Լիարժեք երկարությամբ mRNA հաջորդականացում - Nanopore
Հատկանիշներ
● Պոլի-A mRNA-ի կլանումը, որին հաջորդում է կԴՆԹ-ի սինթեզը և գրադարանի պատրաստումը
● Ամբողջական տառադարձությունների հաջորդականացում
● Կենսաինֆորմատիկ վերլուծություն՝ հիմնված հղման գենոմի հետ համապատասխանեցման վրա
● Կենսաինֆորմատիկ վերլուծությունը ներառում է ոչ միայն գեների և իզոֆորմների մակարդակով արտահայտությունը, այլև lncRNA-ի, գեների միաձուլումների, պոլիադենիլացման և գեների կառուցվածքի վերլուծությունը։
Ծառայության առավելությունները
●Էքսպրեսիայի քանակականացումը իզոֆորմ մակարդակումհնարավորություն է տալիս մանրամասն և ճշգրիտ վերլուծել գենի արտահայտությունը, բացահայտելով այն փոփոխությունները, որոնք կարող են քողարկվել գեների ամբողջական արտահայտությունը վերլուծելիս։
●Տվյալների պահանջարկի նվազեցում.Հաջորդ սերնդի հաջորդականացման (NGS) համեմատ, նանոփոսերի հաջորդականացումը ցուցաբերում է ավելի ցածր տվյալների պահանջներ, ինչը թույլ է տալիս ավելի փոքր տվյալներով ապահովել գեների արտահայտման քանակականացման համարժեք մակարդակներ։
●Արտահայտման քանակական որոշման ավելի բարձր ճշգրտությունինչպես գեների, այնպես էլ իզոֆորմների մակարդակում
●Լրացուցիչ տրանսկրիպտոմիկ տեղեկատվության նույնականացումայլընտրանքային պոլիադենիլացում, միաձուլման գեներ և lcnRNA և դրանց թիրախային գեները
●Լայնածավալ փորձագիտությունՄեր թիմը հարուստ փորձ է ներդնում յուրաքանչյուր նախագծում՝ ավարտելով ավելի քան 850 Nanopore լիամետրաժ տրանսկրիպտոմային նախագծեր և մշակելով ավելի քան 8000 նմուշ։
●Հետվաճառքային աջակցությունՄեր պարտավորությունը տարածվում է նախագծի ավարտից հետո՝ 3 ամսվա վաճառքից հետո սպասարկմամբ։ Այս ընթացքում մենք առաջարկում ենք նախագծի հետևողականություն, խնդիրների լուծման աջակցություն և հարց ու պատասխանի հանդիպումներ՝ արդյունքների հետ կապված ցանկացած հարցի պատասխանելու համար։
Նմուշի պահանջներ և առաքում
| Գրադարան | Հաջորդականության ռազմավարություն | Առաջարկվող տվյալներ | Որակի վերահսկողություն |
| Պոլի A-ով հարստացված | Նանոպորային ՊրոմեթԻՈՆ 48 | 6/12 Գբ | Միջին որակի գնահատական՝ Q10 |
Նմուշի պահանջներ՝
Նուկլեոտիդներ՝
| Կոնցենտրացիա (նգ/մկլ) | Քանակը (մկգ) | Մաքրություն | Անկեղծություն |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Գելի վրա սպիտակուցային կամ ԴՆԹ աղտոտվածություն չկա կամ սահմանափակ է։ | Բույսերի համար՝ RIN≥7.0; Կենդանիների համար՝ RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; սահմանափակ կամ բացակայում է սկզբնական բարձրությունը |
● Բույսեր։
Արմատ, ցողուն կամ թերթիկ՝ 450 մգ
Տերև կամ սերմ՝ 300 մգ
Մրգեր՝ 1.2 գ
● Կենդանի։
Սիրտ կամ աղիքներ՝ 300 մգ
Ներքին օրգաններ կամ ուղեղ՝ 240 մգ
Մկաններ՝ 450 մգ
Ոսկորներ, մազեր կամ մաշկ՝ 1 գ
● Հոդվածոտանիներ։
Միջատներ՝ 6 գ
Խեցգետնակերպեր՝ 300 մգ
● Ամբողջական արյուն: 1 խողովակ
● Բջիջներ: 106 բջիջներ
Առաջարկվող նմուշի առաքում
Տարա՝ 2 մլ ցենտրիֆուգային խողովակ (անագ փայլաթիթեղը խորհուրդ չի տրվում օգտագործել)
Նմուշային պիտակավորում՝ Խմբավորել+կրկնօրինակել, օրինակ՝ A1, A2, A3; B1, B2, B3:
Առաքում:
1. Չոր սառույց. Նմուշները պետք է փաթեթավորվեն պարկերի մեջ և թաղվեն չոր սառույցի մեջ:
2. ՌՆԹ-կայուն խողովակներ. ՌՆԹ նմուշները կարող են չորացվել ՌՆԹ կայունացման խողովակում (օրինակ՝ RNAstable®) և ուղարկվել սենյակային ջերմաստիճանում:
Ծառայության աշխատանքային հոսք
Նուկլեոտիդներ՝
Նմուշի առաքում
Գրադարանի կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Հետվաճառքային ծառայություններ
Ծառայության աշխատանքային հոսք
Հյուսվածք:
Փորձի դիզայն
Նմուշի առաքում
ՌՆԹ-ի արդյունահանում
Գրադարանի կառուցում
Հաջորդականացում
Տվյալների վերլուծություն
Հետվաճառքային ծառայություններ
● Հում տվյալների մշակում
● Տառադարձման նույնականացում
● Այլընտրանքային միացում
● Էքսպրեսիայի քանակականացում գենային և իզոֆորմային մակարդակներում
● Դիֆերենցիալ արտահայտչական վերլուծություն
● Ֆունկցիայի նշում և հարստացում (DEG և DET)
Այլընտրանքային սփլայսինգի վերլուծություն
Այլընտրանքային պոլիադենիլացման վերլուծություն (APA)
lncRNA կանխատեսում
Նոր գեների անոտացիա
DET-ների կլաստերացում
Սպիտակուց-սպիտակուցային ցանցեր DEG-ներում
Ուսումնասիրեք BMKGene-ի Nanopore լիարժեք mRNA հաջորդականության ծառայությունների կողմից իրականացվող առաջընթացները՝ հրապարակումների ընտրված հավաքածուի միջոցով։
Գոնգ, Բ. և այլք (2023) «FAM20C սեկրետոր կինազի էպիգենետիկ և տրանսկրիպցիոն ակտիվացումը որպես գլիոմայի ուռուցքածին», Գենետիկայի և գենոմիկայի հանդես, 50(6), էջ 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Հե, Զ. և այլք (2023) «IFN-γ-ին արձագանքող լիմֆոցիտների լրիվ երկարությամբ տրանսկրիպտոմային հաջորդականացումը բացահայտում է Th1-շեղված իմունային պատասխանը լեզվաձկան (Paralichthys olivaceus) մոտ», Ձկների և խեցգետնակերպերի իմունոլոգիա, 134, էջ 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Մա, Յ. և այլք (2023) «PacBio և ONT RNA հաջորդականության մեթոդների համեմատական վերլուծություն Nemopilema Nomurai թույնի նույնականացման համար», Genomics, 115(6), էջ 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Յու, Դ. և այլք (2023) «Նանոհաջորդական վերլուծությունը բացահայտում է hUMSC-ից ստացված էկզոսոմների և միկրովեզիկուլների միջև տարբեր ֆունկցիոնալ միտումներ», Ցողունային բջիջների հետազոտություն և թերապիա, 14(1), էջեր 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
