-
PacBio-Teljes hosszúságú 16S/18S/ITS amplikon szekvenálás
Az Amplicon (16S/18S/ITS) platformot a mikrobiális diverzitás projektelemzésében szerzett sokéves tapasztalattal fejlesztették ki, amely szabványosított alapelemzést és személyre szabott elemzést is tartalmaz: az alapelemzés lefedi a jelenlegi mikrobiális kutatások főáramú elemzési tartalmát, az elemzési tartalom gazdag és átfogó, az elemzési eredményeket pedig projektjelentések formájában mutatják be; A személyre szabott elemzés tartalma változatos. A minták kiválaszthatók, és a paraméterek rugalmasan beállíthatók az alapvető elemzési jelentésnek és a kutatási célnak megfelelően, a személyre szabott igények megvalósítása érdekében. Windows operációs rendszer, egyszerű és gyors.
-
PacBio-Teljes hosszúságú transzkriptom (nem referencia)
A Pacific Biosciences (PacBio) izoform szekvenálási adatait bemenetként használva ez az alkalmazás képes teljes hosszúságú transzkript szekvenciák azonosítására (összeszerelés nélkül). A teljes hosszúságú szekvenciák referencia genomhoz való leképezésével a transzkriptumok optimalizálhatók ismert gének, transzkriptumok, kódoló régiók stb. alapján. Ebben az esetben az mRNS struktúrák pontosabb azonosítása, például az alternatív splicing stb. érhető el. Az NGS transzkriptom szekvenálási adataival való együttes elemzés átfogóbb annotációt és pontosabb kvantifikációt tesz lehetővé az expresszióban transzkriptum szinten, ami nagymértékben előnyös a downstream differenciális expresszió és funkcionális elemzés szempontjából.
-
Eszközkészletek
A BMKCloud egy vezető bioinformatikai platform, amely teljes körű megoldást kínál a genomikai programokhoz, és amelyben széles körben megbíznak a kutatók számos területen, beleértve az orvosi, mezőgazdasági, környezetvédelmi stb. területet. A BMKCloud elkötelezett az integrált, megbízható és hatékony szolgáltatások nyújtása iránt, beleértve a bioinformatikai elemző platformokat és eszközöket, számítástechnikai erőforrásokat, nyilvános adatbázisokat, bioinformatikai online kurzusokat stb. A BMKCloud számos gyakran használt bioinformatikai eszközzel rendelkezik, beleértve a génannotációt, az evolúciós genetikai eszközöket, az ncRNS-t, az adatminőség-ellenőrzést, az összeállítást, az igazítást, az adatkinyerést, a mutációkat, a statisztikákat, az ábragenerátort, a szekvenciaelemzést stb.
-
kis RNS
A kis RNS-ek rövid, nem kódoló RNS-ek, átlagosan 18-30 nt hosszúsággal, beleértve a miRNA-t, az siRNA-t és a piRNS-t. Ezekről a kis RNS-ekről tömegesen számoltak be, hogy részt vesznek különféle biológiai folyamatokban, mint például az mRNS lebontása, a transzláció gátlása, a heterokromatin képződése stb. A kis RNS szekvenálási analízisét széles körben alkalmazzák az állati/növényi fejlődéssel, betegségekkel, vírusokkal stb. kapcsolatos vizsgálatokban. A kis RNS szekvenálási elemző platform standard analízisből és fejlett adatbányászatból áll. Az RNS-szekvenálási adatok alapján a standard analízis lehetővé teszi a miRNA azonosítását és predikcióját, a miRNA célgén predikcióját, annotációját és expressziós elemzését. A fejlett analízis lehetővé teszi a testreszabott miRNA keresést és kinyerést, Venn-diagram generálását, valamint a miRNA és célgén hálózatépítést.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
Az NGS-WGS egy teljes genom újraszekvenálási elemző platform, amelyet a Biomarker Technologies gazdag tapasztalataira fejlesztettek ki. Ez a könnyen használható platform lehetővé teszi egy integrált elemzési munkafolyamat gyors benyújtását néhány alapvető paraméter beállításával, amelyek illeszkednek mind az Illumina platformról, mind a BGI szekvenálási platformról generált DNS-szekvenálási adatokhoz. Ez a platform nagy teljesítményű számítástechnikai szerveren fut, amely lehetővé teszi a rendkívül hatékony adatelemzést nagyon korlátozott idő alatt. Személyre szabott adatbányászat érhető el a standard elemzések alapján, beleértve a mutált gén lekérdezését, a PCR primer tervezését stb.
