Növényi/állati de Novo genom szekvenálás
Szolgáltatás előnyei
Szekvenáló platformok és bioinformatika fejlesztése inde novogenom összeállítás
(Amarasinghe SL et al.,Genombiológia, 2020)
● Új genomok létrehozása és meglévő referenciagenomok fejlesztése az érdeklődésre számot tartó fajok számára.
● Nagyobb pontosság, folytonosság és teljesség az összeszerelésben
● Alapvető forrás létrehozása a szekvenciapolimorfizmus, QTL-ek, génszerkesztés, nemesítés stb. kutatásához.
● A harmadik generációs szekvenáló platformok teljes spektrumával felszerelve: egyablakos genom-összeállítási megoldás
● Rugalmas szekvenálási és összeállítási stratégiák, amelyek különböző tulajdonságokkal rendelkező, változatos genomokat teljesítenek
● Magasan képzett bioinformatikus csapat nagy tapasztalattal komplex genom-összeállításokban, beleértve a poliploidokat, óriás genomokat stb.
● Több mint 100 sikeres eset 900 feletti összesített közzétett impakt faktorral
● Akár 3 hónapos átfutási idő a kromoszóma szintű genom összeállításához.
● Szilárd műszaki támogatás számos szabadalommal és szoftver szerzői joggal mind a kísérleti oldalon, mind a bioinformatikában.
Szolgáltatási specifikációk
|
Tartalom
|
Felület
|
Olvassa el a hosszat
|
Lefedettség
|
| Genomfelmérés
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genom szekvenálás
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi olvasás
| ≥ 30X
|
| Sziasztok
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Munkafolyamat
Mintakövetelmények és szállítás
Mintakövetelmények:
| Faj | Szövet | PacBio számára | Nanopore számára |
| Állatok | Viscerális szervek (máj, lép stb.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Izom | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Emlősök vére | ≥ 1,5 ml | ≥ 5,0 ml | |
| Halak vagy madarak vére | ≥ 0,2 ml | ≥ 0,5 ml | |
| Növények | Friss levelek | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Szirom vagy szár | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Gyökerek vagy magvak | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Sejtek | Sejttenyésztés | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
A legtöbb minta esetében azt javasoljuk, hogy ne tárolja etanolban.
Mintacímkézés: A mintákat egyértelműen fel kell címkézni, és meg kell egyeznie a benyújtott mintainformációs űrlappal.
Szállítás: Szárazjég: A mintákat először zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
DNS kivonás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
*Az itt látható bemutató eredmények mind a Biomarker Technologies által közzétett genomokból származnak
1.Circos on kromoszóma szintű genom összeállításG. rotundifoliuma Nanopore szekvenáló platform által
Wang M et al.,Molekuláris biológia és evolúció, 2021
2. A Weining rozs genom összeállításának és annotációjának statisztikája
Li G és munkatársai,Természetgenetika, 2021
3.Gén előrejelzéseSechium edulegenom, három előrejelzési módszerből származik:De novoelőrejelzés, homológia alapú előrejelzés és RNA-Seq adatalapú előrejelzés
Fu A et al.,Kertészeti Kutatás, 2021
4. Intakt hosszú terminális ismétlődések azonosítása három pamut genomban
Wang M et al.,Molekuláris biológia és evolúció, 2021
5.Hi-C hőtérkép aC. acuminatagenom, amely az egész genomra kiterjedő, mindenre kiterjedő interakciókat mutat.A Hi-C kölcsönhatások intenzitása arányos a kontigok közötti lineáris távolsággal.A tiszta egyenes vonal ezen a hőtérképen a kontigek rendkívül pontos rögzítését jelzi a kromoszómákon.(Kontig horgonyzási arány: 96,03%)
Kang M et al.,Természeti kommunikáció,2021
BMK tok
A kiváló minőségű genom összeállítás kiemeli a rozs genomikai jellemzőit és agronómiailag fontos géneket
Közzétett: Természetgenetika, 2021
Szekvenálási stratégia:
Genom összeállítás: PacBio CLR mód 20 kb könyvtárral (497 Gb, kb. 63×)
Szekvencia korrekció: NGS 270 bp DNS-könyvtárral (430 Gb, kb. 54×) Illumina platformon
Kiegészítők rögzítése: Hi-C könyvtár (560 Gb, kb. 71×) Illumina platformon
Optikai térkép: (779,55 Gb, kb. 99×) a Bionano Irysen
Főbb eredmények
1. Weining rozs genom összeállítását publikálták 7,74 Gb teljes genommérettel (az áramlási citometriával becsült genomméret 98,74%-a).Ennek az összeállításnak az N50 állványa 1,04 Gb-ot ért el.A kontigek 93,67%-a sikeresen lehorgonyzott 7 pszeudokromoszómán.Ezt az összeállítást a linkage map, a LAI és a BUSCO értékelte, ami minden értékelésben magas pontszámot eredményezett.
2. A genom alapján további összehasonlító genomikai, genetikai kapcsolódási térképi, transzkriptomikai vizsgálatokat végeztünk.Egy sor tulajdonsággal összefüggő genomikai jellemzőt fedeztek fel, beleértve a genomszintű génduplikációkat és ezek hatását a keményítő bioszintézis génjére;komplex prolamin lókuszok fizikai szerveződése, génexpressziós jellemzők a korai fejjellemzők hátterében, valamint a feltételezett háziasításhoz kapcsolódó kromoszóma régiók és lókuszok rozsban.
 Circos diagram a Weining rozs genom genomikai jellemzőiről |  A rozs genom evolúciós és kromoszómaszinténiás analízise |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.A kiváló minőségű genom összeállítás kiemeli a rozs genomikai jellemzőit és agronómiailag fontos géneket.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
