A teljes transzkriptom szekvenálása – Illumina
Jellemzők
● Kettős könyvtár a teljes transzkriptom szekvenciájához: rRNS kimerülés, majd PE150 könyvtár előkészítés és méret szelekció, majd SE50 könyvtár előkészítés
● Az mRNS, lncRNS, circRNS és miRNS teljes bioinformatikai elemzése külön bioinformatikai jelentésekben
● Az összes RNS-expresszió közös elemzése a kombinált jelentésben, beleértve a ceRNS-hálózatok elemzését.
Szolgáltatás előnyei
●Szabályozási hálózatok mélyreható elemzése: A ceRNS hálózatelemzést az mRNS, lncRNS, cirrRNS és miRNS együttes szekvenálása és egy kimerítő bioinformatikai munkafolyamat teszi lehetővé.
●Átfogó megjegyzés: több adatbázist használunk a differenciálisan expresszált gének (DEG-ek) funkcionális annotálásához és a megfelelő dúsítási elemzés elvégzéséhez, betekintést nyújtva a transzkriptomválasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba.
●Széleskörű Szakértelem: több mint 2000 teljes átírási projekt sikeres lezárásával a különböző kutatási területeken, csapatunk rengeteg tapasztalatot hoz minden projektbe.
●Szigorú minőségellenőrzés: az alapvető kontrollpontokat minden szakaszban megvalósítjuk, a minta- és könyvtár-előkészítéstől a szekvenálásig és a bioinformatikáig.Ez az aprólékos felügyelet biztosítja a folyamatosan jó minőségű eredményeket.
● Átfogó megjegyzések: több adatbázist használunk a differenciálisan expresszált gének (DEG-ek) funkcionális annotálásához és a megfelelő dúsítási elemzés elvégzéséhez, betekintést nyújtva a transzkriptomválasz mögött meghúzódó sejtes és molekuláris folyamatokba.
●Értékesítés utáni támogatás: Elkötelezettségünk túlmutat a projekt befejezésén, 3 hónapos értékesítés utáni szolgáltatási időszakkal.Ez idő alatt projektkövetést, hibaelhárítási segítséget és kérdezz-feleleteket kínálunk az eredményekkel kapcsolatos kérdések megválaszolásához.
Mintakövetelmények és szállítás
| Könyvtár | Szekvenálási stratégia | Ajánlott adatok | Minőség ellenőrzés |
| rRNS kimerült | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Méret kiválasztva | Illumina SE50 | 10-20 millió leolvasás |
Mintakövetelmények:
Nukleotidok:
| Konc. (ng/μl) | Mennyiség (μg) | Tisztaság | Sértetlenség |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 A gélen korlátozott fehérje- vagy DNS-szennyeződés látható, vagy nincs. | Növények: RIN≥6,5 Állat: RIN≥7,0 5,0≥28S/18S≥1,0; korlátozott vagy nincs alapvonali emelkedés |
Javasolt mintaszállítás
Tartály:
2 ml-es centrifugacső (ón fólia nem ajánlott)
Mintacímkézés: Csoport+másolat pl. A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Szállítás:
1. Szárazjég: A mintákat zsákokba kell csomagolni, és szárazjégbe kell temetni.
2.RNS-stabil csövek: Az RNS-minták RNS-stabilizáló csőben (pl. RNAstable®) száríthatók és szobahőmérsékleten szállíthatók.
Szerviz munkafolyamat
Kísérleti tervezés
Mintaszállítás
RNS extrakció
Könyvtárépítés
Szekvenálás
Adatelemzés
Értékesítés utáni szolgáltatások
Bioinformatika
RNS expresszió áttekintése
Differenciálisan expresszált gének
ceRNS elemzés
Különbözően expresszált miRNS-ek és rokon RNS-ek
Fedezze fel a BMKGene teljes transzkripciós szekvenálási szolgáltatása által elősegített kutatási eredményeket egy válogatott publikációgyűjtemény segítségével.
Dai, Y. et al.(2022) „Az mRNS-ek, lncRNS-ek és miRNS-ek átfogó expressziós profilja RNS-szekvenálással azonosított Kashin-Beck-kórban”, Molecular Omics, 18(2), 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) „A Changbai-hegységben található Apis cerana hidegállóságának teljes hosszúságú transzkriptoma elemzése az áttelelési időszakban.” Gene, 830, 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) „Versengő endogén RNS-szabályozási hálózatok multi-omika integráción alapuló prioritása kissejtes tüdőrákban: molekuláris jellemzők és gyógyszerjelöltek”, Frontiers in Oncology, 12. o.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) „Az lncRNS/circRNS-miRNS-mRNS expressziós profilok integrált elemzése új betekintést enged a földimogyoró gyökércsomó-fonálféregeinek lehetséges mechanizmusaiba”, BMC Genomics, 23(1), 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al.(2022) „A teljes transzkriptom RNS szekvenálása rávilágít a brokkoli aratás utáni minőségének vörös LED-besugárzással történő fenntartásával kapcsolatos molekuláris mechanizmusokra”, Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