-
mRNS (Referencia)
A transzkriptom a genomiális genetikai információ és a biológiai funkció proteomja közötti kapocs. A transzkripciós szintű szabályozás az élőlények legfontosabb és legszélesebb körben vizsgált szabályozási módja. A transzkriptom szekvenálása a transzkriptomot bármikor és bármilyen körülmények között képes szekvenálni, egyetlen nukleotid pontosságú felbontással. Dinamikusan tükrözi a géntranszkripció szintjét, egyidejűleg azonosítja és számszerűsíti a ritka és a normál transzkriptumokat, és szerkezeti információkat szolgáltat a minta-specifikus transzkriptumokról.
Jelenleg a transzkriptom szekvenálási technológiát széles körben alkalmazzák az agronómiában, az orvostudományban és más kutatási területeken, beleértve az állat- és növényfejlődés szabályozását, a környezeti adaptációt, az immun kölcsönhatást, a gén lokalizációját, a fajok genetikai evolúcióját, valamint a tumor- és genetikai betegségek kimutatását.
-
Metagenomika (NGS)
Ez az elemzőplatform a több éves tapasztalat alapján a gyors metagenomikai adatelemzésre készült. Integrált munkafolyamatot tartalmaz, amely a gyakran szükséges metagenomikai elemzések széles skáláját tartalmazza, beleértve az adatfeldolgozást, a fajszintű vizsgálatokat, a génfunkció-szintű vizsgálatokat, a metagenom binninget stb. Ezenkívül a standard elemzési munkafolyamathoz testreszabott adatbányászati eszközök is elérhetők, beleértve a gén- és fajlekérdezést, a paraméterek beállítását, a személyre szabott ábragenerálást stb.
-
LncRNS
A hosszú, nem kódoló RNS-ek (lncRNS-ek) egy 200 nt-nál hosszabb transzkriptumok, amelyek nem képesek fehérjéket kódolni. Az összegyűjtött bizonyítékok arra utalnak, hogy a legtöbb lncRNS nagy valószínűséggel funkcionális. A nagy áteresztőképességű szekvenálási technológiák és a bioinformatikai elemzőeszközök lehetővé teszik számunkra, hogy hatékonyabban feltárjuk az lncRNS-szekvenciákat és a pozicionálási információkat, és elvezetnek a kulcsfontosságú szabályozó funkciókkal rendelkező lncRNS-ek felfedezéséhez. A BMKCloud büszke arra, hogy ügyfeleinek lncRNS szekvenálási elemző platformot biztosít a gyors, megbízható és rugalmas lncRNS-elemzés eléréséhez.
-
GWAS
A genomszintű asszociációs vizsgálat (GWAS) célja olyan genetikai variánsok (genotípus) azonosítása, amelyek specifikus tulajdonságokkal (fenotípus) összefüggésben állnak. A GWA vizsgálatok nagyszámú egyed teljes genomján vizsgálják a genetikai markereket, és populációs szintű statisztikai elemzéssel jósolják meg a genotípus-fenotípus kapcsolatokat. A teljes genom újraszekvenálása potenciálisan az összes genetikai variánst feltárhatja. A fenotípusos adatokkal összekapcsolva a GWAS feldolgozható a fenotípussal kapcsolatos SNP-k, QTL-ek és jelöltgének azonosítására, ami határozottan alátámasztja a modern állat-/növénynemesítést. Az SLAF egy saját fejlesztésű egyszerűsített genomszekvenálási stratégia, amely genomszintű elosztott markereket, SNP-ket fedez fel. Ezek az SNP-k, mint molekuláris genetikai markerek, feldolgozhatók célzott tulajdonságokkal rendelkező asszociációs vizsgálatokhoz. Ez egy költséghatékony stratégia a komplex tulajdonságokhoz kapcsolódó genetikai variációk azonosításában.
