Metagenomikus szekvenálás -NGS
A metagenom egy vegyes organizmusközösség – például környezeti és emberi metagenomok – teljes genetikai anyagának gyűjteménye. Tenyészthető és nem tenyészthető mikroorganizmusok genomjait egyaránt tartalmazza. A sörétes metagenomikus szekvenálás az NGS segítségével lehetővé teszi ezen bonyolult genomi tájak környezeti mintákba ágyazott tanulmányozását azáltal, hogy a taxonómiai profilalkotásnál többet nyújt, és részletes betekintést nyújt a fajok sokféleségébe, abundancia dinamikájába és az összetett populációs struktúrákba. A taxonómiai vizsgálatokon túl a shotgun metagenomics funkcionális genomikai perspektívát is kínál, lehetővé téve a kódolt gének és az ökológiai folyamatokban betöltött feltételezett szerepük feltárását. Végül a genetikai elemek és a környezeti tényezők közötti korrelációs hálózatok létrehozása hozzájárul a mikrobiális közösségek és ökológiai hátterük közötti bonyolult kölcsönhatás holisztikus megértéséhez. Összefoglalva, a metagenomikus szekvenálás kulcsfontosságú eszköz a különféle mikrobiális közösségek genomikai bonyolultságának feltárásához, megvilágítva a genetika és az ökológia közötti sokrétű kapcsolatokat ezeken az összetett ökoszisztémákon belül.
Platformok: Illumina NovaSeq és DNBSEQ-T7
Szolgáltatás előnyei
●Izolálás és tenyésztésmentes módszer a mikrobiális közösségek profilalkotására: Nem tenyészthető szervezetekből származó genetikai anyag szekvenálásának lehetővé tétele.
●Nagy felbontású: Alacsony egyedszámú fajok kimutatása a környezeti mintákban.
●Átfogó bioinformatikai elemzés:Nemcsak a taxonómiai sokszínűségre, hanem a közösség funkcionális sokszínűségére is összpontosított.
●Széleskörű tapasztalat:A különböző kutatási területeken több metagenomikai projekt sikeres lezárása és több mint 200 000 minta feldolgozása terén szerzett tapasztalattal csapatunk rengeteg tapasztalatot hoz minden projektbe.
Szolgáltatási specifikációk
| Szekvenáló platform | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| Illumina NovaSeq vagy DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Szolgáltatási követelmények
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes összeg (ng) | Térfogat (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Talaj/iszap: 2-3g
● Béltartalom-állat: 0,5-2g
● Béltartalom-rovar: 0,1-0,25g
● Növényfelület (dúsított üledék): 0,5-1g
● Erjesztőlével dúsított üledék): 0,2-0,5 g
● Széklet (nagy állatok): 0,5-2g
● Széklet (egér): 3-5 szem
● Pulmonalis alveoláris mosófolyadék: szűrőpapír
● Hüvelytampon: 5-6 tampon
● Bőr/genitális tampon/nyál/száj lágyrész/garat tampon/végbéltampon: 2-3 tampon
● Felszíni mikroorganizmus: 5-6 tampon
● Víztest/levegő/biofilm: szűrőpapír
● Endofiták: 2-3g
● Fogplakk: 0,5-1g
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A következő elemzést tartalmazza:
● Sorrendű adatminőség-ellenőrzés
● Metagenom összeállítás és gén-előrejelzés
● Gén annotáció
● Taxonómiai alfa-diverzitás-elemzés
● A közösség funkcionális elemzése: biológiai funkció, metabolikus, antibiotikum rezisztencia
● A funkcionális és a taxonómiai sokféleség elemzése:
Béta diverzitáselemzés
Csoportközi elemzés
Korrelációelemzés: a környezeti tényezők és az OUT összetétele és diverzitása között
Funkcionális elemzés: CARD antibiotikum rezisztencia
A KEGG metabolikus utak differenciálanalízise: a szignifikáns útvonalak hőtérképe
A taxonómiai eloszlás alfa-diverzitása: ACE index
A taxonómiai eloszlás béta változatossága: PCoA
Fedezze fel a BMKGene metagenom szekvenálási szolgáltatásai által az Illumina segítségével végzett fejlesztéseket egy válogatott kiadványgyűjtemény segítségével.
Hai, Q. et al. (2023) „A fertőző hematopoietikus nekrózis vírussal fertőzött szivárványos pisztráng (Oncorhynchus mykiss) béltartalmának változásának metagenomikai és metabolomikai elemzése különböző tenyészvíz-hőmérsékleten”,A mikrobiológia határai, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) „Mikrobaközösségek, rezisztencia gének és rezisztóm kockázatok különböző trofikus állapotú városi tavakban: belső kapcsolatok és külső hatások”,Journal of Hazardous Materials Advances, 9. o. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) „Metagenómiai elemzés kimutatta a báránybendő folyadékkal összefüggő és szilárd anyaggal összefüggő mikroorganizmusainak összetételében és működésében mutatkozó különbségeket”,A mikrobiológia határai, 13. o. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) „Az elhízott Ningxiang sertésekből származó mikrobiota újraindítja a karnitin anyagcserét, hogy elősegítse az izom zsírsavak lerakódását sovány DLY sertésekben”,Az innováció, 4. (5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) „Metagenómiai betekintés a reprezentatív biológiai/nem lebomló műanyagok és nem műanyag törmelékek lehetséges kockázataiba a kínai Haihe-torkolat felső és alsó szakaszán”,A teljes környezet tudománya, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
