BMKCloud Log in
条形 banner-03

Ապրանքներ

Համեմատական ​​գենոմիկա

Համեմատական ​​գենոմիկա բառացիորեն նշանակում է համեմատել տարբեր տեսակների գենոմի ամբողջական հաջորդականությունները և կառուցվածքները:Այս կարգապահությունը նպատակ ունի բացահայտելու տեսակների էվոլյուցիան, գեների գործառույթը, գեների կարգավորման մեխանիզմը գենոմի մակարդակում՝ բացահայտելով տարբեր տեսակների մեջ պահպանված կամ տարբերակված հաջորդականության կառուցվածքները և տարրերը:Տիպիկ համեմատական ​​գենոմիկայի ուսումնասիրությունը ներառում է գենային ընտանիքի վերլուծություններ, էվոլյուցիոն զարգացում, ամբողջ գենոմի կրկնօրինակում, ընտրողական ճնշում և այլն:


Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ

Գործի ուսումնասիրությունը

Ծառայության առավելությունները

1Համեմատական-գենոմիկա

● Համապարփակ վերլուծությունների փաթեթ, որը պարունակում է ամենատարածված ութ վերլուծությունները

● Վերլուծության բարձր հուսալիություն՝ արդյունքների մանրամասն և հեշտությամբ հասկանալի մեկնաբանությամբ

● Հրապարակման համար պատրաստի լավ մշակված թվեր

● Բարձր որակավորում ունեցող բիոինֆորմատիկայի թիմը կատարում է անհատականացված վերլուծության տարբեր պահանջներ

● Շրջադարձի ավելի կարճ ժամանակ՝ վերլուծության ավելի բարձր ճշգրտությամբ

● 90-ից ավելի հաջող դեպքերի առատ փորձ՝ 900-ից ավելի կուտակային հրապարակված ազդեցության գործակցով

Ծառայության բնութագրերը

Շրջադարձի գնահատված ժամանակը

Տեսակների քանակը

Վերլուծություններ

30 աշխատանքային օր

6-12

Գենային ընտանիքի կլաստերավորում

Գենային ընտանիքի ընդլայնում և կրճատում

Ֆիլոգենետիկ ծառի կառուցում

Տարբերման ժամանակի գնահատում (պահանջվում է հանածոների չափաբերում)

LTR տեղադրման ժամանակը (բույսերի համար)

Ամբողջ գենոմի կրկնօրինակում (Բույսերի համար)

Ընտրովի ճնշում

Synteny վերլուծություն

Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ

● Գեների ընտանիք

● Ֆիլոգենետիկա

● Դիվերգենցիա ժամանակ

● Ընտրովի ճնշում

● Synteny վերլուծություն

流程图Համեմատական ​​գենոմիկա

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ.

Հյուսվածք կամ ԴՆԹ գենոմի հաջորդականության և հավաքման համար

Հյուսվածքի համար

Տեսակներ

Հյուսվածք

Հարցում

PacBio CCS

Կենդանական

Վիսցերալ հյուսվածք

0,5 ~ 1 գ

≥ 3,5 գ

Մկանային հյուսվածք

≥ 5.0 գ

≥ 5.0 մլ

Կաթնասունների արյուն

≥ 0,5 մլ

Թռչնի/Ձկան արյուն

Գործարան

Թարմ տերեւ

1 ~ 2 գ

≥ 5.0 գ

 

Ծաղկաթերթ/ցողուն

1 ~ 2 գ

≥ 10.0 գ

 

Արմատ/Սերմ

1 ~ 2 գ

≥ 20.0 գ

Բջիջներ

Մշակված բջիջ

-

≥ 1 x 108

Տվյալներ

Գենոմի հաջորդականության ֆայլեր (.fasta) և ծանոթագրությունների ֆայլեր (.gff3) սերտորեն կապված տեսակների

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

Նմուշ QC

Փորձի ձևավորում

նմուշի առաքում

Նմուշի առաքում

Գրադարանի պատրաստում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Տվյալների վերլուծություն

Հետո վաճառքի ծառայություններ

Վաճառքից հետո ծառայություններ


  • Նախորդը:
  • Հաջորդը:

  • *Այստեղ ցուցադրված ցուցադրական արդյունքները բոլորը Biomarker Technologies-ով հրապարակված գենոմներից են

    1.LTR ներդիրի ժամանակի գնահատում. Նկարը ցույց է տալիս եզակի երկմոդալ բաշխում LTR-RT-ների ներդրման ժամանակներում Weining տարեկանի գենոմում՝ համեմատած այլ տեսակների:Ամենավերջին գագաթը հայտնվել է մոտ 0,5 միլիոն տարի առաջ:

    3LTR-insertion-time-estimation-in-Weining-rye

    Լի Գուանգը և ուրիշներ,Բնության գենետիկա, 2021 թ

     

     

    2. Ֆիլոգենիա և գենային ընտանիքի վերլուծություն շայոտի վրա (Sechium edule): Վերլուծելով շայոտը և գենային ընտանիքի մյուս 13 հարակից տեսակները, պարզվեց, որ շայոտը ամենամոտ կապ ունի օձի դդմի հետ (Trichosanthes anguina):Շայոտը, որը ստացվել է օձի դդումից մոտ 27-45 Mya-ում և ամբողջ գենոմի կրկնօրինակումը (WGD) նկատվել է շայոտում 25±4 Mya-ում, որը WGD-ի երրորդ իրադարձությունն է cucuibitaceae-ում:

