Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Szolgáltatás részletei
Műszaki séma
Munkafolyamat
Szolgáltatás előnyei
Magas markerfelderítési hatékonyság- A nagy áteresztőképességű szekvenálási technológia segíti az SLAF-Seq-et abban, hogy több százezer címkét fedezzen fel a teljes genomban.
Alacsony genomfüggőség- Referenciagenommal rendelkező vagy anélküli fajokra is alkalmazható.
Rugalmas séma kialakítás- Egy enzimes, kettős enzimes, több enzimes emésztés és különféle típusú enzimek, mindegyik kiválasztható a különböző kutatási célok vagy fajok kielégítésére.Az optimális enzimtervezés biztosítására az in silico előzetes értékelést alkalmazzák.
Hatékony enzimes emésztés- Előkísérletet végeztünk a feltételek optimalizálása érdekében, ami stabillá és megbízhatóvá teszi a formális kísérletet.A töredékgyűjtés hatékonysága 95% feletti lehet.
Egyenletesen elosztott SLAF címkék- Az SLAF címkék a legnagyobb mértékben egyenletesen oszlanak el minden kromoszómában, átlagosan 1 SLAF-ot érnek el 4 kb-onként.
Az ismétlődések hatékony elkerülése- Az ismétlődő szekvenciák az SLAF-Seq adatokban 5% alá csökkennek, különösen azoknál a fajoknál, ahol magas az ismétlődési gyakoriság, mint például a búza, a kukorica stb.
Kiterjedt tapasztalat-Több mint 2000 lezárt SLAF-Seq projekt több száz fajon, beleértve a növényeket, emlősöket, madarakat, rovarokat, vízi élőlényeket stb.
Saját fejlesztésű bioinformatikai munkafolyamat- Az SLAF-Seq integrált bioinformatikai munkafolyamatát a BMKGENE fejlesztette ki, hogy biztosítsa a végső kimenet megbízhatóságát és pontosságát.
Szolgáltatási specifikációk
| Felület | Konc. (ng/gl) | Teljes (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(kötet>15μl) | 1,6-2,5 |
Ajánlott szekvenálási stratégia
Szekvenálási mélység: 10X/Címke
| Genom mérete | Ajánlott SLAF címkék |
| < 500 Mb | 100K vagy WGS |
| 500 Mb-1 Gb | 100 K |
| 1 Gb - 2 Gb | 200 K |
| Óriás vagy összetett genomok | 300-400 ezer |
| Alkalmazások
| Ajánlott Népességi skála
| Szekvenálási stratégia és mélység
| |
| Mélység
| Cédula sorszám
| ||
| GWAS
| Mintaszám ≥ 200
| 10X
|
Alapján genom mérete
|
| Genetikai evolúció
| Mindegyik egyének alcsoport ≥ 10; összes minta ≥ 30
| 10X
| |
Javasolt mintaszállítás
Tartály: 2 ml-es centrifugacső
A legtöbb minta esetében azt javasoljuk, hogy ne tárolja etanolban.
Mintacímkézés: A mintákat egyértelműen fel kell címkézni, és meg kell egyeznie a benyújtott mintainformációs űrlappal.
Szállítás: Szárazjég: A mintákat először zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
Szolgáltatási munkafolyamat
Minta minőségellenőrzés
Kísérleti kísérlet
SLAF-kísérlet
Könyvtár előkészítése
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
1. A térképeredmény statisztikája
2. SLAF marker fejlesztés
3. Variációs annotáció
| Év | Folyóirat | IF | Cím | Alkalmazások |
| 2022 | Természeti kommunikáció | 17.694 | A bazsarózsa giga-kromoszómáinak és giga-genomjának genomi alapja Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Új fitológus | 7.433 | A háziasítási lábnyomok agronómiai jelentőségű genomiális régiókat rögzítenek szójabab | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | A Gossypium barbadense mesterséges introgressziói a G. hirsutumba az egész genomra kiváló lókuszokat tár fel a pamutszál minőségének és hozamának egyidejű javítása érdekében vonások | SLAF-Evolúciós genetika |
| 2019 | Molekuláris növény | 10.81 | A populációgenomikai elemzés és a De Novo Assembly feltárja Weedy eredetét A rizs, mint evolúciós játék | SLAF-Evolúciós genetika |
| 2019 | Természetgenetika | 31.616 | A ponty, a Cyprinus carpio genomszekvenciája és genetikai változatossága | SLAF-Linkage térkép |
| 2014 | Természetgenetika | 25.455 | A termesztett földimogyoró genomja betekintést nyújt a hüvelyes kariotípusokba, a poliploidokba evolúció és termény háziasítása. | SLAF-Linkage térkép |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Az ST1 azonosítása feltár egy szelekciót, amely magában foglalja a vetőmag morfológiájának stoppolását és olajtartalom a szójabab háziasítása során | SLAF-Marker fejlesztés |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | A Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) azonosítása és DNS-marker fejlesztése Diszómiás kromoszóma helyettesítés | SLAF-Marker fejlesztés |
