Ապրանքներ

Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն-Նանոպոր

Ամբողջական մՌՆԹ-ի հաջորդականացում-Նանոպորային ընդգծված պատկեր

ՌՆԹ-ի հաջորդականությունը անգնահատելի գործիք է եղել տրանսկրիպտոմի համապարփակ վերլուծության համար:Անկասկած, ավանդական կարճ ընթերցման հաջորդականությունը այստեղ բազմաթիվ կարևոր զարգացումների է հասել:Այնուամենայնիվ, այն հաճախ հանդիպում է սահմանափակումների ամբողջ երկարությամբ իզոֆորմների նույնականացման, քանակականացման, PCR կողմնակալության մեջ:

Nanopore sequencing-ը տարբերվում է հաջորդականության այլ հարթակներից, քանի որ նուկլեոտիդները ընթերցվում են ուղղակիորեն առանց ԴՆԹ-ի սինթեզի և առաջացնում են երկար ընթերցումներ տասնյակ կիլոբազաներով:Սա հնարավորություն է տալիս ուղիղ ընթերցմամբ հատել ամբողջական տառադարձումները և հաղթահարել իզոֆորմ մակարդակի ուսումնասիրությունների մարտահրավերները:

Հարթակ:Nanopore PromethION

Գրադարան:cDNA-PCR

Կապ մեզ հետ

Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ

Գործի ուսումնասիրությունը

Ծառայության առավելությունները

● Ցածր հաջորդականության կողմնակալություն

● Ամբողջական cDNA մոլեկուլների բացահայտում

● Ավելի քիչ տվյալներ են պահանջվում նույն թվով տառադարձումների համար

● Մեկ գենի համար բազմաթիվ իզոֆորմների նույնականացում

● Արտահայտման քանակականացում իզոֆորմ մակարդակում

Ծառայության բնութագրերը

Գրադարան

Հարթակ

Տվյալների առաջարկվող ծավալը (Գբ)

Որակի հսկողություն

cDNA-PCR (Poly-A հարստացված)

Nanopore PromethION P48

6 Գբ/նմուշ (կախված տեսակից)

Ամբողջ երկարության հարաբերակցությունը (70%)

Միջին որակի միավոր՝ Q10

Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ

●Հում տվյալների մշակում

● Տրանսկրիպտի նույնականացում

● Այլընտրանքային միացում

● Արտահայտման քանակականացում գենի մակարդակում և իզոֆորմի մակարդակում

● Դիֆերենցիալ արտահայտությունների վերլուծություն

● Ֆունկցիայի անոտացիա և հարստացում (DEGs և DETs)

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ.

Նուկլեոտիդներ:

խտ. (նգ/մլ)

Գումարը (մկգ)

Մաքրություն

Անարատություն

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Գելի վրա ցուցադրված է սպիտակուցի կամ ԴՆԹ-ի սահմանափակ կամ ոչ աղտոտվածություն:

Բույսերի համար՝ RIN≥7.0;

Կենդանիների համար՝ RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

սահմանափակ կամ առանց բազային բարձրության

Հյուսվածք՝ Քաշ (չոր)՝ ≥1 գ

*5 մգ-ից փոքր հյուսվածքի համար խորհուրդ ենք տալիս ուղարկել ֆլեշ սառեցված (հեղուկ ազոտի մեջ) հյուսվածքի նմուշ:

Բջջային կասեցում. բջիջների քանակը = 3×10⁶- 1×10⁷

*Խորհուրդ ենք տալիս առաքել սառեցված բջիջների լիզատ:Այն դեպքում, երբ այդ բջիջը 5×10-ից փոքր է⁵, խորհուրդ է տրվում սառեցված հեղուկ ազոտի մեջ, որը նախընտրելի է միկրո արդյունահանման համար:

Արյան նմուշներ՝ Ծավալ≥1 մլ

Առաջարկվող նմուշի առաքում

Բեռնարկղ՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագե փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում)

Նմուշի պիտակավորում. Խումբ+կրկնօրինակ, օրինակ՝ A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...

