ԴՆԹ/ՌՆԹ հաջորդականություն – Նանոպորային հաջորդականություն
Ծառայության մանրամասների առանձնահատկությունները
| Հարթակ | Գրադարանի չափը | Տեսական տվյալների ստացում (մեկ բջջի հաշվով) | Մեկ բազայի ճշգրտություն | Դիմումներ |
| Նանոպոր | 8Kb, 10kb, 20kb, Ultralong, cDNA-PCR | 70-90 Գբ/բջջ | 85-92% | SV կանչ, De novo, Ամբողջական հաջորդականություն, Iso-Seq, Գենի անոտացիա, ԴՆԹ մեթիլացիայի հայտնաբերում |
Ծառայության առավելությունները
● Ավելի քան 5 տարվա փորձ PacBio հաջորդականացման հարթակում՝ տարբեր տեսակների հազարավոր փակ նախագծերով:
● BMKGENE-ը Oxford Nanopore-ի պաշտոնական գործընկերն է՝ երկակի հարթակ ՌՆԹ/ԴՆԹ հավաստագրմամբ:
● Գոյություն ունեն հաջորդականիչների հիմնական մոդելներ՝ ամբողջական սարքավորումներով և հաջորդականության բավարար թողունակությամբ:
● Nanopore հարթակի հիման վրա ավելի քան 10 կենդանիների և բույսերի Denovo հետազոտություններ հրապարակվել են միջազգային ճանաչում ունեցող ամսագրերում:
Նմուշի պահանջներ
| Նմուշի տեսակը | Գումարը | Համակենտրոնացում (Qubit ®) | Ծավալը | Մաքրություն | Մյուսները |
| Գենոմային ԴՆԹ | Կախված տվյալների պահանջից | ≥20 նգ/մլ | ≥15 մկլ | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230≥1.5; Մաքուր գագաթնակետը 260 նմ, առանց աղտոտման | Համակենտրոնացումը պետք է չափվի Qubit-ով և Qubit/Nanopore ≤ 2-ով |
| Ընդհանուր ՌՆԹ | ≥1,2 մկգ | ≥100 մկգ/մլ | ≥15 մկլ | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；աղտոտվածություն չկա | RIN արժեքը ≥7,5 |
Ծառայությունների աշխատանքային հոսք
Նմուշի պատրաստում
Գրադարանի կառուցում
Հերթականություն
Տվյալների վերլուծություն
Ծրագրի առաքում
ԴՆԹ-ի նմուշի տվյալների որակի գնահատում
Աղյուսակ 1. Վիճակագրություն մաքուր տվյալների վերաբերյալ:
| BMKID | rawSeqNum | rawSumBase | cleanSeqNum | cleanSumBase | մաքուրN50Լեն | մաքուրN90Լեն | cleanMeanLen | cleanMaxLen | cleanMeanQual |
| DNA_BMK01 | 1,218,239 | 26.37 | 1,121,736 | 25.90 | 28014 | 15764 | 23,090 | 143,181 | 9 |
ՌՆԹ-ի նմուշի տվյալների որակի գնահատում
Աղյուսակ 1. Վիճակագրություն մաքուր տվյալների վերաբերյալ:
| Ֆայլի անունը | Հաճախորդի ID | Կարդալ Թվ | BaseNum | N50 | Միջին երկարություն | MaxLength | MeanQscore |
| RNA_BMK001 | C2 | 8,947,708 | 4,047,230,083 | 398 թ | 452 | 129,227 | Q12 |
Նկար 1. Կարդացեք երկարության բաշխումը
Նկար 2. Մաքուր տվյալների որակի բաշխում
Նկար 3. Մաքուր տվյալների երկարությունը և որակի բաշխումը
