Nem referencia alapú mRNS szekvenálás-NGS
Jellemzők
● Poli mRNS begyűjtése a könyvtár előkészítése előtt
● Független bármely referencia genomtól: a transzkriptumok de novo összeállításán alapul, unigének listáját generálja, amelyeket több adatbázissal (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) annotálnak
● A génexpresszió és a transzkriptumszerkezet átfogó bioinformatikai elemzése
Szolgáltatás előnyei
●Kiterjedt szakértelemA BMKGENE-nél több mint 600 000 minta feldolgozásának eddigi eredményeivel rendelkezünk, amelyek változatos mintatípusokat, például sejtkultúrákat, szöveteket és testnedveket ölelnek fel, így csapatunk minden projekthez rengeteg tapasztalattal rendelkezik. Több mint 100 000 mRNS-szekvenálási projektet zártunk le sikeresen különböző kutatási területeken.
●Szigorú minőségellenőrzésAlapvető ellenőrzési pontokat alkalmazunk minden szakaszban, a minta- és könyvtárelőkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Ez a aprólékos monitorozás biztosítja az eredmények következetesen kiváló minőségét.
● Átfogó jegyzetekTöbb adatbázist használunk a differenciálisan expresszált gének (DEG) funkcionális annotálására és a megfelelő dúsulási analízis elvégzésére, betekintést nyújtva a transzkriptomválasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba.
●Értékesítés utáni támogatásElkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is kiterjed, 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdések és válaszok megválaszolását kínáljuk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolására.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| Poli A-dúsított | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Koncentráció (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | Növények esetében: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy sziromlevél: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy bélrendszer: 300 mg
Zsigeri szervek vagy agy: 240 mg
Izom: 450 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1 g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 6g
Rákfélék: 300 mg
● Teljes vér1 cső
● Sejtek: 106 sejtek
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (Alufólia használata nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoportosítás+replikátum, pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zacskókba kell csomagolni és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-mintákat RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) lehet szárítani és szobahőmérsékleten szállítani.
Szolgáltatási munkafolyamat
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
Transzkriptom-összeállítás és unigén szelekció
Unigene annotáció
Minta korreláció és biológiai replikátumok értékelése
Differenciálisan expresszált gének (DEG-ek)
A differenciálódás-függőségek (DEG-ek) funkcionális annotációja
A differenciálódott gének funkcionális gazdagítása
Fedezze fel a BMKGene eukarióta NGS mRNS szekvenálási szolgáltatásai által lehetővé tett fejlesztéseket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Shen, F. és munkatársai (2020) „De novo transzkriptom-összeszerelődés és nemileg elfogult génexpresszió az amur harcsa (Silurus asotus) ivarmirigyeiben”, Genomics, 112(3), 2603–2614. o. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) „A szacharóz-anyagcsere transzkriptomanalízise a hagyma (Allium cepa L.) duzzanata és fejlődése során”, Frontiers in Plant Science, 7(szeptember), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. és munkatársai (2017) „A Sarcocheilichthys sinensis transzkriptómájának de novo összeszerelése, jellemzése és annotációja”, PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. és munkatársai (2021) „A de novo transzkriptom elemzés betekintést nyújt a Podocarpus macrophyllus sótűrő képességébe sóstressz alatt”, BMC Plant Biology, 21(1), 1–17. o. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
