Զանգվածային սեգրեգանտ վերլուծություն
Ծառայության առավելությունները
Takagi et al., The plant ամսագիր, 2013 թ
● Ճշգրիտ տեղայնացում. 30+30-ից 200+200 անհատների հետ զանգվածների խառնում` ֆոնային աղմուկը նվազագույնի հասցնելու համար;ոչ հոմանիշ մուտանտների վրա հիմնված թեկնածու տարածաշրջանի կանխատեսում:
● Համապարփակ վերլուծություն. թեկնածու գենի ֆունկցիայի խորը ծանոթագրություն, ներառյալ NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG և այլն:
● Ավելի արագ շրջադարձային ժամանակ. գեների արագ տեղայնացում 45 աշխատանքային օրվա ընթացքում:
● Մեծ փորձ. BMK-ն նպաստել է հազարավոր հատկանիշների տեղայնացմանը՝ ընդգրկելով տարբեր տեսակներ, ինչպիսիք են մշակաբույսերը, ջրային արտադրանքները, անտառները, ծաղիկները, մրգերը և այլն:
Ծառայության բնութագրերը
Բնակչություն:
Հակառակ ֆենոտիպերով ծնողների սերունդների առանձնացում:
օրինակ՝ F2 սերունդ, հետադարձ խաչմերուկ (BC), Recombinant inbred line (RIL)
Խառնիչ լողավազան
Որակական հատկանիշների համար՝ 30-ից 50 անհատ (նվազագույնը 20)/սորուն
Քանակական տրատիսների համար՝ 5% -ից մինչև 10% ծայրահեղ ֆենոտիպ ունեցող անհատներ ամբողջ պոպուլյացիայի մեջ (նվազագույնը 30+30):
Առաջարկվող հաջորդականության խորությունը
Առնվազն 20X/ծնող և 1X/անհատական սերունդ (օրինակ՝ 30+30 անհատի սերունդների խառնման ավազանի դեպքում հաջորդականության խորությունը կլինի 30X մեկ զանգվածի համար)
Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ
● Ամբողջ գենոմի հաջորդականացում
● Տվյալների մշակում
● SNP/Indel զանգ
● Թեկնածուների շրջանի սքրինինգ
● Թեկնածու գենի ֆունկցիայի անոտացիա
Նմուշի պահանջներ և առաքում
Նմուշի պահանջներ.
Նուկլեոտիդներ:
| gDNA նմուշ | Հյուսվածքի նմուշ |
| Կոնցենտրացիան՝ ≥30 նգ/մլ | Բույսեր՝ 1-2 գ |
| Քանակը՝ ≥2 μg (Ծավալը ≥15 μl) | Կենդանիներ՝ 0,5-1 գ |
| Մաքրություն՝ OD260/280= 1.6-2.5 | Ամբողջական արյուն՝ 1,5 մլ |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
1. Ասոցիացիայի վերլուծության հիմքը Էվկլիդեսյան հեռավորության վրա (ED)՝ թեկնածու տարածաշրջանը բացահայտելու համար:Հետևյալ նկարում
X առանցք՝ քրոմոսոմային համար;Յուրաքանչյուր կետ ներկայացնում է SNP-ի ED արժեքը:Սև գիծը համապատասխանում է տեղադրված ED արժեքին:Ավելի բարձր ED արժեքը ցույց է տալիս տեղանքի և ֆենոտիպի միջև ավելի նշանակալի կապ:Կարմիր գծի գիծը ներկայացնում է նշանակալի ասոցիացիայի շեմը:
2. Ասոցիացիայի վերլուծություն՝ հիմնված առանց SNP-ի
X առանցք՝ քրոմոսոմային համար;Յուրաքանչյուր կետ ներկայացնում է SNP ինդեքսի արժեքը:Սև գիծը նշանակում է տեղադրված SNP-ինդեքսի արժեքը:Որքան մեծ է արժեքը, այնքան ավելի կարևոր է ասոցիացիան:
BMK գործ
Հիմնական ազդեցության քանակական հատկանիշի տեղանքը Fnl7.1 կոդավորում է ուշ սաղմնածին առատ սպիտակուցը, որը կապված է վարունգի պտղի պարանոցի երկարության հետ:
Հրապարակված է: Plant Biotechnology Journal, 2020 թ
Հերթականության ռազմավարություն.
Ծնողներ (Jin5-508, YN). Ամբողջ գենոմի վերահաշվարկ 34× և 20×:
ԴՆԹ-ի լողավազաններ (50 երկար պարանոցով և 50 կարճ պարանոցով)՝ 61× և 52×
Հիմնական արդյունքներ
Այս հետազոտության մեջ առանձնացված պոպուլյացիան (F2 և F2:3) առաջացել է երկար պարանոցով վարունգի Jin5-508 և կարճ պարանոցի YN-ի հատման միջոցով:ԴՆԹ-ի երկու լողավազան կառուցվել է 50 ծայրահեղ երկար պարանոցով և 50 ծայրահեղ կարճ պարանոցով անհատների կողմից:Հիմնական ազդեցության QTL-ը հայտնաբերվել է Chr07-ի վրա՝ BSA վերլուծության և ավանդական QTL քարտեզագրման միջոցով:Թեկնածու շրջանը հետագայում նեղացվեց նուրբ քարտեզագրման, գեների արտահայտման քանակականացման և տրանսգենային փորձերի միջոցով, որոնք բացահայտեցին պարանոցի երկարությունը վերահսկելու հիմնական գենը՝ CsFnl7.1:Բացի այդ, CsFnl7.1 պրոմոութեր տարածաշրջանում պոլիմորֆիզմը կապված է համապատասխան արտահայտության հետ:Հետագա ֆիլոգենետիկ վերլուծությունը ցույց տվեց, որ Fnl7.1 տեղանքը շատ հավանական է, որ ծագել է Հնդկաստանից:
 QTL-քարտեզագրում BSA վերլուծության մեջ՝ պարզելու թեկնածու տարածաշրջանը, որը կապված է վարունգի պարանոցի երկարության հետ |  Chr07-ում հայտնաբերված վարունգի պարանոցի երկարությամբ QTL-ի LOD պրոֆիլները |
Xu, X., et al.«Հիմնական ազդեցության քանակական հատկանիշի տեղանքը Fnl7.1 կոդավորում է ուշ սաղմնածին առատ սպիտակուցը, որը կապված է վարունգի պտղի պարանոցի երկարության հետ»:Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020):
