Ապրանքներ

Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն - PacBio

Ամբողջական mRNA հաջորդականություն - PacBio Featured Image

De novoամբողջ երկարությամբ տրանսկրիպտոմային հաջորդականություն, որը նաև հայտնի է որպեսDe novoIso-Seq-ն օգտագործում է PacBio sequencer-ի առավելությունները ընթերցման երկարության մեջ, որը հնարավորություն է տալիս ամբողջ երկարությամբ cDNA մոլեկուլների հաջորդականությունը առանց ընդմիջումների:Սա լիովին խուսափում է տառադարձման հավաքման քայլերում առաջացած ցանկացած սխալներից և կառուցում է unigene հավաքածուներ իզոֆորմի մակարդակի լուծաչափով:Այս unigene հավաքածուն ապահովում է հզոր գենետիկական տեղեկատվություն՝ որպես «տեղեկատու գենոմ» տրանսկրիպտոմային մակարդակում:Բացի այդ, համակցվելով հաջորդ սերնդի հաջորդականության տվյալների հետ՝ այս ծառայությունը հնարավորություն է տալիս ճշգրիտ քանակականացնել իզոֆորմի մակարդակի արտահայտությունը:

Պլատֆորմ՝ PacBio Sequel II

Գրադարան՝ SMRT զանգի գրադարան

Կապ մեզ հետ

Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ

Գործի ուսումնասիրությունը

Ծառայության առավելությունները

● Ամբողջ երկարությամբ cDNA մոլեկուլի ուղղակի ընթերցում 3'- ծայրից մինչև 5'- վերջ

● Iso-form մակարդակի լուծում հաջորդականության կառուցվածքում

● Ձայնագրություններ բարձր ճշգրտությամբ և ամբողջականությամբ

● Խիստ համատեղելի է vaiours տեսակների հետ

● Հերթականացման մեծ հզորություն՝ հագեցած 4 PacBio Sequel II հաջորդականացման հարթակներով

● Բարձր փորձառություն Pacbio-ի վրա հիմնված ՌՆԹ-ի հաջորդականության 700 նախագծերում

● BMKCloud-ի վրա հիմնված արդյունքների առաքում. հարմարեցված տվյալների մշակում հասանելի է հարթակում:

● Վաճառքից հետո ծառայությունները գործում են 3 ամիս ծրագրի ավարտից հետո

Ծառայության բնութագրերը

Պլատֆորմ՝ PacBio Sequel II

Հերթականացման գրադարան. Poly A- հարստացված mRNA գրադարան

Տվյալների առաջարկվող ծավալը՝ 20 Գբ/նմուշ (կախված տեսակից)

FLNC (%): ≥75%

*FLNC. Ամբողջ երկարությամբ ոչ քիմերային տառադարձումներ

Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ

● Հում տվյալների մշակում

● Տրանսկրիպտի նույնականացում

● Հերթականության կառուցվածքը

● Արտահայտման քանակականացում

● Գործառույթի անոտացիա

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ.

Նուկլեոտիդներ:

խտ. (նգ/մլ)

Գումարը (մկգ)

Մաքրություն

Անարատություն

≥ 120

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն:

Բույսերի համար՝ RIN≥7.5;

Կենդանիների համար՝ RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության

Հյուսվածք՝ Քաշ (չոր):≥1 գ
*5 մգ-ից փոքր հյուսվածքի համար խորհուրդ ենք տալիս ուղարկել ֆլեշ սառեցված (հեղուկ ազոտի մեջ) հյուսվածքի նմուշ:

Բջջային կասեցում.Բջիջների քանակը = 3×10⁶- 1×10⁷
*Խորհուրդ ենք տալիս առաքել սառեցված բջիջների լիզատ:Այն դեպքում, երբ այդ բջիջը 5×10-ից փոքր է⁵, խորհուրդ է տրվում սառեցված հեղուկ ազոտի մեջ, որը նախընտրելի է միկրո արդյունահանման համար:

Արյան նմուշներ.Ծավալը≥1 մլ

Միկրոօրգանիզմ:Զանգվածը ≥ 1 գ

Առաջարկվող նմուշի առաքում

Բեռնարկղ:
2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)
Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Բարձում:

1. Չոր սառույց. նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2. ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

