Metagenomikus szekvenálás-nanopórus
Szolgáltatás előnyei
● Kiváló minőségű összeszerelés – A fajok azonosításának és a funkcionális gén-előrejelzés pontosságának növelése
● Zárt bakteriális genom izolálása
● Erőteljesebb és megbízhatóbb alkalmazás sokféle területen, pl. patogén mikroorganizmusok vagy antibiotikum rezisztenciával kapcsolatos gének kimutatása
● Összehasonlító metagenom elemzés
Szolgáltatási specifikációk
| Felület | Szekvenálás | Ajánlott adatok | Átfutási idő |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 munkanap |
Bioinformatikai elemzések
● Nyers adatok minőségének ellenőrzése
● Metagenom összeállítás
● Nem redundáns génkészlet és annotáció
● Fajdiverzitás-elemzés
● Genetikai funkciók sokféleségének elemzése
● Csoportközi elemzés
● Asszociációs elemzés kísérleti tényezőkkel
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények:
MertDNS-kivonatok:
| Minta típusa | Összeg | Koncentráció | Tisztaság |
| DNS-kivonatok | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280 = 1,6-2,5 |
Környezeti mintákhoz:
| Minta típusa | Javasolt mintavételi eljárás |
| Talaj | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;A megmaradt fonnyadt anyagot el kell távolítani a felületről;Daráljon nagy darabokat és engedje át a 2 mm-es szűrőn;A minták aliquot része steril EP-csőbe vagy cyrotube-be foglalás céljából. |
| Ürülék | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot mintákat steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon. |
| Béltartalom | A mintákat aszeptikus körülmények között kell feldolgozni.Az összegyűjtött szövetet PBS-sel mossuk;Centrifugálja a PBS-t, és gyűjtse össze a csapadékot EP-csövekbe. |
| Iszap | Mintavételi mennyiség: kb.5 g;Gyűjtse össze és aliquot iszapmintát steril EP-csőbe vagy kriocsőbe foglaljon |
| Víztest | Korlátozott mennyiségű mikrobiális minta esetén, mint például csapvíz, kútvíz stb., Gyűjtsön össze legalább 1 l vizet, és engedje át 0,22 μm-es szűrőn, hogy a membránon dúsítsa a mikrobákat.Tárolja a membránt steril csőben. |
| Bőr | Óvatosan kaparja le a bőrfelületet steril vattacsomóval vagy sebészeti pengével, és helyezze steril csőbe. |
Javasolt mintaszállítás
Fagyassza le a mintákat folyékony nitrogénben 3-4 órára, és tárolja folyékony nitrogénben vagy -80 fokos hosszú távú foglalásig.Szárazjéggel történő mintaszállítás szükséges.
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
1.Hőtérkép: Fajgazdagsági klaszterezés
2. Funkcionális gének a KEGG metabolikus útvonalakhoz annotálva
3. Fajkorrelációs hálózat
4. A CARD antibiotikum rezisztencia gének körei
BMK tok
A nanopórus metagenomika lehetővé teszi a bakteriális alsó légúti fertőzések gyors klinikai diagnosztizálását
Közzétett:Természet Biotechnológia, 2019
Technikai kiemelések
Sorrend: Nanopore MinION
Klinikai metagenomikai bioinformatika: Gazda DNS kimerülése, WIMP és ARMA elemzés
Gyors felismerés: 6 óra
Nagy érzékenység: 96,6%
Főbb eredmények
2006-ban az alsó légúti fertőzés (LR) 3 millió ember halálát okozta világszerte.Az LR1 kórokozó kimutatásának tipikus módszere a tenyésztés, amely gyenge érzékenységgel, hosszú átfutási idővel rendelkezik, és hiányzik a korai antibiotikum terápia iránymutatása.A gyors és pontos mikrobiális diagnózis már régóta sürgető igény.Dr. Justin, a University of East Anglia és partnerei sikeresen kifejlesztettek egy nanopor-alapú metagenomikus módszert a kórokozók kimutatására.Munkafolyamatuk szerint a gazda DNS-ének 99,99%-a kimeríthető.A kórokozók és antibiotikum-rezisztens gének kimutatása 6 óra alatt befejezhető.
Referencia
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. és O'Grady, J..(2019).A nanopórus metagenomika lehetővé teszi a bakteriális alsó légúti fertőzések gyors klinikai diagnosztizálását.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
