-
Hi-C alapú kromatin kölcsönhatás
A Hi-C egy olyan módszer, amelyet a genom konfigurációjának rögzítésére terveztek a közelségalapú kölcsönhatások és a nagy áteresztőképességű szekvenálás kombinálásával. A módszer a kromatin formaldehiddel történő térhálósításán, majd az azt követő emésztésen és újraligáláson alapul, oly módon, hogy csak a kovalensen kötött fragmensek képeznek ligációs termékeket. Ezen ligációs termékek szekvenálásával lehetőség van a genom 3D-s szerveződésének tanulmányozására. A Hi-C lehetővé teszi a genom kevésbé csomagolt (A-rekeszek, eukromatin) és valószínűbb transzkripciósan aktív részeinek, valamint a szorosabban csomagolt (B-rekeszek, heterokromatin) régiók eloszlásának tanulmányozását. A Hi-C segítségével meghatározhatók a topológiailag asszociált domének (TAD-ok), a genom hajtogatott szerkezetű és valószínűleg hasonló expressziós mintázatú régiói, valamint a kromatin hurkok, a fehérjék által egymáshoz rögzített, gyakran szabályozó elemekben gazdag DNS-régiók. A BMKGene Hi-C szekvenálási szolgáltatása lehetővé teszi a kutatók számára, hogy feltárják a genomika térbeli dimenzióit, új utakat nyitva a genomszabályozás és annak az egészségre és betegségekre gyakorolt hatásainak megértéséhez.
-
Kromatin immunprecipitációs szekvenálás (ChIP-seq)
A kromatin immunprecipitáció (CHIP) egy olyan technika, amely antitesteket használ fel a DNS-kötő fehérjék és a megfelelő genomikai célpontok szelektív dúsítására. Az NGS-sel való integrációja lehetővé teszi a hisztonmódosítással, transzkripciós faktorokkal és más DNS-kötő fehérjékkel kapcsolatos DNS-célpontok genomszintű profilalkotását. Ez a dinamikus megközelítés lehetővé teszi a kötőhelyek összehasonlítását a különböző sejttípusok, szövetek vagy állapotok között. A ChIP-Seq alkalmazásai a transzkripciós szabályozás és a fejlődési útvonalak tanulmányozásától a betegségmechanizmusok feltárásáig terjednek, így nélkülözhetetlen eszközzé válik a genomikai szabályozási környezet megértéséhez és a terápiás ismeretek fejlesztéséhez.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Teljes genom biszulfit szekvenálás (WGBS)
Ez a technika, amely a DNS biszulfitkezelésén alapul, hogy a metilálatlan citozinok uracillá (C-ből U-vá) történő átalakulását indukálja, miközben a metilált citozinokat változatlanul hagyja, a DNS-metiláció, különösen a citozin ötödik pozíciójának (5-mC), a génexpresszió és a sejtes aktivitás központi szabályozójának mélyreható vizsgálatának aranystandard módszertana.
Ez a technika egybázisú felbontást kínál, lehetővé téve a kutatók számára, hogy átfogóan vizsgálják a metilomot, és feltárják a mintákban található rendellenes metilációs mintázatokat. A WGBS alkalmazásával a tudósok páratlan betekintést nyerhetnek a genomszintű metilációs tájképekbe, árnyaltabb megértést nyújtva a különféle biológiai folyamatok és betegségek alapjául szolgáló epigenetikai mechanizmusokról.
-
Transzpozáz által hozzáférhető kromatin vizsgálata nagy áteresztőképességű szekvenálással (ATAC-seq)
Az ATAC-seq egy nagy áteresztőképességű szekvenálási technika, amelyet a genomszintű kromatin hozzáférhetőségi elemzéshez használnak. Használata mélyebb megértést nyújt a génexpresszió globális epigenetikus szabályozásának komplex mechanizmusairól. A módszer egy hiperaktív Tn5 transzpozázt használ a nyitott kromatin régiók egyidejű fragmentálására és megjelölésére szekvenáló adapterek beillesztésével. Az ezt követő PCR amplifikáció egy szekvenáló könyvtár létrehozását eredményezi, amely lehetővé teszi a nyitott kromatin régiók átfogó azonosítását meghatározott tér-idő körülmények között. Az ATAC-seq holisztikus képet nyújt a hozzáférhető kromatin tájakról, ellentétben azokkal a módszerekkel, amelyek kizárólag a transzkripciós faktorok kötőhelyeire vagy specifikus hisztonmódosított régiókra összpontosítanak. Ezen nyitott kromatin régiók szekvenálásával az ATAC-seq olyan régiókat tár fel, amelyek nagyobb valószínűséggel tartalmaznak aktív szabályozó szekvenciákat és potenciális transzkripciós faktorok kötőhelyeket, értékes betekintést nyújtva a génexpresszió dinamikus modulációjába a genomon keresztül.
-
Csökkentett reprezentációjú biszulfit szekvenálás (RRBS)
A csökkentett reprezentációjú biszulfit szekvenálás (RRBS) a CpG-szigetekben gazdag régiók MspI hasítással történő dúsításán alapul, amelyet 200-500/600 bps-os fragmensek méret szerinti szelekciója követ. Következésképpen csak a CpG-szigetekhez közeli régiókat szekvenálják, míg a távoli CpG-szigeteket tartalmazó régiókat kizárják az elemzésből. Ez az eljárás a biszulfit szekvenálással kombinálva lehetővé teszi a DNS-metiláció nagy felbontású detektálását, és a PE150 szekvenálási megközelítés kifejezetten az inszertek végeire összpontosít, nem pedig a közepére, növelve a metilációs profilalkotás hatékonyságát.
Ez a technika költséghatékony és eredményes alternatívát kínál a teljes genom biszulfit-szekvenálásával (WGBS) szemben a DNS-metilációs kutatásokban. Bár a WGBS átfogó betekintést nyújt a teljes genom egyetlen bázis felbontású vizsgálatával, magas költsége korlátozó tényező lehet, amit az RRBS stratégiailag enyhít ezen a kihíváson azáltal, hogy szelektíven elemzi a genom egy reprezentatív részét. Ez a módszertan felbecsülhetetlen értékű eszköz, amely lehetővé teszi a költséghatékony DNS-metilációs kutatást, és elősegíti az epigenetikai mechanizmusok ismeretének fejlesztését.