Փորձի ձևավորում

Նմուշի առաքում

ՌՆԹ արդյունահանում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Վաճառքից հետո ծառայություններ

Նախորդը: Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina

Հաջորդը: Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն-Նանոպոր

1.FLNC երկարության բաշխում

Ամբողջական ոչ քիմերական ընթերցման երկարությունը (FLNC) ցույց է տալիս cDNA-ի երկարությունը գրադարանի կառուցման մեջ:FLNC երկարության բաշխումը կարևոր ցուցանիշ է գրադարանի կառուցման որակը գնահատելու համար:

mRNA-FLNC-կարդալու-երկարության-բաշխում

FLNC ընթերցման երկարության բաշխում

2. Ամբողջական ORF շրջանի երկարության բաշխումը

Մենք օգտագործում ենք TransDecoder-ը՝ սպիտակուցների կոդավորման շրջանները և համապատասխան ամինաթթուների հաջորդականությունները կանխատեսելու համար՝ ունիգենային հավաքածուներ ստեղծելու համար, որոնք պարունակում են ամբողջական ոչ ավելորդ տառադարձման տեղեկատվություն բոլոր նմուշներում:

mRNA-Complete-ORF-length-distribution

Ամբողջական ORF շրջանի երկարության բաշխում

3.KEGG ճանապարհի հարստացման վերլուծություն

Դիֆերենցիալ արտահայտված տառադարձումները (DETs) կարող են նույնականացվել՝ NGS-ի վրա հիմնված ՌՆԹ-ի հաջորդականության տվյալները հավասարեցնելով PacBio-ի հաջորդականության տվյալների կողմից գեներացված ամբողջական տառադարձության հավաքածուների վրա:Այս DET-ները կարող են հետագայում մշակվել տարբեր ֆունկցիոնալ վերլուծության համար, օրինակ՝ KEGG ուղիների հարստացման վերլուծություն:

mRNA-DEG-KEGG-ուղի-հարստացում

DET KEGG ճանապարհի հարստացում - Կետային հողամաս

BMK գործ

Populus ցողունի տրանսկրիպտոմի զարգացման դինամիկան

Հրապարակված է: Plant Biotechnology Journal, 2019 թ

Հերթականության ռազմավարություն.
Նմուշի հավաքածու.ցողունային շրջաններ՝ գագաթ, առաջին միջհանգույց (IN1), երկրորդ միջհանգույց (IN2), երրորդ միջհանգույց (IN3), միջհանգույց (IN4) և միջհանգույց (IN5) Nanlin895-ից:
NGS-հաջորդականություն:15 անհատների ՌՆԹ-ն հավաքվել է որպես մեկ կենսաբանական նմուշ:Յուրաքանչյուր կետի երեք կենսաբանական կրկնօրինակը մշակվել է NGS հաջորդականության համար
TGS- հաջորդականությունը:Ցողունային շրջանները բաժանվել են երեք շրջանների, այսինքն՝ գագաթային, IN1-IN3 և IN4-IN5:Յուրաքանչյուր շրջան մշակվել է PacBio-ի հաջորդականացման համար չորս տեսակի գրադարաններով՝ 0-1 կբ, 1-2 կբ, 2-3 կբ և 3-10 կբ:

Հիմնական արդյունքներ

1. Ընդհանուր առմամբ բացահայտվել է 87150 լիամետրաժ արտագրություն, որոնցում բացահայտվել են 2081 նոր իզոֆորմներ և 62058 նոր այլընտրանքային զուգված իզոֆորմներ:
Հայտնաբերվել է 2,1187 lncRNA և 356 միաձուլման գեն:
3. Առաջնային աճից մինչև երկրորդական աճ, հայտնաբերվեցին 15838 դիֆերենցիալ արտահայտված տառադարձումներ 995 դիֆերենցիալ արտահայտված գեներից:Բոլոր DEG-ներում 1216-ը եղել են տրանսկրիպցիոն գործոններ, որոնց մեծ մասը դեռ չի հաղորդվել:
4.GO-ի հարստացման վերլուծությունը բացահայտեց բջիջների բաժանման և օքսիդացման-նվազեցման գործընթացի կարևորությունը առաջնային և երկրորդային աճի մեջ: