ԴՆԹ/ՌՆԹ հաջորդականացում – Նանոպորային հաջորդականացում
Ծառայության մանրամասների առանձնահատկություններ
| Հարթակ | Գրադարանի չափը | Տեսական տվյալների ստացում (յուրաքանչյուր բջջի համար) | Միաբազային ճշգրտություն | Դիմումներ |
| Նանոպոր | 8Կբ, 10կբ, 20կբ, գերերկար, cDNA-PCR | 70-90 Գբ/բջջային | 85-92% | SV կանչ, De novo, լրիվ երկարությամբ հաջորդականացում, Iso-Seq, գենային անոտացիա, ԴՆԹ մեթիլացման հայտնաբերում |
Ծառայության առավելությունները
● Ավելի քան 5 տարվա փորձ PacBio հաջորդականության հարթակում՝ հազարավոր փակ նախագծերով, որոնք ներառում են տարբեր տեսակներ։
● BMKGENE-ը Oxford Nanopore-ի պաշտոնական գործընկերն է՝ կրկնակի հարթակի RNA/DNA հավաստագրով։
● Կան սեկվենսորների հիմնական մոդելներ՝ ամբողջական սարքավորումներով և բավարար սեկվենավորման թողունակությամբ։
● Nanopore հարթակի վրա հիմնված, Denovo-ի կենդանիների և բույսերի վերաբերյալ ավելի քան 10 հետազոտություններ հրապարակվել են միջազգային ճանաչում ունեցող ամսագրերում։
Նմուշի պահանջներ
| Նմուշի տեսակը | Գումար | Կոնցենտրացիա (Qubit ®) | Հզորություն | Մաքրություն | Մյուսները |
| Գենոմային ԴՆԹ | Կախված տվյալների պահանջից | ≥20 նգ/մկլ | ≥15 մկլ | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; Մաքուր գագաթնակետ 260 նմ-ում, առանց աղտոտման | Կոնցենտրացիան պետք է չափվի Քուբիթով և Քուբիթ/Նանոպոր ≤ 2-ով։ |
| Ընդհանուր ՌՆԹ | ≥1.2 մկգ | ≥100 մկգ/մկլ | ≥15 մկլ | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5; աղտոտվածություն չկա | RIN արժեքը ≥7.5 |
Ծառայության աշխատանքային հոսք
Նմուշի պատրաստում
Գրադարանի կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Նախագծի իրականացում
ԴՆԹ նմուշի տվյալների որակի գնահատում
Աղյուսակ 1. Մաքուր տվյալների վիճակագրություն։
| BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | cleanN50Len | cleanN90Len | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28,014 | 15,764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
ՌՆԹ նմուշի տվյալների որակի գնահատում
Աղյուսակ 1. Մաքուր տվյալների վիճակագրություն։
| Ֆայլի անունը | Հաճախորդի ID | Կարդալ համարը | Հիմնական համար | N50 | Միջին երկարություն | Առավելագույն երկարություն | Միջին Q միավոր |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 | 452 | 129,227 | Հ12 |
Նկար 1. Կարդացված երկարության բաշխում
Նկար 2. Մաքուր տվյալների որակի գնահատման բաշխումը
Նկար 3. Մաքուր տվյալների երկարության և որակի գնահատման բաշխումը
