Termékek

Prokarióta RNS szekvenálás

A prokarióta RNS szekvenálás a következő generációs szekvenálást (NGS) alkalmazza, hogy feltárja az RNS jelenlétét és mennyiségét egy adott pillanatban, a változó sejttranszkriptom elemzésével.Cégünk prokarióta RNS szekvenálása kifejezetten a referenciagenomokkal rendelkező prokariótákra irányul, transzkriptom profilalkotást, génszerkezet-elemzést stb. biztosítva. Széles körben alkalmazták alapkutatásban, gyógyszerkutatásban és -fejlesztésben stb.

Platform: Illumina NovaSeq Platform

Lépjen kapcsolatba velünk

Szolgáltatás részletei

Szolgáltatási specifikációk

Platform: Illumina NovaSeq platform, PE150

Könyvtár típusa: 350 bp beszúrt cDNS könyvtár (a csúcseloszlástól függ)

Szekvenálási stratégia: Paired-End 150 bp

Javasolt adatmennyiség: 2 Gb nyers adat/minta

Bioinformatika

(1) A szekvenálási adatok minőségének ellenőrzése: Nukleotid-eloszlás, Alapminőség-eloszlás, rRNS-arány értékelése;

(2) Szekvencia-illesztési elemzés: Igazítási eredmények statisztikái, A szekvenálás telítettsége, A szekvenálás lefedettsége;

(3) Referencia genom annotáció (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Expresszióanalízis: Expressziós eloszlás (két vagy több mintával), A minták közötti expresszió elemzése (Venn-analízis, korrelációs analízis, PCA-analízis);

(5) Differenciális expressziós elemzés (két vagy több mintával);

(6) Génkészlet-elemzés: Venn-analízis, klaszteranalízis, függvényannotáció-analízis (COG, GO, KEGG), funkciódúsítási elemzés (GO, KEGG), függvénygazdagító húrgráf, Ipath-analízis;

(7) sRNS-elemzés: sRNS-előrejelzés, sRNS-annotáció (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNS másodlagos szerkezetének előrejelzése, sRNS-célgén predikciója;

(8) Transzkript szerkezetelemzés: Operonanalízis, Transzkripció kezdő és véghelyének előrejelzése, UTR annotáció és elemzés, Promoter szekvencia előrejelzés, SNP/InDel analízis (SNP/InDel annotáció, SNP/InDel regionális eloszlás, SNP statisztika).