●Izolálás és tenyésztésmentes módszer a mikrobiális közösségek profilalkotására: Nem tenyészthető szervezetekből származó genetikai anyag szekvenálásának lehetővé tétele.
●Nagy felbontású: Alacsony egyedszámú fajok kimutatása a környezeti mintákban.
●Átfogó bioinformatikai elemzés:Nemcsak a taxonómiai sokszínűségre, hanem a közösség funkcionális sokszínűségére is összpontosított.
●Széleskörű tapasztalat:A különböző kutatási területeken több metagenomikai projekt sikeres lezárása és több mint 200 000 minta feldolgozása terén szerzett tapasztalattal csapatunk rengeteg tapasztalatot hoz minden projektbe.
Szekvenáló platform | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
Illumina NovaSeq vagy DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Koncentráció (ng/µL) | Teljes összeg (ng) | Térfogat (µL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Talaj/iszap: 2-3g
● Béltartalom-állat: 0,5-2g
● Béltartalom-rovar: 0,1-0,25g
● Növényfelület (dúsított üledék): 0,5-1g
● Erjesztőlével dúsított üledék): 0,2-0,5 g
● Széklet (nagy állatok): 0,5-2g
● Széklet (egér): 3-5 szem
● Pulmonalis alveoláris mosófolyadék: szűrőpapír
● Hüvelytampon: 5-6 tampon
● Bőr/genitális tampon/nyál/száj lágyrész/garat tampon/végbéltampon: 2-3 tampon
● Felszíni mikroorganizmus: 5-6 tampon
● Víztest/levegő/biofilm: szűrőpapír
● Endofiták: 2-3g
● Fogplakk: 0,5-1g
A következő elemzést tartalmazza:
● Sorrendű adatminőség-ellenőrzés
● Metagenom összeállítás és gén-előrejelzés
● Gén annotáció
● Taxonómiai alfa-diverzitás-elemzés
● A közösség funkcionális elemzése: biológiai funkció, metabolikus, antibiotikum rezisztencia
● A funkcionális és a taxonómiai sokféleség elemzése:
Béta diverzitáselemzés
Csoportközi elemzés
Korrelációelemzés: a környezeti tényezők és az OUT összetétele és diverzitása között
Funkcionális elemzés: CARD antibiotikum rezisztencia
A KEGG metabolikus utak differenciálanalízise: a szignifikáns útvonalak hőtérképe
A taxonómiai eloszlás alfa-diverzitása: ACE index
A taxonómiai eloszlás béta változatossága: PCoA
Fedezze fel a BMKGene metagenom szekvenálási szolgáltatásai által az Illumina segítségével végzett fejlesztéseket egy válogatott kiadványgyűjtemény segítségével.
Hai, Q. et al. (2023) „A fertőző hematopoietikus nekrózis vírussal fertőzött szivárványos pisztráng (Oncorhynchus mykiss) béltartalmának változásának metagenomikai és metabolomikai elemzése különböző tenyészvíz-hőmérsékleten”,A mikrobiológia határai, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) „Mikrobaközösségek, rezisztencia gének és rezisztóm kockázatok különböző trofikus állapotú városi tavakban: belső kapcsolatok és külső hatások”,Journal of Hazardous Materials Advances, 9. o. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) „Metagenómiai elemzés kimutatta a báránybendő folyadékkal összefüggő és szilárd anyaggal összefüggő mikroorganizmusainak összetételében és működésében mutatkozó különbségeket”,A mikrobiológia határai, 13. o. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) „Az elhízott Ningxiang sertésekből származó mikrobiota újraindítja a karnitin anyagcserét, hogy elősegítse az izom zsírsavak lerakódását sovány DLY sertésekben”,Az innováció, 4. (5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) „Metagenómiai betekintés a reprezentatív biológiai/nem lebomló műanyagok és nem műanyag törmelékek lehetséges kockázataiba a kínai Haihe-torkolat felső és alsó szakaszán”,A teljes környezet tudománya, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.