BMKCloud Log in
条形 banner-03

Ապրանքներ

Metagenomic Sequencing-Nanopore

Մետագենոմիկան մոլեկուլային գործիք է, որն օգտագործվում է շրջակա միջավայրի նմուշներից արդյունահանված խառը գենոմային նյութերը վերլուծելու համար, որը մանրամասն տեղեկատվություն է տրամադրում տեսակների բազմազանության և առատության, պոպուլյացիայի կառուցվածքի, ֆիլոգենետիկ հարաբերությունների, ֆունկցիոնալ գեների և շրջակա միջավայրի գործոնների հետ հարաբերակցության ցանցի և այլնի վերաբերյալ: դեպի մետագենոմիական հետազոտություններ։Ընթերցման երկարության մեջ նրա հիանալի կատարողականությունը մեծապես բարելավեց հոսքի մետագենոմիկ վերլուծությունը, հատկապես մետագենոմի հավաքումը:Օգտվելով կարդալու երկարության առավելություններից՝ Nanopore-ի վրա հիմնված մետագենոմիական ուսումնասիրությունը կարող է հասնել ավելի շարունակական հավաքման՝ համեմատած հրացանի մետագենոմիկայի հետ:Հրապարակվել է, որ Nanopore-ի վրա հիմնված մետագենոմիկան հաջողությամբ ստեղծել է ամբողջական և փակ բակտերիալ գենոմներ միկրոբիոմներից (Moss, EL, et. al.,Nature Biotech, 2020)

Հարթակ:Nanopore PromethION P48


Ծառայության մանրամասները

Դեմո արդյունքներ

BMK գործ

Ծառայության առավելությունները

● Բարձրորակ հավաքում- Տեսակների նույնականացման և ֆունկցիոնալ գեների կանխատեսման ճշգրտության բարձրացում

● Բակտերիալ գենոմի փակ մեկուսացում

● Ավելի հզոր և հուսալի կիրառություն տարբեր ոլորտներում, օրինակ՝ պաթոգեն միկրոօրգանիզմների կամ հակաբիոտիկների նկատմամբ դիմադրողականության հետ կապված գեների հայտնաբերում

● Համեմատական ​​մետագենոմի վերլուծություն

Ծառայության բնութագրերը

 Հարթակ

Հերթականություն

Առաջարկվող տվյալներ

Շրջադարձի ժամանակը

Նանոպոր

ՕՆՏ

6 Գ/10 Գ

65 աշխատանքային օր

Կենսաինֆորմատիկական վերլուծություններ

● Հում տվյալների որակի վերահսկում

● Մետագենոմի հավաքում

● Ոչ ավելորդ գեների հավաքածու և անոտացիա

● Տեսակների բազմազանության վերլուծություն

● Գենետիկ ֆունկցիաների բազմազանության վերլուծություն

● Միջխմբային վերլուծություն

● Ասոցիացիայի վերլուծություն փորձարարական գործոնների դեմ

նանոփորիկ

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ և առաքում

Նմուշի պահանջներ.   

ՀամարԴՆԹ-ի քաղվածքներ:

Նմուշի տեսակը

Գումարը

Համակենտրոնացում

Մաքրություն

ԴՆԹ-ի քաղվածքներ

1-1,5 մկգ

> 20 նգ/մլ

OD260/280= 1,6-2,5

Բնապահպանական նմուշների համար.

Նմուշի տեսակը

Առաջարկվող նմուշառման կարգը

Հող

Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Մնացած չորացած նյութը պետք է հեռացվի մակերեսից.Մանրացրեք խոշոր կտորները և անցեք 2 մմ ֆիլտրով;Առանձին նմուշներ ստերիլ EP-խողովակում կամ ցիրոխողովակում ամրագրման համար:

Կղանք

Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և տարանջատեք նմուշները ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար:

Աղիքային պարունակությունը

Նմուշները պետք է մշակվեն ասեպտիկ պայմաններում:Լվացեք հավաքված հյուսվածքը PBS-ով;Ցենտրիֆուգեք PBS-ը և հավաքեք նստվածքը EP-խողովակներում:

