PacBio 2+3 teljes hosszúságú mRNS oldat
Jellemzők
● Tanulmányterv:
A transzkript izoformák azonosítása érdekében PacBio-val szekvenálták az összegyűjtött mintát
Külön minták (ismétlések és tesztelendő körülmények) szekvenálvaNGS a transzkriptum expressziójának számszerűsítésére
● PacBio szekvenálás CCS módban, HiFi leolvasások generálása
● A teljes hosszúságú átiratok szekvenálása
● Az elemzéshez nincs szükség referencia genomra, azonban alkalmazható
● A bioinformatikai elemzés nemcsak a gén- és izoformaszintű expressziót foglalja magában, hanem az lncRNS, a génfúziók, a poliadeniláció és a génszerkezet elemzését is.
Előnyök
● Nagy pontosságHiFi leolvasási pontosság >99,9% (Q30), összehasonlítható az NGS-szel
● Alternatív illesztési elemzésAz összes transzkriptum szekvenálása lehetővé teszi az izoformák azonosítását és jellemzését.
● A PacBio és az NGS erősségeinek kombinációjaLehetővé teszi az expresszió kvantifikálását izoforma szinten, feltárva azokat a változásokat, amelyek a teljes génexpresszió elemzése során elfedhetők.
● Kiterjedt szakértelemTöbb mint 2300 mintát dolgoztunk fel, csapatunk minden projekthez rengeteg tapasztalattal rendelkezik.
● Értékesítés utáni támogatásElkötelezettségünk a projekt befejezésén túl is kiterjed, 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdések és válaszok megválaszolását kínáljuk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolására.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőségellenőrzés |
| PolyA-dúsított mRNS CCS könyvtár | PacBio folytatás II PacBio Revio | 20/40 GB 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A-dúsított | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotidok
|
| Koncentráció (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| Illumina Könyvtár | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | Növények esetében: RIN≥4,0; Állatok esetében: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
| PacBio könyvtár | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | Növények: RIN≥7.5 Állatok: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (Alufólia használata nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoportosítás+replikátum, pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég:A mintákat zacskókba kell csomagolni és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-mintákat RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) lehet szárítani és szobahőmérsékleten szállítani.
A következő elemzést tartalmazza:
- Nyers adatok
- Minőségellenőrzés
- Alternatív poliadenilációs analízis (APA)
- Fúziós transzkriptum elemzés
- Alternatív illesztési elemzés
- Az univerzális egypéldányos ortológok (BUSCO) elemzésének összehasonlító elemzése
- Új transzkriptumanalízis: kódoló szekvenciák (CDS) predikciója és funkcionális annotáció
- lncRNS-analízis: az lncRNS és a célpontok predikciója
- Mikroműhold azonosítás (SSR)
- Differenciálisan expresszált transzkriptumok (DET) elemzése
- Differenciálisan expresszált gének (DEG) elemzése
- DEG-ek és DET-ek funkcionális annotációja
BUSCO elemzés
Alternatív illesztési elemzés
Alternatív poliadenilációs analízis (APA)
Differenciálisan expresszált gének (DEG-ek) és transzkriptumok (DET9 elemzés)
DET-ek és DEG-ek fehérje-fehérje interakciós hálózatai
Fedezze fel a BMKGene PacBio 2+3 teljes hosszúságú mRNS szekvenálása által lehetővé tett fejlesztéseket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Chao, Q. és munkatársai (2019) „A Populus törzs transzkriptomjának fejlődési dinamikája”,Növényi Biotechnológiai Folyóirat, 17(1). sz., 206–219. o. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. és munkatársai (2022) „Az aszkorbinsavtartalom dinamikus változásai az Actinidia latifolia (egy aszkorbátban gazdag gyümölcstermés) termésfejlődése és érése során, valamint a kapcsolódó molekuláris mechanizmusok”,Nemzetközi Molekuláris Tudományok Folyóirata, 23. (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. és munkatársai (2022) „A bioaktív polifillinekben részt vevő bioszintetikus útvonalgének hatékony predikciója a Paris polyphylla fajokban”,Kommunikációs biológia2022 5:1, 5(1). szám, 1–10. oldal. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. és munkatársai (2023) „A Tuta absoluta (Meyrick) transzkriptom és a citokróm P450 gének kombinált PacBio Iso-Seq és Illumina RNS-szekvenálási elemzése”,Rovarok, 14(4). sz., 363. o. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun és munkatársai (2019) „A transzkriptom komplexitásának felmérése PacBio egymolekulás valós idejű elemzéssel és Illumina RNS szekvenálással kombinálva a ricinolsav bioszintézisének jobb megértése érdekében a Ricinus communisban”,BMC Genomics, 20(1). sz., 1–17. o. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ÁBRÁK/7.
