Specifikus lókusz amplifikált fragmens szekvenálás (SLAF-Seq)
Munkafolyamat
A szolgáltatás rendelkezik némi előzetes in silico tervezéssel, hogy garantálja az optimális enzimkiválasztást a könyvtár előkészítése során.
Műszaki terv
Szolgáltatási jellemzők
● Szekvenálás NovaSeq készülékkel PE150-nel.
● Könyvtár-előkészítés dupla vonalkóddal, amely több mint 1000 minta összevonását teszi lehetővé.
● A referencia genomtól független:
Referencia genommal: SNP és InDel felfedezés
Referencia genom nélkül: mintacsoportosítás és SNP-felfedezés
● Ain silicoA tervezés előtti szakaszban több restrikciós enzimkombinációt szűrnek, hogy megtalálják azokat, amelyek az SLAF-jelölések egyenletes eloszlását eredményezik a genom mentén.
● Az előkísérlet során három enzimkombinációt tesztelnek 3 mintában 9 SLAF könyvtár létrehozása érdekében, és ezt az információt használják fel a projekthez optimális restrikciós enzimkombináció kiválasztásához.
Szolgáltatás előnyei
●Magas genetikai markerek felfedezéseNagy áteresztőképességű, kettős vonalkódos rendszert integrálunk, amely lehetővé teszi nagy populációk egyidejű szekvenálását, valamint a lokuszspecifikus amplifikációt, amely fokozza a hatékonyságot, biztosítva, hogy a címkeszámok megfeleljenek a különféle kutatási kérdések változatos követelményeinek.
● Alacsony függőség a genomtólReferencia genommal rendelkező vagy anélküli fajokra is alkalmazható.
●Rugalmas rendszertervezésAz egyenzimes, kettős enzimes, többenzimes emésztés és a különféle típusú enzimek mind kiválaszthatók a különböző kutatási célok vagy fajok kielégítésére.
● Nagy hatékonyságú enzimes emésztésEgyin silicoAz előtervezés és az előkísérlet biztosítja az optimális tervet, az SLAF-címkék egyenletes eloszlásával a kromoszómán (1 SLAF-címke/4Kb) és a csökkentett ismétlődő szekvenciákkal (<5%).
●Kiterjedt szakértelemMinden projektünkhöz hatalmas tapasztalattal rendelkezünk, több mint 5000 SLAF-Seq projektet zártunk le több száz faj, köztük növények, emlősök, madarak, rovarok és vízi élőlények esetében.
● Saját fejlesztésű bioinformatikai munkafolyamatKifejlesztettünk egy integrált bioinformatikai munkafolyamatot az SLAF-Seq-hez, hogy biztosítsuk a végeredmény megbízhatóságát és pontosságát.
Szolgáltatási specifikációk
| Elemzés típusa | Ajánlott populációs méretarány | Szekvenálási stratégia | |
| A címkeszekvenálás mélysége | Címkeszám | ||
| Genetikai térképek | 2 szülő és >150 utód | Szülők: 20x WGS Utóerő: 10x | Genom mérete: <400 Mb: WGS ajánlott <1 GB: 100 ezer címke 1-2 GB:: 200 ezer címke >2 GB: 300 ezer címke Max. 500 ezer címke |
| Genomszintű Asszociációs Tanulmányok (GWAS) | ≥200 minta | 10x | |
| Genetikai evolúció | ≥30 minta, minden alcsoportból >10 mintával | 10x | |
Szolgáltatási követelmények
Koncentráció ≥ 5 ng/µL
Teljes mennyiség ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agaróz gél: nincs vagy korlátozott lebomlás vagy szennyeződés
Ajánlott mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső
(A legtöbb minta esetében nem javasoljuk az etanolban való tartósítást.)
Mintacímkézés: A mintákat egyértelműen kell címkézni, és a beküldött mintainformációs űrlappal meg kell egyezniük.
Szállítás: Szárazjég: A mintákat először zacskókba kell csomagolni, majd szárazjégbe kell temetni.
Szolgáltatási munkafolyamat
Minta minőségellenőrzés
Kísérleti kísérlet
SLAF-kísérlet
Könyvtári előkészítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatikai elemzésünk a következőket foglalja magában:
Adatminőség-ellenőrzés és adatvágás az N-gazdag olvasások, az adapter olvasások vagy az alacsony minőségű olvasások eltávolításához.
