16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Ծառայության առավելությունները
● Երկար ընթերցումներ, որոնք բացահայտում են 16S/18S/ITS-ի ամբողջական հաջորդականությունը
● Բարձր ճշգրիտ բազային զանգեր՝ PacBio CCS ռեժիմի հաջորդականությամբ
● Տեսակի մակարդակի լուծում OTU/ASV ծանոթագրության մեջ
● Վերջին QIIME2-ը վերլուծում է հոսքը բազմազան վերլուծություններով՝ տվյալների բազայի, անոտացիայի, OTU/ASV-ի առումով:
● Կիրառելի է մանրէաբանական համայնքի տարբեր ուսումնասիրությունների համար
● BMK-ն ունի ավելի քան 100,000 նմուշ/տարի մեծ փորձ՝ ծածկելով հողը, ջուրը, գազը, տիղմը, կղանքը, աղիքները, մաշկը, խմորման արգանակը, միջատները, բույսերը և այլն:
● BMKCloud-ը հեշտացրել է տվյալների մեկնաբանումը, որը պարունակում է 45 անհատականացված վերլուծության գործիքներ
Ծառայության բնութագրերը
| ՀերթականությունՀարթակ | Գրադարան | Առաջարկվող տվյալներ | Շրջադարձի ժամանակը |
| PacBio-ի շարունակություն II | SMRT-զանգ | 5K/10K/20K Tags | 44 աշխատանքային օր |
Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ
● Հում տվյալների որակի վերահսկում
● OTU կլաստերավորում/աղմկազերծում (ASV)
● OTU անոտացիա
● Ալֆա բազմազանություն
● Բետա բազմազանություն
● Միջխմբային վերլուծություն
● Ասոցիացիայի վերլուծություն փորձարարական գործոնների դեմ
● Ֆունկցիոնալ գենի կանխատեսում
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
ՀամարԴՆԹ-ի քաղվածքներ:
| Նմուշի տեսակը | Գումարը | Համակենտրոնացում | Մաքրություն |
| ԴՆԹ-ի քաղվածքներ | ＞ 1 մկգ | ＞ 20 նգ/մլ | OD260/280= 1,6-2,5 |
Բնապահպանական նմուշների համար.
| Նմուշի տեսակը | Առաջարկվող նմուշառման կարգը |
| Հող | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Մնացած չորացած նյութը պետք է հեռացվի մակերեսից.Մանրացրեք խոշոր կտորները և անցեք 2 մմ ֆիլտրով;Առանձին նմուշներ ստերիլ EP-խողովակում կամ ցիրոխողովակում ամրագրման համար: |
| Կղանք | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և տարանջատեք նմուշները ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար: |
| Աղիքային պարունակությունը | Նմուշները պետք է մշակվեն ասեպտիկ պայմաններում:Լվացեք հավաքված հյուսվածքը PBS-ով;Ցենտրիֆուգեք PBS-ը և հավաքեք նստվածքը EP-խողովակներում: |
| տիղմ | Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և բաժանեք տիղմի նմուշը ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար |
| Ջրային մարմին | Մանրէների սահմանափակ քանակով նմուշի համար, ինչպիսիք են ծորակից ջուրը, ջրհորի ջուրը և այլն, հավաքեք առնվազն 1 լ ջուր և անցեք 0,22 մկմ ֆիլտրով՝ թաղանթի վրա մանրէները հարստացնելու համար:Պահպանեք թաղանթը ստերիլ խողովակի մեջ: |
| Մաշկ | Զգուշորեն քերեք մաշկի մակերեսը ստերիլ բամբակյա շվաբրով կամ վիրահատական շեղբով և դրեք այն ստերիլ խողովակի մեջ: |
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Նմուշները սառեցրեք հեղուկ ազոտի մեջ 3-4 ժամ և պահեք հեղուկ ազոտում կամ -80 աստիճանով մինչև երկարաժամկետ պահպանում:Պահանջվում է նմուշի առաքում չոր սառույցով:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
1. V3+V4 (Illumina) վրա հիմնված մանրէաբանական համայնքի պրոֆիլավորման անոտացիայի մակարդակը ընդդեմ ամբողջական (PacBio) վրա հիմնված պրոֆիլավորման:
(Վիճակագրության համար կիրառվել են պատահականության սկզբունքով ընտրված 30 նախագծերի տվյալները)
2. Տարբեր նմուշների տեսակների մակարդակով ամբողջական ամպլիկոնի հաջորդականության անոտացիայի արագությունը
3. Տեսակների բաշխում
4. Ֆիլոգենետիկ ծառ
BMK գործ
Արսենի ազդեցությունը հանգեցնում է աղիքային պատնեշի վնասմանը և, հետևաբար, աղիք-լյարդ առանցքի ակտիվացմանը, ինչը հանգեցնում է բադերի լյարդի բորբոքման և պիրոպտոզի:
Հրապարակված է:Ընդհանուր շրջակա միջավայրի գիտություն,2021 թ
Հերթականության ռազմավարություն.
Նմուշներ. Վերահսկիչ ընդդեմ 8 մգ/կգ ATO ենթարկված խմբի
Հերթականության տվյալների ելքը՝ 102,583 չմշակված CCS հաջորդականություն ընդհանուր առմամբ
Վերահսկողություն՝ 54,518 ± 747 արդյունավետ CCS
ATO-ի ենթարկված. 45,050 ± 1675 արդյունավետ CCS
Հիմնական արդյունքներ
Ալֆա բազմազանություն.ATO-ի ազդեցությունը զգալիորեն փոխեց բադերի աղիքային մանրէաբանական հարստությունն ու բազմազանությունը:
Մետաստատների վերլուծություն.
Ֆիլմայի մակարդակում. 2 բակտերիալ ֆիլա հայտնաբերվել է միայն հսկիչ խմբերում
Սեռի մակարդակով. 6 սեռ է հայտնաբերվել էապես տարբեր հարաբերական առատությամբ
Տեսակային մակարդակով. ընդհանուր առմամբ հայտնաբերվել է 36 տեսակ, որոնցից 6-ը զգալիորեն տարբերվում են վերակենդանացման առատությամբ
Հղում
Thingholm, LB, et al.«2-րդ տիպի շաքարային դիաբետով և առանց ճարպակալման մարդիկ ցույց են տալիս աղիների տարբեր մանրէաբանական ֆունկցիոնալ կարողություններ և կազմություն»:Բջջային հյուրընկալող և մանրէներ26.2 (2019).
