Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
Szolgáltatási specifikációk
Platform: NovaSeq platform, PE150
Könyvtár típusa: 200-400 bp inszert biszulfittal kezelt DNS könyvtár
Szekvenálási stratégia: Paired-End 150 bp
Javasolt adatkimenet: 10 Gb nyers adat/minta
Mintakövetelmények
DNS mennyiség: ≥ 2 ug
DNS koncentráció: ≥ 20ng/μl.
Tisztaság: OD260/280 = 1,8-2,0, degradáció vagy RNS-szennyeződés nélkül
Bioinformatikai elemzés
Szerviz munkafolyamat
Mintaszállítás
Könyvtárépítés
Sorrendezés
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
a.Referencia genom-illesztési statisztikák
A leképezési olvasmányok statisztikája
Sa szekvenálási mélység és a C hely lefedettségének statisztikája
Afelhalmozott fedezet
Daz egyes minták emésztési hatékonysága
b.Metilezési hely kimutatása
A C helyen lévő metilációs szintek listája
BS átalakítás
Metilezett citozin
Metilezési szint eloszlás
c.Metilezési térkép
Genome széles
Genome elem
d.A minták közötti metilációs szintek összehasonlítása
Pairwise A CG metiláció korrelációja
PCA-CG metiláció
Ca CG-metiláció csillogása
d.Differenciáltan metilációs elemzés
Sa DMR statisztikája
DMR hosszeloszlás
Henni térképet
DMR-eloszlás a megcélzott régióban
