Hosszú, nem kódoló szekvenálás - Illumina
Szolgáltatás előnyei
● Szolgáltatási előnyök
● Sejt- és szövetspecifikus
● Egy adott szakasz dinamikus kifejezésmódosítást fejez ki és mutatja be
● Az idő- és térkifejezés pontos mintái
● Közös elemzés mRNS adatokkal.
● BMKCloud alapú eredményszolgáltatás: testreszabott adatbányászat elérhető a platformon.
● Értékesítés utáni szolgáltatások a projekt befejezését követően 3 hónapig érvényesek
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Felület | Ajánlott adatok | Adatok minőségellenőrzése |
| rRNS-kimerülés | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Sértetlenség |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növényeknél: RIN≥6,5; Állatoknak: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
Nukleotidok:
Szövet: Súly (száraz): ≥1 g
*5 mg-nál kisebb szövetek esetén gyorsfagyasztott (folyékony nitrogénben) szövetminta küldését javasoljuk.
Sejtszuszpenzió: Sejtszám = 3×107
* Javasoljuk fagyasztott sejtlizátum szállítását.Abban az esetben, ha az adott sejtszám kisebb, mint 5×105, folyékony nitrogénben gyorsfagyasztás javasolt.
Vérminták:
PA×geneBloodRNATube;
6 ml TRIzol és 2 ml vér (TRIzol: Vér = 3:1)
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2.RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
1.LncRNS osztályozás
A fenti négy szoftver által megjósolt LncRNS-t 4 kategóriába soroltuk: lincRNS, anti-szensz-LncRNS, intronikus-LncRNS;érzék-LncRNS.Az LncRNS besorolása az alábbi hisztogramon látható.
LncRNS osztályozás
2. A DE-lncRNS dúsítási analízis cisz-célzott génjei
A ClusterProfiler-t a differenciálisan expresszált lncRNS (DE-lncRNS) cisz-célzott génjeinek GO-dúsítási analízisében alkalmazták a biológiai folyamatok, a molekuláris funkciók és a sejtkomponensek szempontjából.A GO dúsítási analízis egy olyan folyamat, amely a DEG által irányított, jelentősen dúsított GO kifejezéseket azonosítja a teljes genomhoz képest.A kiegészített kifejezéseket hisztogramban, buborékdiagramban stb. mutattuk be, az alábbiak szerint.
A DE-lncRNS dúsítási analízis cisz-célzott génjei - Buborékdiagram
3. Az mRNS és lncRNS hosszának, exonszámának, ORF-jének és expressziós mennyiségének összehasonlításával megérthetjük a köztük lévő szerkezeti, szekvenciális és így további különbségeket, valamint ellenőrizhetjük, hogy az általunk előre jelzett új lncRNS megfelel-e az általános jellemzőknek.
BMK tok
Deregulált lncRNS expressziós profil az egér tüdő adenokarcinómáiban KRAS-G12D mutációval és P53 knockouttal
Közzétett:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Szekvenálási stratégia
Illumina
Minta kollekció
A NONMMUT015812-knockdown KP (shRNS-2) sejteket és a negatív kontroll (sh-Scr) sejteket egy specifikus vírusfertőzés 6. napján kaptuk.
Főbb eredmények
Ez a tanulmány az aberránsan expresszálódó lncRNS-eket vizsgálja a P53 knockouttal és a KrasG12D mutációval járó egér tüdő adenokarcinómában.
1,6424 lncRNS expressziója eltérő volt (≥ 2-szeres változás, P < 0,05).
2. Mind a 210 lncRNS (FC≥8) közül 11 lncRNS expresszióját a P53, 33 lncRNS-t a KRAS, 13 lncRNS-t pedig hipoxia szabályozta a primer KP sejtekben.
A 3.NONMMUT015812-t, amely az egértüdő-adenokarcinómában figyelemreméltóan felszabályozott, és a P53 re-expressziója negatívan szabályozta, kimutattuk a sejtfunkció elemzéséhez.
4. A NONMMUT015812 shRNS-ek általi leütése csökkentette a KP sejtek proliferációs és migrációs képességeit.A NONMMUT015812 potenciális onkogén volt.
 A NONMMUT015812-knockdown KP sejtekben a differenciálisan expresszált gének KEGG útvonal elemzése |  A NONMMUT015812-knockdown KP sejtekben a differenciálisan expresszált gének génontológiai elemzése |
Referencia
Deregulált lncRNS expressziós profil egértüdő adenokarcinómákban KRAS-G12D mutációval és P53 knockouttal [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