    4 Շայոտի ֆիլոգենետիկ ծառ

    Ֆու Ա և այլք,Այգեգործության հետազոտություն, 2021 թ

     

     

    3. Սինթենի վերլուծություն. Պտղի զարգացման մեջ ֆիտոհորմոնների հետ կապված որոշ գեներ հայտնաբերվել են շայոտի, օձի դդմի և դդմի մեջ:Չայոտի և դդմի հարաբերակցությունը մի փոքր ավելի բարձր է, քան շայոտի և օձի դդմի միջև:

    4 Շայոտի ֆիլոգենետիկ ծառ

    Ֆու Ա և այլք,Այգեգործության հետազոտություն, 2021 թ

     

     

    4. Գեների ընտանիքի վերլուծություն. G.thurberi և G.davidsonii գենոմներում գենային ընտանիքի ընդլայնման և կծկման վրա KEGG-ի հարստացումը ցույց տվեց, որ ստերոիդների կենսասինթեզի և բրասինոստերոիդների կենսասինթեզի հետ կապված գեները ընդլայնվել են:

    4 Շայոտի ֆիլոգենետիկ ծառ

    Յանգ Զ և այլք,BMC կենսաբանություն, 2021 թ

     

     

    5. Ամբողջ գենոմի կրկնօրինակման վերլուծություն. 4DTV և Ks բաշխման վերլուծությունը ցույց է տվել ամբողջ գենոմի կրկնօրինակման իրադարձությունը:Ներտեսակի գագաթները ցույց են տվել կրկնօրինակման իրադարձություններ:Միջտեսակի գագաթները ցույց են տալիս տեսակավորման իրադարձությունները:Վերլուծությունը ցույց տվեց, որ համեմատելով մյուս երեք սերտորեն կապված տեսակների հետ՝ O. europaea-ն վերջերս անցել է լայնածավալ գենային կրկնօրինակման միջով:

    4 Շայոտի ֆիլոգենետիկ ծառ

    Ռաո Գ և այլք,Այգեգործության հետազոտություն, 2021 թ

    BMK գործ

    Վարդ առանց փշոտի. գենոմային պատկերացումներ՝ կապված խոնավության հարմարվողականության հետ

    Հրապարակված է: National Science Review, 2021 թ

    Հերթականության ռազմավարություն.

    ― ԲեյսիԱնփուշ(Ռ.Վիչուրայնան) գենոմ.
    Մոտ.93 X PacBio + մոտ.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Հիմնական արդյունքներ

    1. Բարձր որակի R.wichuraiana գենոմը կառուցվել է երկար ընթերցված հաջորդականության տեխնիկայի միջոցով, որը տալիս է 530,07 Մբ հավաքույթ (գենոմի գնահատված չափը եղել է մոտավորապես 525,9 Մբ ըստ հոսքի ցիտոմետրիայի և 525,5՝ ըստ գենոմի հետազոտության, հետերոզիգոտությունը մոտ 03%) է:BUSCO-ի գնահատված միավորը կազմել է 93,9%:Համեմատելով «Old blush»-ի (haploOB) հետ՝ այս գենոմի որակն ու ամբողջականությունը հաստատվել է բազային մեկ հիմքի ճշգրտությամբ և LTR հավաքման ինդեքսով (LAI=20.03):R.wichuraiana գենոմը պարունակում է 32674 սպիտակուցային կոդավորման գեն:

    2. Multi-omics համատեղ վերլուծությունը, որը բաղկացած է համեմատական ​​գենոմիկայից, տրանսկրիպտոմիկայից, գենետիկ պոպուլյացիայի QTL վերլուծությունից, բացահայտեց R. wichuraiana-ի և Rosa chinensis-ի միջև կարևոր տեսակավորումը:Բացի այդ, QTL-ում հարակից գեների արտահայտման տատանումները հավանաբար կապված են ցողունի ցողունի ձևավորման հետ:

    7KEGG-հարստացում-գեների-ընտանիքի-ընդլայնում-և-կծկում

    Basye;s Thornless-ի և Rosa chinensis-ի համեմատական ​​գենոմիկայի վերլուծությունը, ներառյալ սինթենի անալիզը, գենային ընտանիքի կլաստերը, ընդարձակման և կծկման վերլուծությունը, բացահայտեց մեծ թվով տատանումներ, որոնք կապված էին վարդերի կարևոր հատկությունների հետ:NAC-ի և FAR1/FRS գեների ընտանիքում եզակի ընդլայնումը, հավանաբար, կապված է սև կետի նկատմամբ դիմադրության հետ:

    81 Համեմատական-գենոմիկա-վերլուծություններ-BT-and-OB-ի միջև 82 Համեմատական-գենոմիկա-վերլուծություններ-BT-and-OB-ի միջև 83 Համեմատական-գենոմիկա-վերլուծություններ-BT-and-OB-ի միջև

    Համեմատական ​​գենոմիկայի վերլուծություն BT և haploOB գենոմների միջև:

    Հղում

    Zhong, M., et al.«Վարդ առանց փշոտ. գենոմային պատկերացումներ՝ կապված խոնավության հարմարվողականության հետ»National Science Review, 2021;, nwab092.

    ստանալ մեջբերում

    Գրեք ձեր հաղորդագրությունը այստեղ և ուղարկեք այն մեզ

    Ուղարկեք ձեր հաղորդագրությունը մեզ.