-
Nanopórusos teljes hosszúságú transzkriptomika
Az élőlényekben található komplex és variábilis alternatív izoformák fontos genetikai mechanizmusok a génexpresszió és a fehérje-diverzitás szabályozásában. A transzkriptumstruktúrák pontos azonosítása az alapja a génexpresszió szabályozási mintázatainak mélyreható tanulmányozásának. A Nanopore szekvenálási platform sikeresen eljuttatta a transzkriptomikai vizsgálatokat az izoformák szintjére. Ez az elemző platform a Nanopore platformon generált RNS-szekvenálási adatok referencia genom alapján történő elemzésére szolgál, amely kvalitatív és kvantitatív elemzéseket tesz lehetővé mind gén-, mind transzkriptumszinten.
-
cirk-RNS
A cirkuláris RNS (cirkRNS) egy nem kódoló RNS-típus, amelyről nemrégiben kiderült, hogy létfontosságú szerepet játszik a fejlődésben, a környezeti rezisztenciában stb. részt vevő szabályozó hálózatokban. A lineáris RNS-molekuláktól, pl. az mRNS-től és az lncRNS-től eltérően a cirkRNS 3' és 5' végei össze vannak kapcsolva, hogy körkörös szerkezetet képezzenek, ami megvédi őket az exonukleázok emésztésétől, és stabilabbak, mint a legtöbb lineáris RNS. A cirkRNS-ről kimutatták, hogy változatos funkciókat látnak el a génexpresszió szabályozásában. A cirkRNS ceRNS-ként működhet, amely kompetitíven kötődik a miRNS-hez, miRNS szivacsként ismert. A cirkRNS szekvenálási elemző platform lehetővé teszi a cirkRNS szerkezetének és expressziójának elemzését, a célpontok predikcióját és más típusú RNS-molekulákkal való együttes elemzést.
-
Testfelület
A Bulked Segregant Analysis platform egylépéses standard elemzésből és testreszabott paraméterbeállításokkal rendelkező fejlett elemzésből áll. A BSA egy olyan technika, amelyet a fenotípushoz kapcsolódó genetikai markerek gyors azonosítására használnak. A BSA fő munkafolyamata a következőket tartalmazza: 1. két, rendkívül ellentétes fenotípusú egyedcsoport kiválasztása; 2. az összes egyed DNS-ének, RNS-ének vagy SLAF-szekvenálásának (a Biomarker fejlesztette ki) összevonása két DNS-csoport létrehozásához; 3. differenciális szekvenciák azonosítása a referencia genomhoz képest vagy a kettő között; 4. jelölt kapcsolt régiók előrejelzése ED és SNP-index algoritmussal; 5. Funkcionális elemzés és dúsítás a jelölt régiókban lévő géneken stb. Fejlettebb adatbányászat is elérhető, beleértve a genetikai markerek szűrését és a primertervezést.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Az Amplicon (16S/18S/ITS) platformot a mikrobiális diverzitás projektelemzésében szerzett sokéves tapasztalattal fejlesztették ki, amely szabványosított alapelemzést és személyre szabott elemzést is tartalmaz: az alapelemzés lefedi a jelenlegi mikrobiális kutatások főáramú elemzési tartalmát, az elemzési tartalom gazdag és átfogó, az elemzési eredményeket pedig projektjelentések formájában mutatják be; A személyre szabott elemzés tartalma változatos. A minták kiválaszthatók, és a paraméterek rugalmasan beállíthatók az alapvető elemzési jelentésnek és a kutatási célnak megfelelően, a személyre szabott igények megvalósítása érdekében. Windows operációs rendszer, egyszerű és gyors.