Առաքում. 2, չոր սառույց: Նմուշները պետք է փաթեթավորվեն տոպրակների մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:

ՌՆԹ կայուն խողովակներ. ՌՆԹ-ի նմուշները կարելի է չորացնել ՌՆԹ կայունացնող խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկել սենյակային ջերմաստիճանում:

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

Նուկլեոտիդներ:

Նմուշի առաքում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Վաճառքից հետո ծառայություններ

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

Հյուսվածք:

Փորձի ձևավորում

Նմուշի առաքում

ՌՆԹ արդյունահանում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Վաճառքից հետո ծառայություններ

Նախորդը: Ամբողջ երկարությամբ mRNA հաջորդականություն - PacBio

Հաջորդը: 10x Genomics Visium Spatial Transcriptome

1.Դիֆերենցիալ արտահայտությունների վերլուծություն - Հրաբխի սյուժե

Դիֆերենցիալ էքսպրեսիայի վերլուծությունը կարող է մշակվել ինչպես գենային մակարդակում՝ տարբերակված արտահայտված գեները (DEGs) նույնականացնելու համար, այնպես էլ իզոֆորմ մակարդակում՝ տարբերակված ճանաչելու համար:

3 (1)

արտահայտված արտագրություններ (DETs)

2.Հիերարխիկ կլաստերային ջերմային քարտեզ

3. Այլընտրանքային միացման նույնականացում և դասակարգում

Astalavista-ի կողմից կարելի է կանխատեսել այլընտրանքային միացման իրադարձությունների հինգ տեսակներ:

4.Այլընտրանքային պոլի-ադենիլացման (APA) իրադարձությունների նույնականացում և մոտիվ 50 bp-ով պոլի-Ա-ի վերևում

BMK գործ

Այլընտրանքային միացման նույնականացում և իզոֆորմի մակարդակի քանակականացում՝ նանոպորով լի երկարությամբ տրանսկրիպտոմի հաջորդականությամբ

Հրապարակված է:Nature Communications, 2020 թ

Հերթականության ռազմավարություն.

Խմբավորում՝ 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (K700E մուտացիա);3. Նորմալ B-բջիջներ

Հերթականավորման ռազմավարություն. MinION 2D գրադարանների հաջորդականություն, PromethION 1D գրադարանների հաջորդականություն;կարճ ընթերցված տվյալներ նույն նմուշներից

Հերթականության հարթակ՝ Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

Հիմնական արդյունքներ

1.Isoform մակարդակի այլընտրանքային Splicing նույնականացում

Երկար ընթերցված հաջորդականությունները թույլ են տալիս նույնականացնել մուտանտ SF3B1-ը^K700E- փոփոխված միացման վայրերը իզոֆորմի մակարդակում:Պարզվել է, որ 35 այլընտրանքային 3'SS և 10 այլընտրանքային 5'SS-ներ էականորեն տարբերվում են SF3B1-ի միջև:^K700Eև SF3B1^WT.35 փոփոխություններից 33-ը նոր են հայտնաբերվել երկար կարդացված հաջորդականությամբ:

2. Իզոֆորմ մակարդակի այլընտրանքային միացման քանակականացում

Ինտրոնի պահպանման (IR) իզոֆորմների արտահայտությունը SF3B1-ում^K700Eև SF3B1^WTՔանակականացվել են նանոպորների հաջորդականությունների հիման վրա՝ բացահայտելով IR իզոֆորմների գլոբալ ցածր կարգավորում SF3B1-ում^K700E.

Հղում

Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Քրոնիկ լիմֆոցիտային լեյկեմիայի ժամանակ SF3B1 մուտացիայի ամբողջական տառադարձման բնութագրումը բացահայտում է պահպանված ինտրոնների [J] անկարգավորումը:Բնության հաղորդակցություններ.