տիղմ

Նմուշառման քանակը՝ մոտ.5 գ;Հավաքեք և բաժանեք տիղմի նմուշը ստերիլ EP-խողովակում կամ կրիոտողովակում՝ ամրագրման համար

Ջրային մարմին

Մանրէների սահմանափակ քանակով նմուշի համար, ինչպիսիք են ծորակից ջուրը, ջրհորի ջուրը և այլն, հավաքեք առնվազն 1 լ ջուր և անցեք 0,22 մկմ ֆիլտրով՝ թաղանթի վրա մանրէները հարստացնելու համար:Պահպանեք թաղանթը ստերիլ խողովակի մեջ:

Մաշկ

Զգուշորեն քերեք մաշկի մակերեսը ստերիլ բամբակյա շվաբրով կամ վիրահատական ​​շեղբով և դրեք այն ստերիլ խողովակի մեջ:

Առաջարկվող նմուշի առաքում

Նմուշները սառեցրեք հեղուկ ազոտի մեջ 3-4 ժամ և պահեք հեղուկ ազոտում կամ -80 աստիճանով մինչև երկարաժամկետ պահպանում:Պահանջվում է նմուշի առաքում չոր սառույցով:

Ծառայությունների աշխատանքային հոսք

նմուշի առաքում

Նմուշի առաքում

Գրադարանի պատրաստում

Գրադարանի կառուցում

Հերթականություն

Հերթականություն

Տվյալների վերլուծություն

Տվյալների վերլուծություն

Հետո վաճառքի ծառայություններ

Վաճառքից հետո ծառայություններ


  • Նախորդը:
  • Հաջորդը:

  • 1. Ջերմային քարտեզ. Տեսակների հարստության կլաստերավորում32. Ֆունկցիոնալ գեներ, որոնք նշում են KEGG նյութափոխանակության ուղիները43. Տեսակների հարաբերակցության ցանց54. CARD հակաբիոտիկների դիմադրության գեների ցիրկոսներ
    6

    BMK գործ

    Nanopore metagenomics-ը թույլ է տալիս արագ կլինիկական ախտորոշել ստորին շնչուղիների բակտերիալ վարակը

    Հրապարակված է:Բնության կենսատեխնոլոգիա, 2019 թ

    Տեխնիկական կարևորագույն կետեր
    Հաջորդականություն՝ Nanopore MinION
    Կլինիկական մետագենոմիկայի կենսաինֆորմատիկա. հյուրընկալող ԴՆԹ-ի սպառում, WIMP և ARMA վերլուծություն
    Արագ հայտնաբերում` 6 ժամ
    Բարձր զգայունություն՝ 96.6%

    Հիմնական արդյունքներ

    2006 թվականին ստորին շնչուղիների վարակը (LR) ամբողջ աշխարհում 3 միլիոն մարդու մահվան պատճառ դարձավ:LR1 պաթոգեն հայտնաբերելու տիպիկ մեթոդը մշակումն է, որն ունի վատ զգայունություն, երկար շրջադարձային ժամանակաշրջան և վաղ հակաբիոտիկ թերապիայի ուղեցույցի բացակայություն:Արագ և ճշգրիտ մանրէաբանական ախտորոշումը վաղուց հրատապ անհրաժեշտություն է:Դոկտոր Ջասթինը Արևելյան Անգլիայի համալսարանից և նրա գործընկերները հաջողությամբ մշակել են պաթոգենների հայտնաբերման Nanopore-ի վրա հիմնված մետագենոմիկ մեթոդ:Ըստ նրանց աշխատանքի ընթացքի՝ հյուրընկալող ԴՆԹ-ի 99,99%-ը կարող է սպառվել:Պաթոգենների և հակաբիոտիկների դիմացկուն գեների հայտնաբերումը կարող է ավարտվել 6 ժամում:

    Հղում
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Nanopore metagenomics-ը թույլ է տալիս արագ կլինիկական ախտորոշել ստորին շնչուղիների բակտերիալ վարակը:Բնության կենսատեխնոլոգիա, 37(7), 1:

    ստանալ մեջբերում

    Գրեք ձեր հաղորդագրությունը այստեղ և ուղարկեք այն մեզ

    Ուղարկեք ձեր հաղորդագրությունը մեզ.