A tiszta leolvasások második minőségellenőrzése a báziseloszlás, a szekvenciaminőség és az adatértékelés ellenőrzésére, valamint az emésztés hatékonyságának és a kapott inszertek ellenőrzésére.
Miután az olvasmányokat ellenőriztük, két lehetőségünk van:
- Referencia genomhoz való hozzárendelés
- Referencia genom nélkül: klaszterezés
Ezt követően az SLAF-címkék elemzésével variánshívásokat végeznek a markerek felismerésének elősegítésére: SNP, InDel, SNV, CV hívás és annotáció.
Az SLAF-címkék eloszlása a kromoszómákon:
Az SNP-k eloszlása a kromoszómákon:
SNP-megjegyzés
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X és Shi C (2023) QTL-térképezés és transzkriptomanalízis a cukortartalomról a gyümölcsök érése soránPyrus pyrifolia.Elülső. Növénytudomány.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. és Sun, L. (2022). Az st1 azonosítása a szója nemesítése során a magvak morfológiájának és olajtartalmának megváltozását magában foglaló szelekcióra utal.Növényi Biotechnológiai Folyóirat, 20(6). sz., 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.és mtsai.A ponty genomszekvenciája és genetikai diverzitása,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.és mtsai.A termesztett földimogyoró genomja betekintést nyújt a hüvelyesek kariotípusaiba, a poliploid evolúcióba és a növények háziasításába.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Év | Folyóirat | IF | Cím | Alkalmazások |
| 2022 | Természetkommunikáció | 17.694 | A fa pünkösdi rózsa giga-kromoszómáinak és giga-genomjának genomikai alapjai Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Új fitológus | 7.433 | A háziasítási lábnyomok a mezőgazdasági szempontból fontos genomiális régiókat rögzítik szójabab | SLAF-GWAS |
| 2022 | Haladó Kutatások Folyóirata | 12.822 | A Gossypium barbadense genomszintű mesterséges introgressziói a G. hirsutumba kiváló lokuszokat tárnak fel a pamutrost minőségének és hozamának egyidejű javítására tulajdonságok | SLAF-Evolúciós genetika |
| 2019 | Molekuláris növény | 10.81 | A populáció genomikai elemzése és a de novo összeszerelés feltárja a gyomnövények eredetét A rizs mint evolúciós játék | SLAF-Evolúciós genetika |
| 2019 | Természetgenetika | 31.616 | A ponty, Cyprinus carpio genomszekvenciája és genetikai sokfélesége | SLAF-Kapcsolat térkép |
| 2014 | Természetgenetika | 25.455 | A termesztett földimogyoró genomja betekintést nyújt a hüvelyesek kariotípusaiba és a poliploidokba evolúció és a növények háziasítása. | SLAF-Kapcsolat térkép |
| 2022 | Növényi Biotechnológiai Folyóirat | 9.803 | Az ST1 azonosítása a magmorfológia stoppolásába ütköző szelekciót tár fel és az olajtartalom a szójabab nemesítése során | SLAF-marker fejlesztés |
| 2022 | Nemzetközi Molekuláris Tudományok Folyóirata | 6.208 | Búza-Leymus mollis 2Ns (2D) azonosítása és DNS-marker fejlesztése Diszomikus kromoszóma szubsztitúció | SLAF-marker fejlesztés |
| Év | Folyóirat | IF | Cím | Alkalmazások |
| 2023 | A növénytudomány határterületei | 6.735 | A Pyrus pyrifolia gyümölcs érése során a cukortartalom QTL-térképezése és transzkriptomanalízise | Genetikai térkép |
| 2022 | Növényi Biotechnológiai Folyóirat | 8.154 | Az ST1 azonosítása a szója termesztése során a magvak morfológiájának és olajtartalmának megváltozását magában foglaló szelekciót tár fel.
| SNP hívás |
| 2022 | A növénytudomány határterületei | 6.623 | A Hulless Barely fenotípusok genomszintű asszociációs térképezése aszályos környezetben.
| GWAS |
