BMKCloud Log in
条形 banner-03

Ապրանքներ

Էվոլյուցիոն գենետիկա

Էվոլյուցիոն գենետիկան փաթեթավորված հաջորդականության ծառայություն է, որը նախատեսված է տվյալ նյութերի էվոլյուցիոն տեղեկատվության համապարփակ մեկնաբանություն տրամադրելու համար՝ հիմնված գենետիկ տատանումների վրա, ներառյալ SNP-ները, InDels-ը, SV-ները և CNV-ները:Այն տրամադրում է բոլոր հիմնարար վերլուծությունները, որոնք անհրաժեշտ են պոպուլյացիաների էվոլյուցիոն փոփոխությունները և գենետիկական առանձնահատկությունները նկարագրելու համար, ինչպիսիք են պոպուլյացիայի կառուցվածքը, գենետիկական բազմազանությունը, ֆիլոգենային հարաբերությունները և այլն:


Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ

Գործի ուսումնասիրությունը

Ծառայության առավելությունները

1 Էվոլյուցիոն գենետիկա

Takagi et al.,Բույսերի ամսագիր, 2013 թ

● Տեսակների դիվերգենցիայի ժամանակի և արագության գնահատում` հիմնված նուկլեոտիդների և ամինաթթուների մակարդակի տատանումների վրա
● Տեսակների միջև ավելի հուսալի ֆիլոգենետիկ կապի բացահայտում կոնվերգենտ էվոլյուցիայի և զուգահեռ էվոլյուցիայի նվազագույն ազդեցությամբ
● Գենետիկական փոփոխությունների և ֆենոտիպերի միջև կապի ստեղծում՝ գծերի հետ կապված գեները բացահայտելու համար
● Գենետիկական բազմազանության գնահատում, որն արտացոլում է տեսակների էվոլյուցիոն ներուժը
● Ավելի արագ շրջադարձային ժամանակ
● Մեծ փորձ. BMK-ն կուտակել է զանգվածային փորձ բնակչության և էվոլյուցիոն ոլորտի հետ կապված նախագծերում ավելի քան 12 տարի՝ ընդգրկելով հարյուրավոր տեսակներ և այլն, և մասնակցել է ավելի քան 80 բարձր մակարդակի նախագծերին, որոնք հրապարակվել են Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal և այլն:

Ծառայության բնութագրերը

Նյութեր:

Սովորաբար առաջարկվում է առնվազն երեք ենթապոպուլյացիաներ (օրինակ՝ ենթատեսակներ կամ շտամներ):Յուրաքանչյուր ենթապոպուլյացիան պետք է պարունակի ոչ պակաս, քան 10 առանձնյակ (բույսեր >15, կարող են կրճատվել հազվագյուտ տեսակների համար):

Հերթականության ռազմավարություն.

* WGS-ը կարող է կիրառվել բարձրորակ հղման գենոմով տեսակների համար, մինչդեռ SLAF-Seq-ը կիրառելի է կամ տեղեկատու գենոմով կամ առանց տեղեկատու գենոմով, կամ ցածր որակի տեղեկատու գենոմով տեսակների համար:

Կիրառելի է գենոմի չափի համար

WGS

SLAF-Տեգեր (×10000)

≤ 500 Մբ

10×/անհատ

WGS-ն ավելի խորհուրդ է տրվում

500 Մբ - 1 Գբ

10

1 Գբ - 2 Գբ

20

≥2 Գբ

30

Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ

● Էվոլյուցիոն վերլուծություն

● Ընտրովի մաքրում

● Գենային հոսք

● Ժողովրդագրական պատմություն

● Դիվերգենցիա ժամանակ

էվոլյուցիոն 2

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ.

 

Տեսակներ

 Հյուսվածք

WGS-NGS

SLAF

Կենդանական

 

  

Վիսցերալ հյուսվածք

 

0,5-1 գ

 

 

0,5 գ

 

 

 Մկանային հյուսվածք

Կաթնասունների արյուն

 

1,5 մլ

 

 

1,5 մլ

 

Թռչնի/Ձկան արյուն

Գործարան

  

  Թարմ տերեւ    

1~2 գ

   

0,5-1 գ

 Ծաղկաթերթ/ցողուն
  Արմատ/Սերմ
 

Բջիջներ

  Մշակված բջիջ    

 

gDNA

Համակենտրոնացում
(ng/ul)

Գումարը

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

-

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

Նմուշ QC

Փորձի ձևավորում

նմուշի առաքում

Նմուշի առաքում

Գրադարանի պատրաստում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Տվյալների վերլուծություն

Հետո վաճառքի ծառայություններ

Վաճառքից հետո ծառայություններ


  • Նախորդը:
  • Հաջորդը:

  • *Այստեղ ցուցադրված ցուցադրական արդյունքները բոլորը BMKGENE-ով հրապարակված գենոմներից են

    1. Էվոլյուցիոն վերլուծությունը պարունակում է ֆիլոգենետիկ ծառի, պոպուլյացիայի կառուցվածքի և PCA-ի կառուցում՝ հիմնված գենետիկ տատանումների վրա:

