Metagenomikus szekvenálás (NGS)
A szolgáltatás előnyei
ØIzolálás és tenyésztés mentes a mikrobiális közösség profilalkotásához
ØNagy felbontás az alacsony abundanciájú fajok kimutatásában környezeti mintákban
ØA „meta-” gondolata minden biológiai jellemzőt integrál funkcionális szinten, fajszinten és génszinten, ami a valósághoz közelebb álló dinamikus szemléletet tükröz.
ØA BMK hatalmas tapasztalattal rendelkezik a különböző mintatípusokban, több mint 10 000 feldolgozott mintával.
Szolgáltatási specifikációk
| SzekvenálásFelület | Könyvtár | Javasolt adathozam | Becsült átfutási idő |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K címkék | 30 nap |
Bioinformatikai elemzések
üNyers adatok minőségének ellenőrzése
üMetagenom összeállítás
üNem redundáns génkészlet és annotáció
üFajdiverzitás-elemzés
üGenetikai funkciók sokféleségének elemzése
üCsoportközi elemzés
üAsszociációs elemzés kísérleti tényezőkkel szemben
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények:
MertDNS-kivonatok:
| Minta típusa | Összeg | Koncentráció | Tisztaság |
| DNS-kivonatok | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Környezeti mintákhoz:
| Minta típusa | Javasolt mintavételi eljárás |
| Talaj | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;A megmaradt fonnyadt anyagot el kell távolítani a felületről;Daráljon nagy darabokat és engedje át a 2 mm-es szűrőn;A minták aliquot része steril EP-csőbe vagy cyrotube-be foglalás céljából. |
| Ürülék | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot mintákat steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon. |
| Béltartalom | A mintákat aszeptikus körülmények között kell feldolgozni.Az összegyűjtött szövetet PBS-sel mossuk;Centrifugálja a PBS-t, és gyűjtse össze a csapadékot EP-csövekbe. |
| Iszap | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot iszapmintát steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon |
| Víztest | Korlátozott mennyiségű mikrobiális minta esetén, mint például csapvíz, kútvíz stb., Gyűjtsön össze legalább 1 l vizet, és engedje át 0,22 μm-es szűrőn, hogy a membránon dúsítsa a mikrobákat.Tárolja a membránt steril csőben. |
| Bőr | Óvatosan kaparja le a bőrfelületet steril vattacsomóval vagy sebészeti pengével, és helyezze steril csőbe. |
Javasolt mintaszállítás
Fagyassza le a mintákat folyékony nitrogénben 3-4 órára, és tárolja folyékony nitrogénben vagy -80 fokos hosszú távú foglalásig.Szárazjéggel történő mintaszállítás szükséges.
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
1.Hisztogram: Fajok megoszlása
2. Funkcionális gének a KEGG metabolikus útvonalakhoz annotálva
3.Hőtérkép: Differenciálfüggvények relatív génbőség alapján
4. A CARD antibiotikum rezisztencia gének körei
BMK tok
Antibiotikum rezisztencia gének és bakteriális kórokozók előfordulása a talaj-mangrove gyökér kontinuum mentén
Közzétett:Veszélyes anyagok folyóirata, 2021
Szekvenálási stratégia:
Anyagok: Mangrove gyökérrel kapcsolatos minták négy töredékének DNS-kivonata: nem ültetett talaj, rizoszféra, episzféra és endoszféra rekesz
Platform: Illumina HiSeq 2500
Célok: Metagenom
16S rRNS gén V3-V4 régió
Főbb eredmények
A mangrove facsemeték talaj-gyökér kontinuumán metagenomikus szekvenálást és metabarkódolási profilalkotást dolgoztunk fel, hogy tanulmányozzuk az antibiotikum rezisztencia gének (ARG) talajból a növényekbe való terjedését.A metagenomikus adatok azt mutatták, hogy az antibiotikum-rezisztencia gének 91,4%-a általánosan azonosítható mind a négy fent említett talajkompartmentben, ami folyamatos trendet mutat.A 16S rRNS amplikon szekvenálás 29 285 szekvenciát hozott létre, amelyek 346 fajt képviselnek.Az amplikon szekvenálással végzett fajprofilozással kombinálva ez a disszemináció függetlennek bizonyult a gyökér-asszociált mikrobiotától, azonban a genetikai elemek mobilitása elősegítheti.Ez a tanulmány azonosította az ARG-k és kórokozók áramlását a talajból a növényekbe az egymással összefüggő talaj-gyökér kontinuumon keresztül.
Referencia
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. és Shu, L..(2020).Antibiotikum rezisztencia gének és bakteriális kórokozók előfordulása a talaj-mangrove gyökér kontinuum mentén.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
