circRNA sequencing-Illumina
Հատկություններ
● rRNA-ի սպառումը, որին հաջորդում է ուղղորդված գրադարանի պատրաստումը, որը հնարավորություն է տալիս հաջորդականացնել տվյալների շղթան հատուկ:
● Կենսաինֆորմատիկական աշխատանքային հոսքը հնարավորություն է տալիս circRNA կանխատեսում և արտահայտման քանակականացում
Ծառայության առավելությունները
●Ավելի համապարփակ ՌՆԹ գրադարաններ.մենք օգտագործում ենք rRNA-ի սպառումը գծային ՌՆԹ-ի սպառման փոխարեն մեր նախնական գրադարանային պատրաստման մեջ՝ ապահովելով, որ հաջորդականության տվյալները ներառում են ոչ միայն circRNA, այլ նաև mRNA և lncRNA, ինչը հնարավորություն է տալիս համատեղ վերլուծել այս տվյալների հավաքածուները:
●Մրցակցային էնդոգեն ՌՆԹ (ceRNA) ցանցերի կամընտիր վերլուծությունԲջջային կարգավորիչ մեխանիզմների ավելի խորը պատկերացումների ապահովում
●Ընդարձակ փորձաքննությունBMK-ում ավելի քան 20,000 նմուշների մշակման փորձառությամբ, որոնք ներառում են տարբեր նմուշների տեսակներ և lncRNA նախագծեր, մեր թիմը հարուստ փորձ է բերում յուրաքանչյուր նախագծին:
●Որակի խիստ հսկողությունՄենք իրականացնում ենք հիմնական վերահսկման կետերը բոլոր փուլերում՝ նմուշների և գրադարանների պատրաստումից մինչև հաջորդականություն և կենսաինֆորմատիկա:Այս մանրակրկիտ մոնիտորինգը ապահովում է հետևողականորեն բարձրորակ արդյունքների ապահովում:
● Վաճառքից հետո աջակցությունՄեր պարտավորությունը տարածվում է ծրագրի ավարտից դուրս՝ վաճառքից հետո սպասարկման 3 ամիս ժամկետով:Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք ծրագրի հետևում, անսարքությունների վերացման օգնություն և հարցուպատասխանի նիստեր՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցում լուծելու համար:
Նմուշի պահանջներ և առաքում
| Գրադարան | Հարթակ | Առաջարկվող տվյալներ | Տվյալների QC |
| Poly A հարստացված | Illumina PE150 | 16-20 Գբ | Q30≥85% |
Նմուշի պահանջներ.
Նուկլեոտիդներ:
| խտ. (նգ/մլ) | Գումարը (մկգ) | Մաքրություն | Անարատություն |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն: | Բույսերի համար՝ RIN≥6.5; Կենդանիների համար՝ RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության |
● Բույսեր.
Արմատ, ցողուն կամ ծաղկաթերթ՝ 450 մգ
Տերեւ կամ սերմ՝ 300 մգ
Պտուղ՝ 1,2 գ
● Կենդանի.
Սիրտ կամ աղիք՝ 450 մգ
Ներքին օրգաններ կամ ուղեղ՝ 240 մգ
Մկանները՝ 600 մգ
Ոսկորներ, մազեր կամ մաշկ՝ 1,5 գ
● հոդվածոտանիներ.
Թրթուրներ՝ 9գ
Խեցգետիններ՝ 450 մգ
● Ամբողջական արյուն.2 խողովակ
● Բջիջներ: 106 բջիջները
● Շիճուկ և պլազմա6 մլ
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Բեռնարկղ՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Բարձում:
1. Չոր սառույց. նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2. ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Փորձի ձևավորում
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Վաճառքից հետո ծառայություններ
Կենսաինֆորմատիկա
circRNA կանխատեսում. քրոմոսոմային բաշխում
Դիֆերենցիալ արտահայտված circRNAs – Հրաբխի գծապատկեր
Դիֆերենցիալ արտահայտված circRNAs – հիերարխիկ կլաստերավորում
circRNA-ի հյուրընկալող գեների ֆունկցիոնալ հարստացում
Բացահայտեք հետազոտական առաջընթացները, որոնք նպաստում են BMKGene-ի circRNA հաջորդականության ծառայությունների կողմից՝ հրատարակությունների համադրված հավաքածուի միջոցով:
Wang, X. et al.(2021) «CPSF4-ը կարգավորում է ցիրկՌՆԹ-ի ձևավորումը և միկրոՌՆԹ-ի միջնորդավորված գենի լռեցումը լյարդաբջջային քաղցկեղում», Oncogene 2021 40:25, 40(25), էջ 4338–4351:doi՝ 10.1038/s41388-021-01867-6:
Xia, K. et al.(2023) «X oo-արձագանքող տրանսկրիպտոմը բացահայտում է շրջանաձև RNA133-ի դերը հիվանդությունների դիմադրության մեջ՝ կարգավորելով OsARAB-ի արտահայտումը բրնձի մեջ», Phytopathology Research, 5(1), էջ 1–14:doi՝ 10.1186/S42483-023-00188-8/ՖԻԳՈՒՐԵՐ/6.
Y, H. et al.(2023) «CPSF3-ը մոդուլացնում է շրջանաձև և գծային տառադարձումների հավասարակշռությունը հեպատոցելուլյար քաղցկեղի դեպքում»:doi՝ 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1:
Zhang, Y. et al.(2023) «CircRNAs-ի համապարփակ գնահատումը ցիռոզային կարդիոմիոպաթիայում լյարդի փոխպատվաստումից առաջ և հետո», Միջազգային իմունոֆարմակոլոգիա, 114, էջ.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