    Ֆիլոգենետիկ ծառը ներկայացնում է ընդհանուր նախահայր ունեցող տեսակների տաքսոնոմիկ և էվոլյուցիոն հարաբերությունները:
    PCA-ն նպատակ ունի պատկերացնել ենթապոպուլյացիաների միջև մտերմությունը:
    Բնակչության կառուցվածքը ցույց է տալիս գենետիկորեն տարբեր ենթապոպուլյացիայի առկայությունը ալելների հաճախականության առումով:

    3-1Ֆիլոգենետիկ-ծառ 3-2PCA 3-3Բնակչություն-կառույց

    Չենը և այլն:ալ.,PNAS, 2020 թ

    2. Ընտրովի ավլում

    Ընտրովի մաքրումը վերաբերում է մի գործընթացին, որով ընտրվում է շահավետ կայք և ավելանում են կապված չեզոք կայքերի հաճախականությունները, իսկ չկապակցված կայքերի հաճախականությունը նվազում է, ինչը հանգեցնում է տարածաշրջանի կրճատմանը:

    Ընտրովի մաքրման շրջաններում գենոմի հայտնաբերումը մշակվում է՝ հաշվարկելով բոլոր SNP-ների բնակչության գենետիկական ինդեքսը (π,Fst, Tajima's D) սահող պատուհանում (100 Կբ) որոշակի քայլում (10 Կբ):

    Նուկլեոտիդների բազմազանություն (π)
    4 Նուկլեոտիդային բազմազանություն (π)

    Տաջիմայի Դ
    5Տաջիմա-Դ

    Ֆիքսացիոն ինդեքս (Fst)

    6 Fixation-index (Fst)

    Վու, և.ալ.,Մոլեկուլային գործարան, 2018 թ

    3. Gene Flow

    7 Գեն-հոսք

    Վու, և.ալ.,Մոլեկուլային գործարան, 2018 թ

    4. Ժողովրդագրական պատմություն

    8 Ժողովրդագրական-պատմ

    Ժանգը և այլն։ալ.,Բնության էկոլոգիա և էվոլյուցիա, 2021 թ

    5. Շեղման ժամանակը

    9 Տարբերություն-ժամանակ

    Ժանգը և այլն։ալ.,Բնության էկոլոգիա և էվոլյուցիա, 2021 թ

    BMK գործ

    Գենոմային տատանումների քարտեզը պատկերացումներ է տալիս գարնանային չինական կաղամբի (Brassica rapa ssp. Pekinensis) ընտրության գենետիկական հիմքի մասին:

    Հրապարակված է: Մոլեկուլային գործարան, 2018 թ

    Հերթականության ռազմավարություն.

    Resequencing՝ հաջորդականության խորությունը՝ 10×

    Հիմնական արդյունքներ

    Այս հետազոտության ընթացքում 194 չինական կաղամբ վերամշակվել է 10× միջին խորությամբ վերասարքավորման համար, որը տվել է 1,208,499 SNP և 416,070 InDels:Այս 194 տողերի ֆիլոգենետիկ վերլուծությունը ցույց է տվել, որ այդ գծերը կարելի է բաժանել երեք էկոտիպերի՝ գարնանային, ամառային և աշնանային:Բացի այդ, բնակչության կառուցվածքը և PCA-ի վերլուծությունը ցույց տվեցին, որ գարնանային չինական կաղամբը ծագել է Չինաստանի Շանդուն քաղաքի աշնանային կաղամբից:Հետագայում դրանք ներմուծվեցին Կորեա և Ճապոնիա, խաչվեցին տեղական գծերի հետ, և դրանցից որոշ ուշ պտտվող սորտեր վերադարձվեցին Չինաստան և վերջապես դարձան գարնանային չինական կաղամբ:

    Գարնանային չինական կաղամբների և աշնանային կաղամբների վրա գենոմի սկանավորումը բացահայտեց 23 գենոմային տեղանքներ, որոնք անցել են ուժեղ ընտրության միջով, որոնցից երկուսը համընկնում էին պտտման ժամանակի վերահսկման շրջանի հետ՝ հիմնված QTL-ի քարտեզագրման վրա:Պարզվել է, որ այս երկու շրջանները պարունակում են հիմնական գեներ, որոնք կարգավորում են ծաղկումը` BrVIN3.1 և BrFLC1:Այս երկու գեները հետագայում հաստատվել են, որ ներգրավված են պտտման ժամանակում՝ տրանսկրիպտոմային ուսումնասիրության և տրանսգենային փորձերի միջոցով:

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Բնակչության կառուցվածքի վերլուծություն չինական կաղամբի վրա

    PB- լիամետրաժ-ՌՆԹ-այլընտրանքային-splicing

    Գենետիկական տեղեկատվություն չինական կաղամբի ընտրության վերաբերյալ

     
    Հղում

    Tongbing, et al.«Գենոմային տատանումների քարտեզը պատկերացումներ է տալիս գարնանային չինական կաղամբի (Brassica rapa ssp.pekinensis) ընտրության գենետիկ հիմքի վերաբերյալ»:Մոլեկուլային բույսեր,11 (2018):1360-1376 թթ.

    ստանալ մեջբերում

    Գրեք ձեր հաղորդագրությունը այստեղ և ուղարկեք այն մեզ

    Ուղարկեք ձեր հաղորդագրությունը մեզ.