel összefüggő mutációk körülbelül 85%-át eredményezi.
●Nagy pontosságúA nagy szekvenálási mélységnek köszönhetően a hWES lehetővé teszi mind a gyakori variánsok, mind az 1%-nál alacsonyabb gyakoriságú ritka variánsok kimutatását.
●Szigorú minőségellenőrzésÖt alapvető ellenőrzési pontot alkalmazunk minden szakaszban, a minta- és könyvtárelőkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Ez a aprólékos monitorozás biztosítja az eredmények következetesen kiváló minőségét.
●Átfogó bioinformatikai elemzés: a kutatási folyamatunk túlmutat a referencia genom variációinak azonosításán, mivel olyan fejlett elemzéseket is magában foglal, amelyek kifejezetten a betegségek genetikai aspektusaival vagy a tumoranalízissel kapcsolatos kutatási kérdések megválaszolására szolgálnak.
●Értékesítés utáni támogatás:Elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is kiterjed, 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdések és válaszok megválaszolását kínáljuk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolására.
| Exonbefogási stratégia | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatkimenet |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) vagy xGen Exome hibridizációs panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5-10 GB Mendeli rendellenességek/ritka betegségek esetén: > 50x Daganatos minták esetén: ≥ 100x |
| Minta típusa
| Összeg(Qubit®)
| Koncentráció | Kötet
| Tisztaság (NanoDrop™) |
|
Genomikus DNS
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8-2,0 nincs lebomlás, nincs szennyeződés
|
A hWES-betegség mintáinak bioinformatikai elemzése a következőket foglalja magában:
● Szekvenálási adatok minőségellenőrzése
● Referencia genomillesztés
● SNP-k és InDel-ek azonosítása
● SNP-k és InDel-ek funkcionális annotációja
A tumorminták bioinformatikai elemzése a következőket foglalja magában:
● Szekvenálási adatok minőségellenőrzése
● Referencia genomillesztés
● SNP-k, InDel-ek és szomatikus variációk azonosítása
● Csíravonal-variánsok azonosítása
● Mutációs szignatúrák elemzése
● Funkciónyereség-mutációk alapján azonosított hajtógének
● Mutációs annotáció a gyógyszerérzékenység szintjén
● Heterogenitási elemzés – tisztaság és ploiditás kiszámítása
Adatminőség-ellenőrzés – Az exomok befogásának statisztikái
Variáns azonosítás – InDels
Speciális elemzés: káros SNP-k/InDel-ek azonosítása és eloszlása – Circos-diagram
Tumoranalízis: szomatikus mutációk azonosítása és eloszlása – Circos-diagram
Tumoranalízis: klonális vonalak