Kis RNS szekvenálás - Illumina
Jellemzők
● Méretkiválasztási könyvtár előkészítése.
● Bioinformatikai elemzés, amely a miRNA-predikció és -célpontok köré épül.
Szolgáltatás előnyei
●Kiterjedt szakértelemTöbb mint 300 mintát dolgoztunk fel, amelyek sokféle mintatípust felölelnek. Minden projekthez a szakértelmünket hozzuk.
●Szigorú minőségellenőrzésAlapvető ellenőrzési pontokat alkalmazunk minden szakaszban, a minta-előkészítéstől a könyvtárkészítésen át a szekvenálásig és a bioinformatikáig. Gondos monitorozásunk biztosítja az eredmények következetesen kiváló minőségét.
●Átfogó bioinformatikai elemzés:Lehetővé teszi mind az ismert, mind az új miRNA-k azonosítását, a miRNA-célpontok azonosítását, valamint a megfelelő funkcionális annotációt és dúsítást több adatbázissal (KEGG, GO).
●Értékesítés utáni támogatásTudjuk, mennyire fontos a jelenlét, ezért elkötelezettségünk a projekt befejezésén túl 3 hónapos értékesítés utáni szervizidőszakkal is kiterjed. Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdéseket feltevéssel segítünk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásában.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Platform | Ajánlott adatok | Adatminőség-ellenőrzés |
| Méret kiválasztva | Illumina SE50 | 10M-20M olvasás | Q30≥85% |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Koncentráció (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Integritás |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott vagy semmilyen fehérje- vagy DNS-szennyeződés nem látható. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonal-emelkedés |
● Növények:
Gyökér, szár vagy sziromlevél: 450 mg
Levél vagy mag: 300 mg
Gyümölcs: 1,2 g
● Állat:
Szív vagy bélrendszer: 450 mg
Zsigeri szervek vagy agy: 240 mg
Izom: 600 mg
Csontok, haj vagy bőr: 1,5 g
● Ízeltlábúak:
Rovarok: 9g
Rákfélék: 450 mg
● Teljes vér2 cső
● Sejtek: 106 sejtek
● Szérum és plazma:6 ml
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső (Alufólia használata nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoportosítás+replikátum, pl. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zacskókba kell csomagolni és szárazjégbe kell temetni.
2. RNS-stabil csövek: Az RNS-mintákat RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) lehet szárítani és szobahőmérsékleten szállítani.
Szolgáltatási munkafolyamat
Kísérlettervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
● Nyers adatok minőségellenőrzése
● Kis RNS-ek osztályozása
● miRNA expresszió és differenciális expressziós analízis
● miRNA célgén és differenciálisan expresszált miRNA célgén annotáció
● Célgén annotáció és differenciálisan expresszált miRNA génfunkció-dúsítás
A miRNA azonosítása: szerkezet és mélység
A miRNA differenciális expressziója – hierarchikus klaszterezés
A differenciálisan expresszált miRNA-k célpontjának funkcionális annotációja
Fedezze fel a BMKGene sRNS szekvenálási szolgáltatásai által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjteményen keresztül.
Chen, H. és munkatársai (2023) „A vírusfertőzések gátolják a szaponin bioszintézisét és fotoszintézisét a Panax notoginsengben”,Növényélettan és biokémia, 203, 108038. o. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. és munkatársai (2023) „A növényi FYVE domént tartalmazó FREE1 fehérje mikroprocesszor-komponensekkel társulva gátolja a miRNA biogenezist”,EMBO-jelentések, 24. (1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. és munkatársai (2023) „Az Ame-Bantam-3p mikroRNS szabályozza a lárvabáb fejlődését a többszörös epidermális növekedési faktor-szerű domének 8-as génjének (megf8) célba vételével a háziméhben, az Apis melliferában”,Nemzetközi Molekuláris Tudományok Folyóirata, 24(6). sz., 5726. o. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. és munkatársai (2018) „A húsminőséggel összefüggő MiRNA és gének integrált elemzése kimutatta, hogy a Gga-MiR-140-5p befolyásolja a csirkék intramuszkuláris zsírlerakódását”,Sejtélettan és biokémia, 46(6), 2421–2433. doi: 10.1159/000489649.
