Csökkentett reprezentációjú biszulfit szekvenálás (RRBS)
A csökkentett reprezentációjú biszulfit szekvenálás (RRBS) a CpG-szigetekben gazdag régiók MspI hasítással történő dúsításán alapul, amelyet 200-500/600 bps-os fragmensek méret szerinti szelekciója követ. Következésképpen csak a CpG-szigetekhez közeli régiókat szekvenálják, míg a távoli CpG-szigeteket tartalmazó régiókat kizárják az elemzésből. Ez az eljárás a biszulfit szekvenálással kombinálva lehetővé teszi a DNS-metiláció nagy felbontású detektálását, és a PE150 szekvenálási megközelítés kifejezetten az inszertek végeire összpontosít, nem pedig a közepére, növelve a metilációs profilalkotás hatékonyságát.
Ez a technika költséghatékony és eredményes alternatívát kínál a teljes genom biszulfit-szekvenálásával (WGBS) szemben a DNS-metilációs kutatásokban. Bár a WGBS átfogó betekintést nyújt a teljes genom egyetlen bázis felbontású vizsgálatával, magas költsége korlátozó tényező lehet, amit az RRBS stratégiailag enyhít ezen a kihíváson azáltal, hogy szelektíven elemzi a genom egy reprezentatív részét. Ez a módszertan felbecsülhetetlen értékű eszköz, amely lehetővé teszi a költséghatékony DNS-metilációs kutatást, és elősegíti az epigenetikai mechanizmusok ismeretének fejlesztését.
Szolgáltatási jellemzők
● Szekvenálás Illumina NovaSeq készüléken.
● Referencia genomot igényel.
● A lambda DNS-t a biszulfit-konverzió hatékonyságának monitorozására használják.
● Az MspI emésztési hatékonyságát is monitorozzák.
● Kettős enzimes emésztés növényi mintákhoz.
Szolgáltatás előnyei
●Költséghatékony és hatékony alternatíva a WGBS-hez képestLehetővé teszi az elemzés alacsonyabb költséggel és alacsonyabb mintaigény melletti elvégzését.
●Teljes platform:Kiváló szolgáltatást nyújtunk, teljes körűen, a mintafeldolgozástól kezdve a könyvtárépítésen és a szekvenáláson át a bioinformatikai elemzésig.
●Kiterjedt szakértelemSikeresen dolgozunk a különféle fajok kezelésén. A BMKGENE több mint egy évtizedes tapasztalattal, magasan képzett elemzőcsapattal, átfogó tartalommal és kiváló értékesítés utáni támogatással rendelkezik.
Szolgáltatási specifikációk
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatkimenet | Minőségellenőrzés |
| MspI-vel emésztett és biszulfittal kezelt könyvtár | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Biszulfit konverzió > 99% MspI vágási hatékonyság > 95% |
Mintakövetelmények
| Koncentráció (ng/µL) | Teljes mennyiség (µg) |
| |
| Genomikus DNS | ≥ 30 | ≥ 1 | Korlátozott lebomlás vagy szennyeződés |
Szolgáltatási munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
A BI elemzés a következőket tartalmazza:
● Nyers szekvenálás minőségellenőrzése;
● Referencia genomhoz való hozzárendelés;
● 5mC metilezett bázisok detektálása és motívum azonosítása;
● A metilációs eloszlás elemzése és a minták összehasonlítása;
● Differenciálisan metilált régiók (DMR) elemzése;
● A DMR-ekhez kapcsolódó gének funkcionális annotációja.
Minőségellenőrzés: emésztési hatékonyság (genomtérképezés során)
Minőségellenőrzés: biszulfit-átalakítás (metilációs információ extrakció során)
Metilációs térkép: 5 mC metiláció genomszintű eloszlása
Minta-összehasonlítás: Főkomponens-elemzés
Differenciálisan metilált régiók (DMR) elemzése: hőtérkép
Fedezze fel a BMKGene teljes genom biszulfit szekvenálási szolgáltatásai által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Li, Z. és munkatársai (2022) „Nagy pontosságú újraprogramozás Leydig-szerű sejtekben CRISPR aktivációval és parakrin faktorokkal”,PNAS Nexus, 1. (4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. és munkatársai (2023) „A kínai monozigóta ikrek testösszetételének genomszintű DNS-metilációs elemzése”,Európai Klinikai Vizsgálati Folyóirat, 53. (11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. és munkatársai (2022) „DNS-metiláció és derék-csípő arány: epigenomszintű asszociációs vizsgálat kínai monozigóta ikrekben”,Endokrinológiai Vizsgálatok Folyóirata, 45(12), 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
