Hosszú, nem kódoló szekvenálás - Illumina
Szolgáltatás előnyei
●mRNS és lncRNS együttes elemzéseAz mRNS transzkriptumok kvantifikálásának az lncRNS és célpontjaik vizsgálatával való kombinálásával mélyreható áttekintést kaphatunk a sejtes válasz mögött meghúzódó szabályozási mechanizmusról.
●Kiterjedt szakértelemTöbb mint 230 000 mintát dolgoztunk fel, változatos minta- és projektcélokat lefedve. Minden projekthez a szakértelmünk gazdag tárházát hozzuk.
●mRNS és lncRNS együttes elemzéseAz mRNS transzkriptumok kvantifikálását az lncRNS és célpontjaik vizsgálatával kombináljuk, lehetővé téve a sejtes válasz mögött meghúzódó szabályozási mechanizmus mélyreható áttekintését.
●Szigorú minőségellenőrzésAlapvető ellenőrzési pontokat alkalmazunk minden szakaszban, a minta-előkészítéstől a könyvtárkészítésen át a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Gondos monitorozásunk biztosítja az eredmények következetesen kiváló minőségét.
●Átfogó jegyzetekTöbb adatbázist használunk a differenciálisan expresszált gének (DEG) funkcionális annotálásához és a megfelelő dúsulási elemzések elvégzéséhez. Ez az átfogó megközelítés betekintést nyújt a transzkriptomválasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba, biztosítva, hogy minden lehetséges információt megkapjon a kísérlet adatairól.
●Értékesítés utáni támogatásTudjuk, mennyire fontos a jelenlét, ezért elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal is kiterjed. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdéseket feltevéssel segítünk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásában.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Platform | Ajánlott adatok | Adatminőség-ellenőrzés |
| rRNA-mentesített irányított könyvtár | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidok:
| Koncentráció (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy sziromlevél: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy bélrendszer: 450 mg
Zsigeri szervek vagy agy: 240 mg
Izom: 600 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1,5 g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 9g
Rákfélék: 450 mg
● Teljes vér:2 cső
● Sejtek: 106 sejtek
● Szérum és plazma6 ml
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (Alufólia használata nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoportosítás+replikátum, pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zacskókba kell csomagolni és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-mintákat RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) lehet szárítani és szobahőmérsékleten szállítani.
Szolgáltatási munkafolyamat
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
- Nyers adatok
- Adatminőség-ellenőrzés
- Genom-illesztés
- Génszerkezet (Alternatív splicing, génszerkezet-optimalizálás és újgén előrejelzés)
- Génexpresszió kvantifikációja
- Differenciális expressziós elemzés
- DEG annotáció és dúsítás + Differenciálisan expresszált lncRNS célgének
- Átirat azonosítása
- lncRNS azonosítás (lncRNS konzerváció és ismert lncRNS)
- lncRNS célgén-előrejelzés
- lncRNS expresszió kvantifikálása
- mRNS adatokkal végzett együttes elemzés
Differenciális génexpresszió (DEG) elemzés
Az lncRNS expressziójának mennyiségi meghatározása – klaszterezés
Az lncRNS célgének dúsítása
mRNS és lncRNS együttes pozícióanalízise – Circos diagram (a középső kör az mRNS, a belső kör pedig az lncRNS)
Fedezze fel a BMKGene lncRNS szekvenálási szolgáltatásai által lehetővé tett fejlesztéseket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Ji, H. és munkatársai (2020) „Hidegstresszel kapcsolatos lncRNS-ek azonosítása, funkcionális predikciója és kulcsfontosságú lncRNS-ellenőrzése patkánymájban”,Tudományos jelentések2020 10:1, 10(1). szám, 1–14. o. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. és munkatársai (2021) „Integratív transzkriptomikai analízis feltárja egy CyHV-3-rezisztens pontytörzs immunmechanizmusát”,Az immunológia határterületei, 12, p. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ és munkatársai (2022) „Multi-omika integráción alapuló priorizálás versengő endogén RNS-szabályozó hálózatokban kissejtes tüdőrákban: molekuláris jellemzők és gyógyszerjelöltek”,Határok az onkológiában, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. és munkatársai (2020) „A Populus fotoszintézisét alátámasztó génkoexpressziós hálózat genetikai boncolása”,Növényi Biotechnológiai Folyóirat, 18(4). sz., 1015–1026. o. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. és munkatársai (2022) „Globális szabályozó hálózat a szabályozatlan génexpresszió és az abnormális metabolikus jelátvitel számára immunsejtekben a Graves-kór és a Hashimoto-pajzsmirigy-gyulladás mikrokörnyezetében”,Az immunológia határterületei, 13. o. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
